2018-05-17
2018年(nian)1月1日起，微生物(wu)系統分(fen)類的(de)國(guo)際權(quan)威(wei)《International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology》在其官網發布新聞“Genome sequencing data required with Taxonomic Descriptions”，國(guo)際系統與進(jin)化微生物(wu)學(xue)雜志(IJSEM)要(yao)求作者提(ti)供(gong)基因組測序數據，并在分(fen)類學(xue)描(miao)述(shu)中(zhong)提(ti)供(gong)新的(de)分(fen)類單(dan)元的(de)描(miao)述(shu)。
新的(de)(de)(de)分(fen)(fen)類(lei)單元確定(ding)常用的(de)(de)(de)方法主要有DNA-DNA雜交(jiao)(簡稱DDH)，16S rRNA鑒定(ding)以(yi)及ANI分(fen)(fen)析(xi)。但DDH分(fen)(fen)析(xi)復(fu)雜耗時，16S rRNA 鑒定(ding)存在局限性（如(ru)某些物種的(de)(de)(de)16S rRNA相似度高(gao)達99%，但DDH值卻很低），因(yin)此ANI分(fen)(fen)析(xi)逐漸受到科研工(gong)作(zuo)者的(de)(de)(de)青睞。
ANI分析全稱Average nucleotide identity，即平均(jun)核(he)苷酸多態性，主要用于在全基因(yin)組水平間評估物(wu)種間的(de)親緣關系(xi)，ANI值(zhi)為(wei)95%被視為(wei)界定種的(de)標準。
ANI值(zhi)的(de)(de)計(ji)算(suan)主要由幾(ji)種(zhong)不(bu)同的(de)(de)方(fang)法實現，Jspecies是其中較(jiao)常被(bei)使(shi)用(yong)的(de)(de)一種(zhong)，Jspecies主要有軟(ruan)件版和在線版。今天小編主要給大家介(jie)紹的(de)(de)就是用(yong)于(yu)計(ji)算(suan)ANI值(zhi)的(de)(de)一個快速且易于(yu)使(shi)用(yong)的(de)(de)在線網站(zhan)JspeciesWS（），通過計(ji)算ANI值判(pan)斷兩個或多個基(ji)因組(zu)是(shi)否屬(shu)于同(tong)一物種(zhong)。JspeciesWS的基(ji)因組(zu)數據庫取(qu)自(zi)ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank，類(lei)似于NCBI的(de)基(ji)因組(zu)序列數據，包含(han)了組(zu)裝基(ji)因組(zu)序列及(ji)其相關注(zhu)釋數據。對于每個條目，網站(zhan)提供(gong)該(gai)領域的(de)界(jie)、門、綱、目、科、屬和種的(de)分類(lei)學信息。
下面就由小編帶領大家來一探究竟(jing)吧！
1、JSpeciesWS不需要用戶注冊，界面友(you)好。點擊Start a Analysis即可(ke)開始(shi)分析。
2、點擊開始后，會鏈接到一個“Genome cart””會話框。
“Genome cart””會(hui)話框中(zhong)用戶可(ke)以上傳(chuan)自己測(ce)得(de)的(de)(de)(de)基(ji)因(yin)組(zu)序列或直接從JSpeciesWS參考數(shu)據庫“GenomesDB”中(zhong)添(tian)加基(ji)因(yin)組(zu)序列。“Genome cart””會(hui)話框中(zhong)在閑置14天(tian)后自動失效（不會(hui)根(gen)據提供的(de)(de)(de)會(hui)話代(dai)碼重新訪問），并且(qie)所有數(shu)據都將被刪除。目前(qian)“Genome cart””會(hui)話框的(de)(de)(de)基(ji)因(yin)組(zu)數(shu)量限制為15。
3、一(yi)鍵完成ANI值計算(suan)
網站可一鍵完(wan)成(cheng)“Genome cart””會(hui)話框中所有基(ji)因組之(zhi)間成(cheng)對的ANIb，ANIm計(ji)算。
以(yi)對3條序(xu)列進行的ANIb計算為例，點擊“start ANIb”之后，需(xu)選擇成對分析的計算方式：
l “All vs all”即(ji)分別以sequence1，2，3為參考基(ji)因組與另外兩個序列進行成對分析，分析次(ci)數為“6”；
l “Sequence1.fasta”即以Sequence1為參考(kao)基(ji)因組。
開(kai)始分析(xi)后，狀態(tai)字段(duan)會定期更新，最終用戶會通(tong)過(guo)彈出消息(xi)通(tong)知計算完成(cheng)，也可提供(gong)電子(zi)郵(you)件地(di)址以(yi)獲得(de)有關完成(cheng)計算的信息(xi)。
以15個基因組為(wei)例，對其基因組全部兩(liang)兩(liang)比較（210次計算(suan)），采(cai)用(yong)目前的系統，計算(suan)ANIb約(yue)2小時，計算(suan)ANIm的約(yue)30分鐘。所有結果都(dou)可以重新訪問、導出以供進一步處理，并在用(yong)戶之間共享。
JspeciesWS代(dai)表(biao)了JSpecies在可用性、靈活性和效率方面的新發展。想(xiang)要使用JSpecies又懶得(de)安裝軟件的童鞋們快(kuai)來(lai)試試吧！
