2015-10-30
簡介：派森諾生物與(yu)上海交通(tong)大學趙俊龍老師攜(xie)手合作，應用轉錄組從頭(tou)測序(xu)方法，對(dui)黃(huang)瓜(gua)的(de)(de)(de)mict突變體(ti)—即(ji)(ji)所有的(de)(de)(de)毛狀體(ti)顯示微(wei)尺(chi)度和發(fa)(fa)育不良的(de)(de)(de)形態、mict的(de)(de)(de)突變體(ti)—即(ji)(ji)完全無毛狀體(ti)的(de)(de)(de)表(biao)型進行了基因(yin)轉錄水平的(de)(de)(de)研究，結果(guo)為進一步研究相(xiang)關的(de)(de)(de)分子網絡(luo)機制以及研究這個復雜和種(zhong)特異(yi)的(de)(de)(de)發(fa)(fa)育過程提供一個新的(de)(de)(de)視角。作者趙俊龍和通(tong)訊作者潘俊松等(deng)關于(yu)黃(huang)瓜(gua)突變體(ti)轉錄組測序(xu)的(de)(de)(de)研究成果(guo)《Transcriptome analysis in Cucumis sativus identi?es genes involved in multicellular trichome development》于(yu)2015年8月發(fa)(fa)表(biao)在(zai)《Genomics》上。
毛(mao)狀體是大部分(fen)陸(lu)生植物(wu)(wu)由表皮元的(de)(de)(de)細胞高度專業化的(de)(de)(de)結構，它們在許多(duo)方(fang)面扮演了一(yi)個(ge)(ge)(ge)重要的(de)(de)(de)生物(wu)(wu)和(he)(he)(he)非生物(wu)(wu)的(de)(de)(de)角色，如(ru)昆蟲(chong)、草食動(dong)物(wu)(wu)和(he)(he)(he)微生物(wu)(wu)防御(yu)、調(diao)節水分(fen)蒸發 、光反射(包括紫外線)、收集和(he)(he)(he)傳播花(hua)粉、水分(fen)和(he)(he)(he)養分(fen)的(de)(de)(de)吸收、金屬離子(zi)和(he)(he)(he)污(wu)染物(wu)(wu)的(de)(de)(de)分(fen)泌；減少(shao)機械磨損(sun)，表面溫度調(diao)節等(deng)。研(yan)(yan)究人員(yuan)以黃(huang)瓜(gua)的(de)(de)(de)mict突變體和(he)(he)(he)正(zheng)常黃(huang)瓜(gua)為(wei)研(yan)(yan)究對象，利(li)用(yong)Illumina HiSeq 2000平臺對黃(huang)瓜(gua)的(de)(de)(de)葉片(pian)和(he)(he)(he)幼果進(jin)(jin)行全基因(yin)(yin)(yin)(yin)組(zu)轉錄組(zu)分(fen)析。通過轉錄組(zu)情況，確定共有1391個(ge)(ge)(ge)基因(yin)(yin)(yin)(yin)差異表達(da)。文(wen)章進(jin)(jin)一(yi)步用(yong)qRT-PCR驗證轉錄組(zu)數據(ju)(ju)的(de)(de)(de)準確性(xing)，發現(xian)43個(ge)(ge)(ge)基因(yin)(yin)(yin)(yin)編碼關鍵轉錄因(yin)(yin)(yin)(yin)子(zi)可能參與了多(duo)細胞毛(mao)狀體的(de)(de)(de)發育。這(zhe)(zhe)43個(ge)(ge)(ge)候(hou)選基因(yin)(yin)(yin)(yin)被分(fen)為(wei)七組(zu)：同源域(yu)，MYB，WRKY，bHLH,乙烯應(ying)答、鋅指和(he)(he)(he)其(qi)他轉錄因(yin)(yin)(yin)(yin)子(zi)基因(yin)(yin)(yin)(yin)。此次研(yan)(yan)究也為(wei)進(jin)(jin)一(yi)步研(yan)(yan)究相關的(de)(de)(de)分(fen)子(zi)網絡機制提(ti)供(gong)了有力依據(ju)(ju)，并為(wei)研(yan)(yan)究這(zhe)(zhe)個(ge)(ge)(ge)復雜(za)和(he)(he)(he)種特異的(de)(de)(de)發育過程提(ti)供(gong)一(yi)個(ge)(ge)(ge)新(xin)的(de)(de)(de)視角。該(gai)研(yan)(yan)究的(de)(de)(de)高通量測序和(he)(he)(he)信息分(fen)析由上(shang)海派森諾(nuo)生物(wu)(wu)科技有限(xian)公(gong)司協(xie)助(zhu)完(wan)成。
方法：正常的和(he)mict突變的黃瓜 樣本量(liang)：2 測序平臺(tai)：Illumina HiSeq 2000平臺(tai) 分析內容(rong)：GO注釋、eggNOG注釋、KEGG注釋、差異基因(yin)分析 |
