2018-12-04
文案(an) | 轉錄調控事(shi)業部
轉錄因(yin)子（Transcription factor，TF）也稱(cheng)反式作用因(yin)子，是能夠直(zhi)接或間接與基(ji)因(yin)的順式作用元件和(he)RNA聚合酶結合以調控基(ji)因(yin)表(biao)達的一組雙鏈DNA結合蛋(dan)白。
圖1 轉錄因子主要(yao)結構
真(zhen)核生物(wu)的RNA聚合酶不能直接識別(bie)啟動子(zi)，需要通(tong)過(guo)多(duo)個轉(zhuan)錄(lu)因(yin)子(zi)間接與DNA結(jie)(jie)合，形(xing)成專一復合物(wu)轉(zhuan)錄(lu)相應的基因(yin)。轉(zhuan)錄(lu)因(yin)子(zi)通(tong)過(guo)與基因(yin)5`端上游特定序(xu)列專一性結(jie)(jie)合，從(cong)而保(bao)證目的基因(yin)以(yi)特定的強度(du)、時間、空間進行表達。
圖2：轉錄起始前復合物
轉(zhuan)錄(lu)因(yin)子的(de)研究已經(jing)成為生物學(xue)領(ling)域(yu)研究熱點，不管是人類和動物的(de)重(zhong)大疾病，還是植物的(de)抗病抗逆，都與轉(zhuan)錄(lu)因(yin)子息(xi)息(xi)相(xiang)關。
下面與大家分享一些(xie)轉錄(lu)因子數據庫，幫助我(wo)們實現(xian)轉錄(lu)因子的查找，結(jie)構預(yu)測(ce)，結(jie)合(he)位點(dian)以及靶基因預(yu)測(ce)等需求。
植物轉錄因子數據庫(ku)
//planttfdb.cbi.pku.edu.cn/
?
//plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v2.0/
擬南芥(jie)轉庫因子數據庫
//urgv.evry.inra.fr/CATdb
動(dong)物轉錄因子數(shu)據庫
//bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB#!/species
人與(yu)鼠轉錄因子數據庫
//hocomoco11.autosome.ru/mouse/mono?full=fals
預測(ce)轉(zhuan)錄因子結合位(wei)點數據(ju)庫
JASPAR: //jaspar.genereg.net/
PROMO: //alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3
Matinspector://www.genomatix.de/online_help/help_matinspector/matinspector_help.html
轉錄因子靶基因預測數據庫
MEME：//meme-suite.org/tools/fimo
hTFtarget database：//bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget#!/
有這些強大的數據(ju)庫助力，要做轉(zhuan)錄因子研究的你，不(bu)妨(fang)試一試，發掘(jue)它(ta)們的強大功能吧！
