2015-01-27
簡介：派森諾生物與上海交通大學孟和教授課題組攜手合作，通過 Illumina HiSeq2000 高通量測序平臺，應用限制性酶切位點關聯DNA測序技術（RAD-seq），對16種中外雞品系共72個個體進行了簡化基因組測序，并對單核苷酸多態性（SNP）的豐富程度進行了統計和分析。通過此次研究，在原有的SNP基礎上又發現一些新的SNP位點，并通過對SNP的統計計算出16個雞品系的遺傳多樣性水平。
派森諾生物與上海交通大學孟和教授課題組攜手合作，應用簡化基因組測序方法，對16種中外雞品系的遺傳多樣性水平進行了研究。作者翟正曉和通訊作者孟和教授關于雞簡(jian)化基因組測(ce)序(xu)的研究成果《SNP discovery and genotyping using restriction-site-associated DNA sequencing in chickens》于2015年1月發表在《Animal Genetics》上。
研究人員以13個(ge)本土雞品系和3個(ge)外(wai)來(lai)雞品系共72個(ge)個(ge)體(ti)為研究對象，利用(yong)Illumina HiSeq2000高(gao)通(tong)量測(ce)(ce)序(xu)平(ping)臺，運用(yong)簡化(hua)基因組(zu)測(ce)(ce)序(xu)方法，選擇HindIII作為限制性內切酶。對測(ce)(ce)序(xu)結果進行(xing)統計，發現(xian)每個(ge)個(ge)體(ti)產生(sheng)的(de)標簽數(shu)在166006～629470之間，平(ping)均(jun)數(shu)據量為620M。利用(yong)STACKS軟件進行(xing)SNP calling ，樣(yang)本得(de)到的(de)平(ping)均(jun)SNPs數(shu)目為75587個(ge)，通(tong)過與NCBI dbSNP比對，其中有15404個(ge)SNPs是新發現(xian)的(de)突變位點。
本(ben)研(yan)究在(zai)家(jia)禽動物(wu)-雞中利用(yong)簡(jian)化基因(yin)組測序的方(fang)法(fa)進行遺傳方(fang)面的研(yan)究，驗證了(le)該(gai)方(fang)法(fa)用(yong)于家(jia)禽動物(wu)遺傳分析(xi)的可(ke)行性，并為分子標記輔助育種奠定基礎。同時，此次(ci)研(yan)究結(jie)果(guo)也(ye)為其(qi)他農用(yong)牲畜在(zai)分子遺傳方(fang)面的分析(xi)提供了(le)參考依據。本(ben)研(yan)究的高通(tong)量測序和信息分析(xi)由(you)上海(hai)派森諾(nuo)生物(wu)科技有限公司協助完成。
原文索引：
[Zhai Z, Zhao W, He C, et al. SNP discovery and genotyping using restriction‐site‐associated DNA sequencing in chickens[J]. Animal Genetics, 2014.]
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