2018-05-22
派森(sen)諾轉錄組(zu)致力于(yu)科技服(fu)務的(de)產品豐(feng)富且專業，產品在豐(feng)富的(de)同時也有(you)細致劃分。今天帶大家(jia)來(lai)了解一下對于(yu)無(wu)參(can)考基(ji)因(yin)組(zu)的(de)物種(zhong)，比(bi)較(jiao)轉錄組(zu)和無(wu)參(can)轉錄組(zu)的(de)區別。
區別：
1、分析目的不同：
無參轉錄組(zu)(zu)測(ce)(ce)序(xu)：利用(yong)高(gao)通量(liang)測(ce)(ce)序(xu)技術進行(xing)cDNA測(ce)(ce)序(xu)，全面快速地獲取某(mou)一種特定器(qi)官或組(zu)(zu)織在某(mou)一狀態下的幾(ji)乎(hu)所(suo)有(you)轉錄本。根(gen)據將不(bu)同(tong)組(zu)(zu)的unigene進行(xing)比(bi)較(jiao)，得(de)到差異基因進行(xing)分析。
比較轉錄組測序：是基(ji)(ji)于高(gao)通量測序平(ping)臺，通過(guo)RNA-seq技(ji)術手(shou)段研究物種(zhong)(zhong)(zhong)進化(hua)，通過(guo)不同物種(zhong)(zhong)(zhong)或(huo)亞(ya)種(zhong)(zhong)(zhong)間mRNA序列差異進而分析近源(yuan)物種(zhong)(zhong)(zhong)間的(de)親緣關系(xi)，挖掘明(ming)顯受到正向選(xuan)擇或(huo)負(fu)向選(xuan)擇的(de)基(ji)(ji)因。適用于同一物種(zhong)(zhong)(zhong)不同遺傳背景(jing)品(pin)系(xi)（不同亞(ya)種(zhong)(zhong)(zhong)、野(ye)生(sheng)種(zhong)(zhong)(zhong)、栽培種(zhong)(zhong)(zhong)）。
2、拼接方式不同：
無(wu)參轉(zhuan)錄組要求樣(yang)品是相同物種(zhong)，拼(pin)接(jie)時(shi)所有樣(yang)品的(de)reads在一起拼(pin)接(jie)成(cheng)unigene當做背景，然(ran)后進行(xing)命名(ming)和注釋。
比較轉(zhuan)錄組的樣(yang)(yang)品是不同種，因此拼(pin)接時將每(mei)組樣(yang)(yang)品的reads在分開拼(pin)接，然后分別進行命名和(he)注釋。這樣(yang)(yang)就無法對不同組的樣(yang)(yang)品進行差異基因的比較。
3、分析內容不同：
無參轉錄組分析內容：
比較轉錄組分析內容 ：
無參轉(zhuan)錄(lu)組可以做差(cha)異基(ji)(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)(de)表達(da)量分(fen)析，而比(bi)較(jiao)轉(zhuan)錄(lu)組由于是(shi)不(bu)同(tong)(tong)物種，unigene是(shi)分(fen)開拼(pin)接的(de)(de)(de)(de)原因(yin)(yin)，無法(fa)統(tong)計表達(da)量。原因(yin)(yin)是(shi)測序后的(de)(de)(de)(de)reads會通過(guo)軟件拼(pin)接成unigene，在此(ci)過(guo)程(cheng)中，由于拼(pin)接方式(shi)不(bu)同(tong)(tong)，我(wo)們(men)是(shi)先對拼(pin)接好的(de)(de)(de)(de)unigene進行命名，然后做接下來(lai)的(de)(de)(de)(de)分(fen)析，因(yin)(yin)此(ci)導致(zhi)相(xiang)(xiang)同(tong)(tong)基(ji)(ji)因(yin)(yin)在不(bu)同(tong)(tong)物種中命名不(bu)一致(zhi)，或(huo)者命名相(xiang)(xiang)同(tong)(tong)的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)實質上不(bu)是(shi)同(tong)(tong)一個基(ji)(ji)因(yin)(yin)。所以無法(fa)做差(cha)異基(ji)(ji)因(yin)(yin)表達(da)量的(de)(de)(de)(de)統(tong)計。
如果(guo)研究的生物(wu)沒有基因組信(xin)息，建議不(bu)要將不(bu)同品系，甚至不(bu)同種的生物(wu)在一起拼接當做無參轉錄(lu)組測序分析。
