2018-11-15
文(wen)案 | 微生物組事業部(bu)
高(gao)通量測序技術的(de)(de)發展，不僅讓(rang)我們對微(wei)生物的(de)(de)群(qun)落(luo)結構有了(le)更全(quan)面的(de)(de)了(le)解(jie)，更是大大加快了(le)對微(wei)生物群(qun)落(luo)功能代謝(xie)(xie)的(de)(de)研究進(jin)程，也讓(rang)越來(lai)越多(duo)的(de)(de)老師們注意到(dao)了(le)PICRUSt功能預測與宏(hong)基因組測序，并在(zai)這(zhe)兩(liang)大利器的(de)(de)加持(chi)下(xia)，更深入的(de)(de)挖(wa)掘到(dao)了(le)微(wei)生物群(qun)落(luo)代謝(xie)(xie)功能的(de)(de)相關(guan)信息！
相信老師們(men)在做完PICRUSt代謝功能(neng)(neng)預測或(huo)宏基(ji)因組測序之后，都會得到(dao)許多(duo)的(de)K numbers，這(zhe)可是個好東西！這(zhe)些(xie)K numbers數據，能(neng)(neng)夠幫助各位(wei)老師在KEGG數據庫中找到(dao)它們(men)所(suo)涉(she)及的(de)代謝通路圖，獲(huo)得更深層(ceng)的(de)代謝信息！
KEGG數據庫(ku)(ku)，是一個能系(xi)統(tong)分析(xi)基因功(gong)能，將(jiang)基因與功(gong)能信息相聯系(xi)（劃(hua)重(zhong)點！！）的大型知識(shi)庫(ku)(ku)，它還(huan)將(jiang)代謝通路(lu)進(jin)行了(le)歸類與進(jin)一步的等級劃(hua)分，就像(xiang)下面這樣↓↓↓
有意思的(de)是(shi)，KEGG還具有強(qiang)大的(de)作圖(tu)功能，能利用(yong)圖(tu)形來展示眾(zhong)多(duo)的(de)代謝(xie)途(tu)徑以及各途(tu)徑之間錯綜復(fu)雜的(de)關(guan)系，比(bi)如剛才咱們(men)提(ti)到的(de)代謝(xie)通路(lu)圖(tu)！
說到(dao)這里(li)，這個(ge)代謝(xie)通路圖(tu)要怎么做呢？為了方便各位老(lao)師(shi)分析，我(wo)們特地整理了一套簡(jian)單的(de)KEGG代謝(xie)通路圖(tu)的(de)在線(xian)制作流程(cheng)。
話不多說(shuo)，點擊下方鏈接：
//www.genome.jp/kegg/pathway.html
然后(hou)我(wo)們就看到下面(mian)這(zhe)個有著花(hua)花(hua)綠綠logo的(de)(de)KEGG數據庫(ku)啦(la)，數據庫(ku)的(de)(de)首頁(ye)就展示了(le)各種(zhong)1級通路(lu)的(de)(de)信息(xi)與部分2級通路(lu)的(de)(de)信息(xi)：
點擊你需要的(de)1級通路(lu)信(xin)息，就(jiu)可以看到相應的(de)2級和(he)3級通路(lu)信(xin)息，就(jiu)像下(xia)面這樣：
然(ran)后(hou)找找看有(you)(you)沒有(you)(you)你關(guan)注的通路(lu)信息！找到了？好(hao)嘞，點進去！
看到新頁(ye)面沒有？這個頁(ye)面已(yi)經自動生(sheng)成了該通(tong)路(lu)的(de)通(tong)路(lu)圖：
但是這些通(tong)路看(kan)不出(chu)來和(he)我們的數據有什么(me)聯系(xi)啊(a)！
別急！點擊綠色框(kuang)(kuang)框(kuang)(kuang)里的User data mapping，會跳(tiao)出來一個(ge)小框(kuang)(kuang)：
沒錯，就是它(ta)！
在這(zhe)個(ge)框里輸入/復制咱們預(yu)測(ce)得到的K numbers信(xin)息(xi)(xi)（這(zhe)個(ge)信(xin)息(xi)(xi)可以在PICRUSt功能預(yu)測(ce)結果文(wen)件(jian)夾中的predicted_metagenomes_kegg.txt表格里找到）：
就像這樣~
點擊Pathway mapping，等待一會兒，我們會看到(dao)對話(hua)框中顯示了該通(tong)路中已預測到(dao)的(de)K numbers的(de)信息，還(huan)標注了其功能(neng)基(ji)因(yin)的(de)信息：
接著，原來的(de)(de)(de)網絡圖也會更新，就像下面(mian)的(de)(de)(de)圖一(yi)樣，圖中用紅色特別標注(zhu)的(de)(de)(de)就是涉及到的(de)(de)(de)路徑了！
最后，右鍵另存(cun)為就可(ke)以把查到的代(dai)謝通路圖保存(cun)下(xia)來(lai)咯~
到這(zhe)里，整個(ge)代謝通路圖就完成啦(la)，是不是很方便(bian)呢？
小(xiao)編偷(tou)偷(tou)告訴列位(wei)看官(guan)，其實KEGG的(de)用途遠不止這些，它(ta)還可以生成代謝通路富集分(fen)析的(de)結果、差異比較的(de)結果等(deng)等(deng)……如(ru)果想要了解(jie)更(geng)多(duo)KEGG分(fen)析的(de)方(fang)法(fa)，請不要猶豫(yu)，第一時(shi)間聯系(xi)我們派森諾生物哦，我們將(jiang)為(wei)您提供(gong)全方(fang)位(wei)的(de)服務和解(jie)答(da)！
