2018-12-11
冷空氣過境，天(tian)(tian)氣一秒入冬，大雪紛飛的(de)(de)日(ri)子，喝點萬(wan)能的(de)(de)熱(re)水(shui)，咱們來熱(re)身一下。關于定量蛋白(bai)組學，做(zuo)項(xiang)目的(de)(de)時候經常會面臨一個選(xuan)擇，項(xiang)目是(shi)(shi)該做(zuo)非(fei)標記蛋白(bai)組還是(shi)(shi)做(zuo)標記蛋白(bai)組呢，今天(tian)(tian)咱們就來討(tao)論一下標記和(he)非(fei)標記蛋白(bai)組的(de)(de)適用問題。
標(biao)記蛋(dan)白組
以iTRAQ和TMT為代(dai)表的標(biao)(biao)記蛋白(bai)組，主要是(shi)使用同(tong)(tong)位素標(biao)(biao)簽(qian)，通過特異性標(biao)(biao)記多(duo)肽的氨(an)基(ji)基(ji)團，進行(xing)串聯質譜分析(xi)，最終得到(dao)蛋白(bai)的定(ding)量信息。iTRAQ和TMT二(er)者的區(qu)別，主要是(shi)采用的標(biao)(biao)簽(qian)數不同(tong)(tong)，iTRAQ采用4種(zhong)或8種(zhong)同(tong)(tong)位素的標(biao)(biao)簽(qian)， TMT采用2種(zhong)、6種(zhong)或10種(zhong)同(tong)(tong)位素的標(biao)(biao)簽(qian)。
標記蛋白組特點
? 快速、準確(que)：可同(tong)時對(dui)2-10 種不同(tong)條(tiao)件樣品(pin)進行(xing)蛋白(bai)質差異分析，不同(tong)標簽混合后上機，具有較好的平行(xing)性，實(shi)驗誤差小。
? 樣本廣泛：對各(ge)種來源(yuan)的樣本的都(dou)可以進行分析，且幾乎可以跟樣本中所有蛋白(bai)種類結(jie)合(he)。
? 靈敏、高效：與凝膠分離的(de)蛋(dan)(dan)白(bai)質定(ding)量技(ji)術相比，標記(ji)質譜定(ding)量技(ji)術可檢測到更多類型的(de)蛋(dan)(dan)白(bai)質分子，如(ru)低(di)豐(feng)度蛋(dan)(dan)白(bai)質、強酸（堿）性蛋(dan)(dan)白(bai)質、<10KD 或>100KD 的(de)蛋(dan)(dan)白(bai)質分子。
非標記蛋白組
label-free是通過液質(zhi)聯用技術對(dui)蛋白質(zhi)酶解肽段(duan)進(jin)行質(zhi)譜分析，無需使用昂貴(gui)的(de)穩(wen)定同位素標(biao)(biao)簽做(zuo)內部標(biao)(biao)準，只需分析大(da)規模鑒(jian)定蛋白質(zhi)時所產生的(de)質(zhi)譜數據，比較不(bu)同樣品中相應(ying)肽段(duan)的(de)信號強度，從而對(dui)肽段(duan)對(dui)應(ying)的(de)蛋白質(zhi)進(jin)行相對(dui)定量。
非標記蛋白組特點
? 成本低：無需昂貴的同位素(su)標(biao)簽做(zuo)內部標(biao)準(zhun)，實驗(yan)耗費(fei)低；
? 操作少(shao)：對樣(yang)本的操作少，從(cong)而使其最接(jie)近原始狀態(tai)；
? 受樣本限制少(shao)：不受樣(yang)品條件的(de)限制，克(ke)服(fu)標記(ji)定量(liang)技術在對多個樣(yang)本(ben)進行分析方面的(de)缺陷；
? 平行性要求(qiu)高：對實驗操作(zuo)穩定性(xing)、重復性(xing)要(yao)求高(gao)，要(yao)求至少做(zuo)三次生物重復。
? iTRAQ/TMT和Label-free技術(shu)的比較：
所(suo)以(yi)綜上所(suo)述，不是哪(na)個(ge)(ge)方(fang)法熱度高就選(xuan)哪(na)個(ge)(ge)，而是要(yao)根據自己的(de)實驗目的(de)和(he)樣本具體(ti)情(qing)況，選(xuan)擇最合適(shi)自己的(de)項(xiang)目類型，需要(yao)做蛋白(bai)組(zu)的(de)小(xiao)伙伴(ban)快(kuai)來了解一(yi)下吧。
