2018-12-18
前(qian)不(bu)久，測序公司(si)Pacific Biosciences宣布(bu)Sequel平臺推出升級版的系統(tong)軟件（V6.0），以及新的試(shi)劑(ji)（V3.0）和SMRT Cell（1M v3）。為客戶帶(dai)來(lai)更長讀(du)長和更高準確性的序列解讀(du)，同(tong)時使得Pacbio Sequel在de novo測序、結構變異檢測及(ji)全長轉錄(lu)組測序等方面(mian)的應用更(geng)具(ju)優勢。
PacBio公司的(de)CEO Michael Hunkapiller博士說(shuo)：“客戶現在可(ke)(ke)以(yi)通過長讀長測序和高度準確的(de)單分子reads的(de)新模(mo)式享受新的(de)功能。此外，許(xu)多用戶不再(zai)需要在讀長和準確度之(zhi)間進行權衡，因為它現在可(ke)(ke)以(yi)帶來長達15 kb的(de)與(yu)Sanger質量相當(dang)的(de)序列”。
派森諾基于新版本試(shi)劑(ji)和軟件(軟件V6.0、試(shi)劑(ji)V3.0)，在基因組(zu)和轉錄(lu)組(zu)層面(mian)進(jin)行測試(shi)，產(chan)出和讀長均得(de)到了很(hen)大提升。
實測數據統(tong)計
基因組項目
在某動物中同(tong)時用軟件V6.0、試劑V3.0和軟件V5.1、試劑V2.1進(jin)行基因組測(ce)序，數據(ju)對比如下，可以看出(chu)新升級(ji)后的(de)試劑V3.0總(zong)產(chan)出(chu)是(shi)V2.1產(chan)出(chu)的(de)兩(liang)倍(bei)左(zuo)右，平均酶讀長一倍(bei)多(duo)。
表1：基因(yin)組(zu)中V3.0試劑和V2.1試劑數據比較
試劑版本 | 每個SMRT Cell產量(liang)(Gb) | 平(ping)均酶讀長(Kb) | 最長read(Kb) | Subreads Read N50(Kb) |
V3.0 | 18 | 23.9 | 130.226 | 36.554 |
V2.1 | 9.1 | 17.4 | 93.234 | 29.234 |
全長轉錄組項目(mu)
在某一植物中同樣用(yong)軟(ruan)件(jian)V6.0、試劑(ji)V3.0和軟(ruan)件(jian)V5.1、試劑(ji)V2.1進(jin)行(xing)全長轉(zhuan)錄組測序，數據對比如下，可以看出新升級后的試劑(ji)V3.0，運行(xing)20小時(shi)總產出是V2.1，運行(xing)10小時(shi)產出的近四倍(bei)，平均酶讀長三倍(bei)多。
表2 V3.0和V2.1轉錄組測序數(shu)據統(tong)計(ji)
試(shi)劑版(ban)本 | 每個SMRT Cell產(chan)量(Gb) | 平均酶讀長(Kb) | Subread 產出(Gb) | Subreads Read N50(Kb) |
V3.0,20h | 43Gb | 65.9Kb | 8.9Gb | 8.5Kb |
V2.1,10h | 12.3 Gb | 18,7Kb | 30Gb | 9.7Kb |
PacBio Sequel測序平臺(tai)的優異表現，可讓科(ke)研人員(yuan)獲得(de)周期更短、質量更好的項目(mu)體驗。派森(sen)諾(nuo)生(sheng)物自引進PacBio Sequel以(yi)來，平臺(tai)運(yun)行持續保持“通量高(gao)、周期短”的平穩(wen)狀態，已獲得(de)越(yue)來越(yue)多科(ke)研客戶(hu)的認可，目(mu)前我司軟件試劑版本(ben)均已升級，歡迎各位老師咨詢。
