2019-01-15
文案(an) | 轉錄(lu)調控事(shi)業部(bu)
新年伊始的時候跟大家(jia)分享了《》，看懂結果(guo)是解讀數(shu)據(ju)的(de)第(di)一步(bu)，如何(he)把結果(guo)跟最(zui)終的(de)課題相關(guan)聯，即數(shu)據(ju)的(de)挖掘是數(shu)據(ju)到文章的(de)轉化關(guan)鍵(jian)，咱們今天(tian)就(jiu)來聊聊如何(he)在(zai)轉錄組結果(guo)中挖掘關(guan)鍵(jian)基(ji)因。
有參轉錄組
有參考基(ji)因(yin)組的物種進行轉(zhuan)錄組研究，因(yin)為基(ji)因(yin)的信息(xi)是已知的，所以在挖掘基(ji)因(yin)上會相對簡單(dan)。
1、通過參考文獻和前(qian)期實驗獲得(de)了一(yi)些預期基(ji)因的(de)(de)信息，可以直接在(zai)轉錄組(zu)的(de)(de)差(cha)異(yi)分析結果中(zhong)看基(ji)因的(de)(de)表達變化(hua)，是(shi)否(fou)為差(cha)異(yi)基(ji)因。文章思路參考《》。
———是，直接整理差異基(ji)(ji)因(yin)的GO和KEGG結果，明(ming)確目標基(ji)(ji)因(yin)通(tong)過什(shen)么功能和代謝通(tong)路發揮(hui)作用，富(fu)集在相同功能和通(tong)路上(shang)的其(qi)他基(ji)(ji)因(yin)以及(ji)在聚類(lei)分析(xi)中(zhong)表(biao)達模式跟目的基(ji)(ji)因(yin)相近(jin)的其(qi)他基(ji)(ji)因(yin)也可以一起(qi)研究。
———否(fou)，看差(cha)異分析(xi)的(de)(de)(de)(de)標準(zhun)是(shi)否(fou)需要調整，(調整下(xia)面的(de)(de)(de)(de)DESeq表格中(zhong)的(de)(de)(de)(de)foldchange值)，把(ba)目的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)擴(kuo)充(chong)進來，之后參照差(cha)異基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)的(de)(de)(de)(de)整理方法即可(ke)；如(ru)果(guo)目的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)幾乎沒(mei)有變(bian)化，可(ke)以(yi)通過(guo)尋找目的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)的(de)(de)(de)(de)同(tong)源基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)，關聯(lian)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)等信息(xi)來擴(kuo)充(chong)研究的(de)(de)(de)(de)范圍(wei)，或者(zhe)通過(guo)現有的(de)(de)(de)(de)差(cha)異分析(xi)的(de)(de)(de)(de)富集的(de)(de)(de)(de)結果(guo)，看富集的(de)(de)(de)(de)功能和代謝通路是(shi)否(fou)可(ke)以(yi)跟目的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)(yin)(yin)相(xiang)關聯(lian)。
2、前期并沒有什么(me)目的(de)(de)基因(yin)，想要(yao)通(tong)過轉錄組的(de)(de)結(jie)果(guo)來看對照和處理的(de)(de)可(ke)能(neng)(neng)機制，那么(me)直接整理項(xiang)目的(de)(de)差(cha)(cha)異(yi)分析(xi)結(jie)果(guo)，說(shuo)明差(cha)(cha)異(yi)基因(yin)的(de)(de)上下(xia)(xia)調情況，和具體的(de)(de)顯著(zhu)(zhu)富集(ji)(ji)的(de)(de)功(gong)能(neng)(neng)和代謝通(tong)路(lu)即可(ke)；如果(guo)想要(yao)在轉錄組結(jie)果(guo)中篩選一些關鍵的(de)(de)基因(yin)，則需(xu)要(yao)通(tong)過GO和KEGG的(de)(de)富集(ji)(ji)分析(xi)結(jie)果(guo)，篩選顯著(zhu)(zhu)差(cha)(cha)異(yi)的(de)(de)條(tiao)目進行(xing)分析(xi)，來縮小研(yan)究的(de)(de)差(cha)(cha)異(yi)基因(yin)的(de)(de)范(fan)圍。