2015-11-23
簡介：
青海湖裸鯉（Gymnocypris przewalskii）為青海省重要經濟魚類，其野生種遭受過度捕撈，人工養殖種易受各種病原體侵染。為闡明青海湖裸鯉的免疫機制，中國科學院西北高原生物研究所趙凱研究員和他的團隊對來自青海湖的三條平均體重在25.2g的青海湖裸鯉進行解剖，取免疫器官腎臟和鰓的組織樣本進行轉錄組測序。
測序(xu)共(gong)得到158,087 unigenes，其(qi)中2,687 unigenes為鰓特有(you)的(de)(de)，3,215 unigenes為腎臟(zang)特有(you)；進一(yi)步的(de)(de)分析(xi)表明，許多(duo)(duo)同源(yuan)序(xu)列共(gong)調于已知的(de)(de)免(mian)疫(yi)相關(guan)基因(yin)，有(you)56,270 unigenes注釋到特定通(tong)路(lu)上，能比對到大量(liang)的(de)(de)免(mian)疫(yi)相關(guan)的(de)(de)通(tong)路(lu)。此(ci)外，作者發(fa)現幾種(zhong)基因(yin)和基因(yin)家族在(zai)toll-like受體信號通(tong)路(lu)參與先天(tian)免(mian)疫(yi)，包括toll-like受體(TLRs)，干擾素(su)調節(jie)因(yin)子(zi)(zi)(IRFs)，白細(xi)胞(bao)介素(su)(ILs)和腫瘤壞(huai)死因(yin)子(zi)(zi)(TNFs)。青海湖裸鯉的(de)(de)系統(tong)發(fa)生分析(xi)顯(xian)示(shi)這些基因(yin)大多(duo)(duo)接近斑馬(ma)魚；最終(zhong)共(gong)檢測到23,867個SSR分子(zi)(zi)標記。
綜上所述，本研究不僅提供大量青海湖裸鯉免疫力的候選基因，同時也有助于提高對高原魚類免疫遺傳學基礎和免疫相關基因和基因家族的進化歷史的理解。該研究成果Transcriptome pro?ling analysis of naked carp (Gymnocypris przewalskii) provides insights into the immune-related genes in highland ?sh于2015年6月24日發表在Fish & Shellfish Immunology（影響因子2.674）雜志上。
青海湖裸鯉(li)的轉(zhuan)錄組測序(xu)及(ji)信息分析工(gong)作(zuo)，由上(shang)海(hai)派(pai)森諾生物(wu)科技股(gu)份有限(xian)公司完成，這也(ye)是派(pai)森諾生物(wu)繼兩篇比目(mu)魚轉錄(lu)(lu)組測序、一(yi)篇武昌魚轉錄(lu)(lu)組后(hou)的第四篇魚類轉錄(lu)(lu)組測序文章(zhang)。
方法：
對來自青海湖的(de)三條平均(jun)體重在(zai)25.2g的(de)青海湖裸(luo)鯉進行解剖(pou)，取腎臟(zang)和鰓的(de)組(zu)織樣本進行轉錄組(zu)測序
樣本量：
6個樣本
測序平臺：
Illumina HiSeq 2000平臺
分析內容：
共(gong)有基(ji)(ji)因(yin)和特有基(ji)(ji)因(yin)分析
基因表達差異分析
聚類分析
eggNOG注(zhu)釋
KEGG注釋
qPCR驗證
結果展示：
圖1 Unigenes的長度分布
圖2 GO、COG基因功能注釋
圖3 基因表達差異及代謝通路分析
圖4 先天免疫及TLR信號通路分析
參考文獻：
Chao Tong, Cunfang Zhang. Transcriptome profiling analysis of naked carp (Gymnocypris przewalskii) provides insights into the immune-related genes in highland fish. Fish & Shellfish Immunology 46 (2015) 366-377.
本文由派森諾生物技術支持 徐寧寧整理
