2015-08-11
近日(ri)，斯坦福大學教授Michael P Snyder和(he)他的團隊利(li)用Illumina HiSeq平臺(tai)的Long-read測序技(ji)術(shu)成功對人和(he)小鼠的腦組織完(wan)成轉錄組測序。研究成果發表在Nature Biotechnology雜志(zhi)（IF: 41.514）上。
Michael P Snyder教授(shou)和他的(de)團(tuan)隊的(de)研究成(cheng)果(guo)為利用Illumina平臺的(de)Long-read測序技(ji)術進行轉錄組測序的(de)文章(zhang)，具有重大意義。
作(zuo)者將(jiang)Long-read測(ce)序(xu)(xu)的(de)結果同先前的(de)PacBio平臺(tai)轉錄組(zu)測(ce)序(xu)(xu)結果進行比較，發現Long-read平臺(tai)在測(ce)序(xu)(xu)時5‘端的(de)堿基錯誤率低于PacBio平臺(tai)的(de)結果。
作(zuo)者將本文的(de)(de)Long-read測(ce)序平(ping)(ping)臺得到的(de)(de)平(ping)(ping)均(jun)讀長(chang)進行統計，人腦樣本的(de)(de)RNA平(ping)(ping)均(jun)長(chang)度為(wei)1,906bp，小鼠腦樣本的(de)(de)RNA平(ping)(ping)均(jun)長(chang)度為(wei)1,849bp，均(jun)高于之前(qian)文章中利(li)用PacBio平(ping)(ping)臺對人轉錄組(zu)的(de)(de)測(ce)序長(chang)度。
此外，作者對(dui)測序(xu)結(jie)果中的(de)同(tong)源異構(gou)體(ti)（isoform）做了分析，發(fa)現(xian)較多新的(de)同(tong)源異構(gou)體(ti)，并對(dui)新的(de)同(tong)源異構(gou)體(ti)在編碼基(ji)(ji)因、lncRNA、假(jia)基(ji)(ji)因中的(de)分布做了統計。對(dui)某(mou)些特定基(ji)(ji)因的(de)同(tong)源異構(gou)體(ti)進行(xing)分析，發(fa)現(xian)存在內含子保(bao)留事件和長轉錄(lu)本的(de)外顯子跳躍事件。
最后，對(dui)交替外(wai)顯(xian)子(zi)的分子(zi)關聯做了(le)分析，包(bao)括不同(tong)FDR值條件下的特(te)有遠端交替外(wai)顯(xian)子(zi)的數量(liang)進行(xing)統(tong)計，以及對(dui)人和小鼠的遠端分子(zi)關聯外(wai)顯(xian)子(zi)的保守性進行(xing)了(le)分析。
與現有(you)的(de)Illumina、PacBio平臺(tai)的(de)轉錄組(zu)(zu)測(ce)序(xu)(xu)技(ji)術相比，Illumina long-read測(ce)序(xu)(xu)技(ji)術兼顧Illumina的(de)測(ce)序(xu)(xu)深度大、PacBio平臺(tai)讀長長的(de)特點，保證了表(biao)達量的(de)正確性和轉錄本結構(gou)的(de)正確性，為轉錄組(zu)(zu)測(ce)序(xu)(xu)的(de)研(yan)究提供了更(geng)為可靠(kao)的(de)技(ji)術手段。
派森(sen)諾生(sheng)物市場部(bu)整理
原文檢索：
Hagen Tilgner, Fereshteh Jahanbani, Tim Blauwkamp et al. Comprehensive transcriptome analysis using synthetic long-read sequencing reveals molecular co-association of distant splicing events. Nature Biotechnology 33, 736–742 (2015) doi:10.1038/nbt.3242