例如下(xia)(xia)表中p值(zhi)<0.05的(de)(de)GO顯著(zhu)(zhu)富集(ji)(ji)的(de)(de)條(tiao)目有三條(tiao)，那么(me)這三個條(tiao)目上富集(ji)(ji)的(de)(de)基因(yin)可(ke)以重點關注。文章(zhang)思路(lu)參考《》。
無參轉錄組(zu)
無參(can)考基(ji)(ji)因(yin)(yin)組的(de)(de)物(wu)種進(jin)行轉錄組研究，因(yin)(yin)為(wei)基(ji)(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)信(xin)息(xi)是未知的(de)(de)，所(suo)以在挖掘基(ji)(ji)因(yin)(yin)上會相(xiang)對有(you)(you)參(can)的(de)(de)物(wu)種麻煩(fan)一些。建議可以在無參(can)物(wu)種的(de)(de)注釋結果中添加近緣有(you)(you)參(can)物(wu)種的(de)(de)同源基(ji)(ji)因(yin)(yin)信(xin)息(xi)或者模式物(wu)種的(de)(de)同源基(ji)(ji)因(yin)(yin)信(xin)息(xi)，便于后續的(de)(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)查找。
1、通過參考文獻和前期(qi)實(shi)驗獲得了一些預期(qi)基(ji)因的(de)信(xin)息(xi)或功能，在無參的(de)結果中(zhong)如何(he)獲得目的(de)信(xin)息(xi)：
——在unigene的(de)總的(de)注(zhu)(zhu)釋表格中(zhong)通(tong)過關鍵詞進行查找，可以直接獲(huo)(huo)得注(zhu)(zhu)釋為該目的(de)基因的(de)unigene；在注(zhu)(zhu)釋結果的(de)GO和KEGG整理信(xin)息中(zhong)獲(huo)(huo)得目的(de)功(gong)能和通(tong)路的(de)信(xin)息，進而獲(huo)(huo)得目的(de)unigene；
——通過目的(de)基(ji)因或蛋白的(de)序列信息blast查找unigene中的(de)同源基(ji)因，獲得目的(de) unigene；
對于獲得的目的unigene，可(ke)以在差異分析的結果(guo)中查看是否屬于差異基因(yin)，之后(hou)的分析參考有參基因(yin)組的關(guan)鍵基因(yin)查找的思(si)路即(ji)可(ke)。
2、前期沒有特殊的(de)(de)(de)目的(de)(de)(de)基(ji)(ji)因，想(xiang)要(yao)通(tong)(tong)過轉(zhuan)錄組(zu)的(de)(de)(de)結果(guo)(guo)來(lai)看對照和處理的(de)(de)(de)可(ke)(ke)能機(ji)制，這種情(qing)況跟(gen)有參的(de)(de)(de)項目這種情(qing)況類似，直接整理項目的(de)(de)(de)差(cha)異(yi)(yi)分析結果(guo)(guo)，說明差(cha)異(yi)(yi)基(ji)(ji)因的(de)(de)(de)上(shang)下調情(qing)況，和具體(ti)的(de)(de)(de)顯著富集(ji)的(de)(de)(de)功(gong)能和代(dai)謝通(tong)(tong)路(lu)(lu)即可(ke)(ke)；如果(guo)(guo)想(xiang)要(yao)在轉(zhuan)錄組(zu)結果(guo)(guo)中篩選一些關鍵的(de)(de)(de)基(ji)(ji)因，則需要(yao)通(tong)(tong)過GO和KEGG的(de)(de)(de)富集(ji)分析結果(guo)(guo)，篩選跟(gen)研究目的(de)(de)(de)相關的(de)(de)(de)條目進(jin)行(xing)分析，來(lai)縮小研究的(de)(de)(de)差(cha)異(yi)(yi)基(ji)(ji)因的(de)(de)(de)范圍。文章思路(lu)(lu)參考《》。
