2018-07-03
一(yi)(yi)般(ban)做完轉錄組的(de)基本分析(xi)，下一(yi)(yi)步肯定是對分析(xi)數據進行(xing)挖掘，后(hou)期會經(jing)常出現各種(zhong)各樣的(de)聚(ju)類(lei)圖需求，今(jin)天我們就來詳解一(yi)(yi)種(zhong)自己DIY聚類(lei)圖(tu)的方法，快把技能get起來！
首(shou)先(xian)來(lai)看準(zhun)備(bei)清單：
1、兩款分析軟件的安裝
Cluster 3.0
樣品的差異基因表(biao)達(da)量通(tong)過 Cluster 3.0 進行(xing)基因間(jian)和樣品間(jian)的聚類(lei)分析，得到(dao)的聚類(lei)結果(guo)通(tong)過 TreeView 繪制出來(lai)。
2、 輸(shu)入文件整理
首(shou)先(xian)對expression.xlsx表格(ge)進行(xing)整理(li)，原表示例如下：
將表(biao)格只保留gene-id 和樣(yang)本的(de)rpkm列(lie)，并將CK1：rpkm改(gai)為只有樣(yang)品名CK1，示(shi)例如下：
從修改好(hao)的表(biao)格(ge)中篩選(xuan)需要進行聚類(lei)的目的基(ji)因(yin)，比如(ru)挑選(xuan)9個基(ji)因(yin)，得(de)到最終表(biao)格(ge)如(ru)下：
新建一個txt文(wen)本(ben)文(wen)件，將目的表格中(zhong)的數據(ju)粘(zhan)貼(tie)到txt中(zhong)，比如命(ming)名(ming)為1.txt，示例如下：
這時(shi)輸入文件就整理好啦(la)，下面就進(jin)入正經的分析步驟(zou)，這時候小本本可以拿出來了(le)：
分析步驟：
Cluster分析(xi)
將1.txt文(wen)件保存后，導入下(xia)載的 Cluster 3.0 軟件中，可以看到(dao)中間有個(ge)橫條：
第(di)一個Filter Data點擊后(hou)的內(nei)容，不做任何選(xuan)擇，第(di)二個adjust data更改如下，選(xuan)完后(hou)，點擊apply鍵。
第三個是聚(ju)類的方法hierarchical，操作如下，選擇后點擊(ji)complete鍵(jian)：
這(zhe)些(xie)操作完成后會(hui)形成3個(ge)文件(jian)：
┃ ├───1.cdt 聚類(lei)分析文件
┃ ├───1.gtr 聚類分析基因樹文件
┃ └───1.atr 聚類分析樣品(pin)樹(shu)文件
cdt是用來(lai)(lai)用TreeView顯示聚類(lei)樹(shu)圖(tu)的，其他文(wen)件都(dou)可(ke)以用文(wen)本或(huo)者(zhe)寫字板(ban)，或(huo)者(zhe)表格(ge)等形式打(da)(da)開，一(yi)般比較大的打(da)(da)不開的文(wen)件，可(ke)以下載editplus軟(ruan)件來(lai)(lai)進行打(da)(da)開。
TreeView編輯圖像
打(da)開(kai)TreeView，點開(kai)file，open打(da)開(kai)上一(yi)步生成(cheng)的1.cdt
結果顯(xian)示如下：
打開最上面(mian)工具條里的settings，選(xuan)擇Pixel settings，設置如下：
設置(zhi)好后，點close，然后點開工具條(tiao)中的Export, 選擇save tree image，設置(zhi)如(ru)下：
點(dian)擊save之后會保存(cun)圖片，結果展(zhan)示如下(xia)，右(you)側是(shi)樣本名，下(xia)方是(shi)基因名：
如果(guo)只展示(shi)樣本名，再上(shang)一步export的設置中，如圖(tu)所示(shi)，gene headers 中的gene -id不選擇：
然后(hou)save結果就(jiu)會只顯示樣品名：
最后點開Export，選擇(ze)export Colorbar to image，設(she)置如(ru)下：
點擊save之后會出現Colorbar圖片(pian)(pian)，整合圖片(pian)(pian)后，即為聚類結果(guo)
心(xin)動(dong)不如(ru)行動(dong)，需要聚(ju)類(lei)圖的你趕(gan)緊DIY起來吧！
文案：轉錄(lu)調(diao)控事業部
