2015-01-20
派森諾生物與武漢植物園胡濤老師攜手合作，應用轉錄組從頭測序方法，對植物高羊茅進行了基因轉錄水平的研究，揭示了其耐高溫分子機理。作者胡濤和通訊作者傅金民關于高羊茅轉錄組測序的(de)研究成果《An RNA Sequencing Transcriptome Analysis of the High-temperature Stressed Tall fescue Reveals Novel Insights into Plant Thermotolerance》于2014年12月(yue)發表在《BMC Genomics》上。
研究人員以極端耐(nai)熱(re)(re)和不耐(nai)熱(re)(re)高(gao)(gao)羊茅為(wei)研究對象，利(li)用(yong)Illumina HiSeq 2000平(ping)(ping)臺對冷季型草(cao)坪(ping)草(cao)進(jin)行全轉(zhuan)錄組從頭測序(xu)分析(xi)，共獲得(de)262 百萬條高(gao)(gao)質量(liang)(liang)的(de)(de)(de)reads。經過軟(ruan)件拼接組裝，共得(de)到31,803 unigenes （最大長(chang)度為(wei)17,029 bp, 平(ping)(ping)均(jun)長(chang)度為(wei)1,840 bp，N50為(wei)2,584 bp），其中有(you)(you)12,974 個(ge)unigenes在(zai)高(gao)(gao)溫脅迫下表(biao)達(da)(da)存(cun)在(zai)顯著(zhu)差異(yi)。結(jie)(jie)果(guo)顯示：在(zai)熱(re)(re)刺激后(hou)，這些(xie)(xie)差異(yi)unigenes主要富集(ji)在(zai)細胞(bao)分裂及細胞(bao)周期功能類中；同(tong)時，低分子的(de)(de)(de)熱(re)(re)休(xiu)克蛋(dan)白（HSP20）在(zai)兩種高(gao)(gao)羊茅中均(jun)被(bei)激活，而高(gao)(gao)分子的(de)(de)(de)熱(re)(re)休(xiu)克蛋(dan)白（HSP90）僅在(zai)耐(nai)熱(re)(re)型高(gao)(gao)羊茅PI578718中表(biao)達(da)(da)，這些(xie)(xie)結(jie)(jie)果(guo)將有(you)(you)助(zhu)于(yu)解析(xi)高(gao)(gao)羊茅耐(nai)高(gao)(gao)溫的(de)(de)(de)分子機制(zhi)；同(tong)時該(gai)研究獲得(de)了大量(liang)(liang)的(de)(de)(de)表(biao)達(da)(da)差異(yi)的(de)(de)(de)unigenes，說明利(li)用(yong)Illumina HiSeq 2000平(ping)(ping)臺可(ke)以快速而有(you)(you)效地獲取高(gao)(gao)羊茅的(de)(de)(de)轉(zhuan)錄本信息，極大的(de)(de)(de)豐富了冷季型草(cao)坪(ping)草(cao)耐(nai)高(gao)(gao)溫基(ji)因資(zi)源(yuan)。該(gai)研究的(de)(de)(de)高(gao)(gao)通量(liang)(liang)測序(xu)和信息分析(xi)由上海派森諾生物(wu)科技有(you)(you)限公司協助(zhu)完成。
原文索引：
[Hu T, Sun XY, Zhang XZ, Eviatar Nevo, Fu JM. An RNA Sequencing Transcriptome Analysis of the High-temperature Stressed Tall Fescue Reveals Novel Insights into Plant Thermotolerance. BMC Genomics, 2014, 15: 1147. doi:10.1186/1471-2164-15-1147.]
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