緊(jin)接著作(zuo)者(zhe)(zhe)又(you)以黃瓜(gua)的(de)突(tu)變體tril——即完(wan)全無毛狀體的(de)表(biao)型為(wei)研(yan)究對象進行了基因轉錄水平(ping)的(de)研(yan)究，結果為(wei)研(yan)究多細胞毛狀體發育(yu)的(de)分子網絡機制提供有(you)用(yong)的(de)工具。作(zuo)者(zhe)(zhe)趙俊龍和通訊作(zuo)者(zhe)(zhe)潘俊松等關(guan)于(yu)黃瓜(gua)突(tu)變體轉錄(lu)組測序(xu)的研究成果《Transcriptome proiling of trichome?less reveals genes associated with multicellular trichome development in Cucumis sativus》于2015年8月發表在《Mol Genet Genomics》上。
植物(wu)上的(de)(de)(de)(de)毛狀體，類(lei)似于動(dong)物(wu)和(he)(he)人(ren)類(lei)的(de)(de)(de)(de)身體毛發，對(dui)植物(wu)生(sheng)(sheng)存和(he)(he)發育發揮了(le)重要(yao)的(de)(de)(de)(de)作用(yong)，它們也代表(biao)(biao)了(le)細(xi)(xi)胞分(fen)化研(yan)(yan)究的(de)(de)(de)(de)一(yi)個有用(yong)模型。研(yan)(yan)究人(ren)員(yuan)以黃瓜的(de)(de)(de)(de)tril突變體和(he)(he)正(zheng)常黃瓜為(wei)研(yan)(yan)究對(dui)象(xiang)，利(li)用(yong)Illumina HiSeq 2000平臺對(dui)黃瓜的(de)(de)(de)(de)葉(xie)片和(he)(he)幼果(guo)進(jin)行全基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)轉錄組(zu)分(fen)析(xi)(xi)。通(tong)過轉錄組(zu)測序(xu)比(bi)較了(le)tril的(de)(de)(de)(de)突變體和(he)(he)野(ye)生(sheng)(sheng)型，總共991個基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)表(biao)(biao)現(xian)出差(cha)(cha)異表(biao)(biao)達：518個基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)表(biao)(biao)達上調(diao)，473個基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)表(biao)(biao)達下調(diao)。進(jin)一(yi)步確(que)認(ren)62個編(bian)碼(ma)關鍵轉錄因(yin)(yin)(yin)子的(de)(de)(de)(de)差(cha)(cha)異表(biao)(biao)達基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)，并被細(xi)(xi)分(fen)為(wei)七類(lei)：同源域，MADS，MYB，WRKY，乙(yi)烯應答，鋅指和(he)(he)其他轉錄因(yin)(yin)(yin)子基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)。作者使用(yong)qRT- PCR進(jin)一(yi)步分(fen)析(xi)(xi)了(le)兩個候選基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)的(de)(de)(de)(de)組(zu)織(zhi)表(biao)(biao)達譜—GLABRA2-like，發現(xian)這兩個基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)分(fen)別在(zai)表(biao)(biao)皮和(he)(he)毛狀體中特異表(biao)(biao)達。這些結果(guo)和(he)(he)tril突變體為(wei)研(yan)(yan)究多細(xi)(xi)胞毛狀體發育的(de)(de)(de)(de)分(fen)子網絡提供了(le)有用(yong)的(de)(de)(de)(de)工具。該研(yan)(yan)究的(de)(de)(de)(de)高通(tong)量測序(xu)和(he)(he)信息分(fen)析(xi)(xi)由上海派森諾生(sheng)(sheng)物(wu)科技(ji)有限公司協助完成。
方法：正常的和tril突變的黃(huang)瓜 樣本(ben)量(liang)：2 測(ce)序平臺：Illumina HiSeq 2000平臺 分析內容：GO注釋、eggNOG注釋、KEGG注釋(shi)、差(cha)異基因(yin)分析、qPCR驗證 |
本文由市場部技術支(zhi)持 徐(xu)寧寧整理
原文索引：
1、Jun-Long Zhao, et al., Transcriptome analysis in Cucumis sativus identi?es genes involved in multicellular trichome development, Genomics (2015)
2、Jun-Long Zhao, et al., Transcriptome proiling of trichome?less reveals genes associated with multicellular trichome development in Cucumis sativus，Mol Genet Genomics (2015)
