2019-08-07
文(wen)案 | 派森諾基因組
40℃夏季高溫，實驗室勞累了(le)一天，做研究的(de)過(guo)程中(zhong)卻總是各(ge)種無(wu)奈，定(ding)位(wei)不(bu)到(dao)區間，找不(bu)到(dao)控制性狀的(de)候(hou)選基(ji)因？
派森(sen)諾基因組，已為您(nin)準備(bei)好(hao)夏季(ji)清涼果盤(pan)，助力水(shui)果性狀的初(chu)定(ding)位。
西瓜BSA-矮桿性狀基因定(ding)位(wei)
西瓜是世界上食用最多的五種水果之一，占全球蔬菜種植面積的7%。矮稈是西瓜最重要的性狀之一，分別選取30株矮稈西瓜，30株正常西瓜DNA等量混合構建極端混池；同時對兩個親本單獨建庫，得到了352,000的SNPs，其中純合SNP為97,186個，注釋得到了4個候選基因，提出基因Cla010726 可能是西瓜中矮稈性狀的候選基因，通過qRT-PCR的方法驗證ClaGA20ox 基因是造成西瓜矮化的主要原因之一。
梨(li)BSA-梨(li)皮顏色基因定位
研究(jiu)者(zhe)使(shi)用F1群體(ti)中(zhong)(zhong)的(de)(de)28個(ge)紅(hong)皮(pi)(pi)(pi)梨(li)和(he)27個(ge)綠(lv)皮(pi)(pi)(pi)梨(li)構建混池，將 QTL區(qu)間(jian)定位于5號(hao)染色體(ti)上。開發(fa)候選區(qu)間(jian)中(zhong)(zhong)的(de)(de)indel和(he)SSR標記(ji)，將候選基(ji)因(yin)定位于582.5kb區(qu)間(jian)內，一些(xie)已知與(yu)花青(qing)素(su)合成相關(guan)的(de)(de)NAC、WRKY轉錄因(yin)子位于該區(qu)間(jian)的(de)(de)81個(ge)基(ji)因(yin)中(zhong)(zhong)。3個(ge)標記(ji)與(yu)紅(hong)綠(lv)皮(pi)(pi)(pi)基(ji)因(yin)連鎖，可以用于鑒(jian)定亞(ya)洲梨(li)群體(ti)中(zhong)(zhong)的(de)(de)紅(hong)皮(pi)(pi)(pi)性狀(zhuang)。
番茄BSA-果實大小基因(yin)定位(wei)
利用全基因組(zu)變異數據(ju)對(dui)番(fan)(fan)茄(qie)(qie)進(jin)行系統發(fa)生(sheng)和(he)(he)群體(ti)(ti)結(jie)構分析，發(fa)現(xian)番(fan)(fan)茄(qie)(qie)群體(ti)(ti)分為3個(ge)亞群，即醋(cu)栗番(fan)(fan)茄(qie)(qie)、櫻桃番(fan)(fan)茄(qie)(qie)和(he)(he)大果栽培番(fan)(fan)茄(qie)(qie)。通過群體(ti)(ti)間核苷(gan)酸多(duo)樣(yang)性比較，鑒定了186（64.6 Mb）個(ge)馴(xun)化階段(duan)和(he)(he)133個(ge)改良(liang)階段(duan)受選擇(ze)的(de)區域(54.5 Mb)，結(jie)合控制(zhi)果實(shi)重量的(de)QTLs分析，發(fa)現(xian)5個(ge)馴(xun)化基因/QTL和(he)(he)13個(ge)改良(liang)基因/QTL受到人類的(de)定向選擇(ze)。
柑(gan)橘BSA-多胚化基因(yin)定(ding)位
本研究利用構建的柑橘基因組結合前期構建的遺傳群體，針對性設計了極端表型混池測序和局部基因關聯分析的策略，將柑橘多胚位點定位到一段80Kb的區域，包含11個候選基因。進一步精細剖析發現候選基因CitRWP 與多胚性狀的關聯程度最高，并表現出胚珠特異表達的特點，且在多胚的表達顯著高于單胚。
以(yi)上就是小(xiao)編給各位圈友介紹的(de)水果BSA性狀(zhuang)定位的(de)典型案(an)例。
利用BSA定(ding)位(wei)目(mu)標基因，不同的(de)群(qun)體(ti)、不同的(de)項目(mu)策略、不同的(de)定(ding)位(wei)方(fang)法，結(jie)果可能(neng)會(hui)出現不同的(de)效果。派(pai)森諾為您(nin)提供(gong)適合的(de)研究方(fang)案，幫助您(nin)快速定(ding)位(wei)到(dao)候選區間，為您(nin)的(de)科研之(zhi)路保駕護(hu)航！
參考文獻
1. Dong Wei,Wu Defeng,Li Guoshen et al. Next-generation sequencing from bulked segregant analysis identifies a dwarfism gene in watermelon.[J] .Sci Rep, 2018, 8: 2908.
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3. Lin Tao,Zhu Guangtao,Zhang Junhong et al.Genomic analyses provide insights into the history of tomato breeding.[J] .Nat. Genet., 2014, 46: 1220-6.
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