2015-11-05
胡蘿卜(Daucus carrot)，又稱甘荀，傘形科胡蘿卜屬二年生草本植物。其肉質根作蔬菜食用。胡蘿卜原產亞洲西南部，現分布于各地，中國南北方都有栽培，產量占根菜類的第二位。胡蘿卜富含維生素A，能防治夜盲癥和呼吸道疾病，可抗癌。
目前(qian)，關于胡(hu)蘿(luo)卜(bu)(bu)的生理(li)特征的研究(jiu)較為深(shen)入，但(dan)關于胡(hu)蘿(luo)卜(bu)(bu)根(gen)生長發育過程的分(fen)子機制的研究(jiu)還較少(shao)。
南京農業大學熊愛(ai)生老師(shi)和他的(de)團(tuan)隊應用轉錄組測序方法(fa)，對胡蘿卜根的(de)四個(ge)發育階(jie)段進(jin)行(xing)轉(zhuan)錄組測序并進行基因轉錄水平的研究，為胡蘿卜根的生長的研究提供了有價值的參考信息。研究人員熊愛生等關于胡蘿卜根轉錄組測序的研究成果《Sequencing, assembly, annotation, and gene expression: novel insights into the hormonal control of carrot root development revealed by a high?throughput transcriptome》 于近期發表在《Mol Genet Genomics》（影響因子2.728）上。轉錄組測序及分析工作由上海派森諾生物科技股份有限公司協助完成。
以(yi)前的(de)(de)(de)研(yan)究(jiu)表(biao)明激素(su)調節是(shi)根(gen)(gen)生(sheng)(sheng)長不可缺少(shao)的(de)(de)(de)因素(su)，胡(hu)蘿卜(bu)(bu)的(de)(de)(de)根(gen)(gen)是(shi)可食用的(de)(de)(de)蔬菜并具有很(hen)高的(de)(de)(de)營養價值，但是(shi)胡(hu)蘿卜(bu)(bu)根(gen)(gen)的(de)(de)(de)生(sheng)(sheng)長是(shi)否經歷了激素(su)介導(dao)，目前還沒有很(hen)系統的(de)(de)(de)研(yan)究(jiu)。本研(yan)究(jiu)利用Illumina HiSeq平臺對(dui)胡(hu)蘿卜(bu)(bu)四個不同的(de)(de)(de)發育階段的(de)(de)(de)根(gen)(gen)進行了轉(zhuan)錄(lu)組測序 ，共(gong)(gong)獲得(de)了(le)32,716 unigenes（平均長度為(wei)1,453 bp）。共(gong)(gong)發(fa)現了(le)4,818 unigenes存在(zai)表(biao)(biao)達差異，其中87個(ge)基(ji)因與(yu)激(ji)(ji)素(su)相關(guan)。研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)結果表(biao)(biao)明植(zhi)物激(ji)(ji)素(su)具有(you)調節胡蘿卜(bu)根的(de)功能，本研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)的(de)結果為(wei)胡蘿卜(bu)根的(de)生長的(de)研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)提(ti)供了(le)重要價(jia)值。也進一步表(biao)(biao)明了(le)利用Illumina HiSeq平臺(tai)可以快速(su)而有(you)效地獲取(qu)胡蘿卜(bu)根的(de)轉錄(lu)本信息，為(wei)胡蘿卜(bu)根的(de)發(fa)育機制的(de)研(yan)(yan)究(jiu)(jiu)提(ti)供基(ji)礎 。
研(yan)究流(liu)程：
部分研究結果(guo)：
原文索引：
Wang, G. L., Jia, X. L., Xu, Z. S., Wang, F. & Xiong, A. S. Sequencing, assembly, annotation, and gene expression: novel insights into the hormonal control of carrot root development revealed by a high-throughput transcriptome. Mol Genet Genomics290, 1379-1391, doi:10.1007/s00438-015-0999-5 (2015)
本文(wen)由市場部RNA-seq團隊整理(li)
