2019-06-19
文案 | 轉錄(lu)調(diao)控事業部
隨著現(xian)代生物學的(de)發(fa)展，以組織或(huo)細(xi)胞群為研(yan)(yan)究(jiu)對象，分析多種細(xi)胞的(de)平(ping)均(jun)基因表達水平(ping)已經(jing)不(bu)能滿足科(ke)研(yan)(yan)需求。單(dan)(dan)細(xi)胞(bao)轉錄組測(ce)序(xu)(xu)(Single cell RNA sequencing, scRNA-seq)是(shi)指在(zai)單(dan)(dan)個細(xi)胞(bao)水平對其mRNA進(jin)行高通量測(ce)序(xu)(xu)的一(yi)項新(xin)技術，原理是(shi)將(jiang)分離的單(dan)(dan)個細(xi)胞(bao)中微量的mRNA通過(guo)擴增(zeng)后再進(jin)行高通量測(ce)序(xu)(xu)。單細(xi)胞轉錄組(zu)測序能夠有效解決組(zu)織樣本細(xi)胞異(yi)質性(xing)以及被常規RNA-seq掩蓋的細(xi)胞群內的轉錄組(zu)異(yi)質性(xing)難題，有助(zhu)于發現新(xin)的稀有細(xi)胞類型(xing)，并深入(ru)了解細(xi)胞生長(chang)過程中(zhong)的表達(da)調控(kong)機制。
值此派森諾成立8周年之際，聯(lian)合10x Genomics推出單細胞(bao)轉錄組整體解決方案。
基于10x Genomics ChromiumTM系統，利用油包水的微反應體系，通過序列標簽（cell barcode和UMI）區別群體中的不同細胞和轉錄本，獲得單細胞水平的基因表達譜，可實現數千甚至上萬個單細胞群體分析，解決常規scRNA-seq方法在通量或擴展性方面存在的不足，為單細胞研究開拓新的思路。
派森諾優(you)勢
01 實驗周期短
派森(sen)諾(nuo)的技術人員，6分(fen)鐘(zhong)內快速完成(cheng)上(shang)萬個(ge)細胞(bao)封裝，一天內完成(cheng)80000個(ge)細胞(bao)的細胞(bao)懸液制備、單細胞(bao)捕獲(huo)、擴增以及建(jian)庫(ku)整個(ge)過程。
02 捕獲效率高
可(ke)使單(dan)個細(xi)胞(bao)捕獲效率高(gao)達(da)(da)65%，真(zhen)實再(zai)現細(xi)胞(bao)的RNA表達(da)(da)情況。
03 專業分析快
派森諾的(de)單細胞生信(xin)分析(xi)團隊，從數據下機只需短(duan)短(duan)幾天，即可完成全部分析(xi)內容，售(shou)后(hou)服務貼心。
04 項目經驗多
多次成功完(wan)成動物細(xi)胞、植(zhi)物細(xi)胞的單細(xi)胞測序；強勢推動腫瘤細(xi)胞異質性、免疫細(xi)胞群體檢測以及(ji)胚胎發育等研究。
技術原(yuan)理
10x Genomics儀器小巧(qiao)，但功能(neng)強(qiang)大，具(ju)有通量高(gao)、靈(ling)活(huo)性強(qiang)、流程簡單、技(ji)(ji)術性能(neng)高(gao)、單個(ge)細胞制(zhi)備(bei)成本低等優勢(shi)，其(qi)技(ji)(ji)術核(he)心是油滴(di)包裹的(de)凝膠珠(GEM)，該(gai)系統有75萬種barcoded beads，每個(ge)bead上有40-80萬探針。
利用8通道的(de)微流(liu)體“雙十字”交叉系(xi)統(tong)，將含(han)barcode的(de)凝膠(jiao)珠（Gel Beads）、細(xi)胞和酶的(de)混合(he)物、油(you)三者混合(he)，形成GEMs。
GEMs形成(cheng)后，細胞裂解(jie)，凝膠珠自動溶解(jie)釋放大量barcode序列，隨后mRNA逆轉錄產生(sheng)帶有Barcode和UMI信(xin)息的cDNA，再構建標準測序文庫。
建庫流程(cheng)
油滴(di)破碎，cDNA為模(mo)板進行PCR擴增，然后進行cDNA打斷、加測序接頭P5及測序引物R1等傳統二代測序的(de)建庫過(guo)程單細胞轉(zhuan)錄組測序
10x Genomics單細胞轉錄(lu)組測序分析(xi)內容展(zhan)示
01 分析(xi)流程
02 聚(ju)類(lei)分析
03 差異分析和富集結果
10x Genomics單細胞(bao)轉錄(lu)組(zu)測序樣品要求
派森諾提供(gong)攜帶10x Genomics一起上門(men)建庫服務(wu)，由于10x Genomics對樣本要求較(jiao)高，各位師生(sheng)可以(yi)提前樣品檢測：
樣品(pin)總(zong)量：細胞懸浮液，一個樣本細胞起始量約 5x105個；
樣品濃度：7x105—1.2x106/ml；
細(xi)胞活性：活細(xi)胞數在 80% 以上(shang)；
細胞大(da)小：小于(yu) 40 μm；
細胞培養基及緩沖(chong)液不能含有 Ca2+ 和 Mg2+ 等影(ying)響酶活(huo)性(xing)的物質；組(zu)織一(yi)般(ban)需要新鮮標本，不可冷凍，植物(wu)細胞需制成原生質體。
小貼(tie)士
1.樣(yang)品(pin)來源可以是動(dong)物、植物等，組織和細(xi)胞都需要(yao)優化方案確保細(xi)胞解離成單細(xi)胞；
2.建(jian)議的洗滌(di)方案是用含有0.04% BSA的1X PBS來沉淀和重懸細胞兩(liang)次；
3.建議使(shi)用寬槍頭(tou)重懸。 ?
派森諾成立8周年，初心(xin)不變，始終以(yi)嚴謹的科(ke)學態度(du)，成熟的測序技(ji)術，貼心(xin)的產(chan)品(pin)服務，和廣大(da)師生共同探索科(ke)研之(zhi)路。
