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干貨間 | 說說關于石蠟包埋組織、核酸提取的小常識

2019-08-28

什么(me)是動物石蠟切片


動物石蠟切片是(shi)我們進行人(ren)、動(dong)物(wu)疾病(bing)診斷(duan)、病(bing)理學(xue)研究(jiu)、教學(xue)的一種重(zhong)要(yao)方法(fa)。動(dong)物(wu)石蠟(la)(la)切片制(zhi)作過程中取材、固定、脫水、透明、浸(jin)蠟(la)(la)、切片、展片、染色等步(bu)驟。隨(sui)著科學(xue)研究(jiu)的進步(bu),目前在人(ren)、動(dong)物(wu)傳(chuan)染病(bing)的診斷(duan)方面經常采(cai)用準確、快速的PCR、Elisa等分子生物學方法。但是,PCR、Elisa等方法要求操作精細、準確,由于操作不當會出現假陽性或假陰性;對于腫瘤等內科病也無法診斷。石蠟切片可以直觀的觀察到組織細胞的病理變化,是一種準確、低廉的診斷疾病方法,在疾病診斷、病理學研究、教學等方面廣泛應用。

實(shi)驗(yan)原理

采用光學顯(xian)微鏡(jing)研究(jiu)一般(ban)生物體的內部結構,在(zai)自然狀(zhuang)態下是無法觀察清楚的,多數動、植物材(cai)料(liao)都必須經過某種處理,將組織分離(li)成(cheng)單(dan)個細(xi)胞或薄片,光線才能通過細(xi)胞。為了(le)適(shi)應這個需要,就產生了(le)光學顯(xian)微鏡(jing)制片技術。

光學(xue)顯微鏡(jing)的制片(pian)技術方(fang)法可分為(wei)兩大(da)類(lei):一類(lei)是(shi)非切(qie)片(pian)法,另(ling)一類(lei)是(shi)切(qie)片(pian)法。

非切片法,是用(yong)物理或化學的方法,使細胞(bao)彼此分離,如有分離法、涂(tu)布(bu)法、壓碎法等(deng)。非切片法的操作比較(jiao)簡單,能保(bao)侍細胞(bao)的完(wan)整,但是細胞(bao)之間(jian)的正(zheng)常位(wei)置往往被更動,無法反映(ying)細胞(bao)之間(jian)的正(zheng)常聯系。它可以與切片法配合使用(yong),各取其(qi)長處。

切片法(fa),是(shi)(shi)(shi)利用銳利的刃具將組(zu)織切(qie)成極薄(bo)的片層,材料(liao)須經(jing)過一(yi)系列特殊的處理(li)(li),如固定、脫水、包埋、切(qie)片、染色(se)等,過程十分繁復(fu)。在制作(zuo)過程中,還要經(jing)過一(yi)系列的物(wu)理(li)(li)和(he)化(hua)學的處理(li)(li),這些處理(li)(li)方法可根(gen)據各種不同材料(liao)的性質要求進(jin)行合理(li)(li)選擇。切(qie)片法雖然工序繁瑣,技術復(fu)雜,但是(shi)(shi)(shi),它能(neng)(neng)保持細胞(bao)間的正常的相互關系,能(neng)(neng)較好和(he)較長(chang)時間地保留細胞(bao)的原貌,所以仍然是(shi)(shi)(shi)光學顯微鏡的主要制片方法。

優(you)點(dian):石蠟能切出極薄的蠟片(2~10μm);切片時能連成蠟帶,便于制作連續切片;操作較容易,組織塊可以包埋在石蠟中長期保存。

缺點:石蠟切片(pian)的制(zhi)(zhi)作過(guo)程(cheng)較長,步驟很多,一(yi)步不(bu)慎往往導致前功盡(jin)棄,而且這些處理引起組織塊(kuai)或多或少地收縮,切片(pian)時受(shou)濕(shi)度影(ying)響(xiang)比(bi)較大,這些不(bu)足之處必須在制(zhi)(zhi)片(pian)過(guo)程(cheng)中認真(zhen)對待,盡(jin)量減小它的不(bu)良影(ying)響(xiang)。

后續(xu)研究背景(jing)與目的

從福爾馬林固(gu)定、石(shi)蠟包埋組織內提取DNA一直以來都是一項困擾著眾多研究人員的難題。

甲醛作為常(chang)用固定液福爾馬林的一個(ge)重要(yao)成分,可(ke)以(yi)引(yin)起(qi)核(he)酸(suan)(suan)大(da)分子之(zhi)(zhi)間(jian)以(yi)及核(he)酸(suan)(suan)與蛋白質之(zhi)(zhi)間(jian)的廣(guang)泛交聯,這一反應將(jiang)會導致(zhi)從組織內(nei)提(ti)取DNA十分困難。不僅如此,如果固定所用的固定液不是緩沖型中性福爾馬林溶液,還將出現甲醛被氧化生成甲酸后,固定液的PH值大幅降低,有時甚至會出現PH小于1的情況,這種酸性的環境將會導致DNA鏈的斷裂。

這些作(zuo)用都導致(zhi)無法利用PCR擴增技術得到滿意的DNA片段長度和含量,從而嚴重影響了分子生物學研究。盡管從福爾馬林固定石蠟包埋組織提取DNA十分困難,但卻不能忽視這些組織可能為基因遺傳學等研究提供的信息。在世界各地的醫院及病理研究所都儲存著大量的固定組織,它們常是唯一的致病相關基因研究重要的研究對象。正是因為如此,越來越多的學者開始研究如何從固定組織提取高質量DNA,并有一系列的相關論文逐漸發表。

不(bu)容樂觀的(de)是(shi),雖(sui)然相關性文(wen)章在不(bu)斷增多(duo),但(dan)是(shi)這些(xie)文(wen)章所提及的(de)方法,能夠達提取(qu)到(dao)高質(zhi)量(liang)DNA的并不多。

首先(xian),因為研究(jiu)目(mu)的不同(tong),對目(mu)的基(ji)因要求不同(tong),很難用同(tong)一的標準(zhun)來判(pan)定提取DNA的質量;

其次,雖然有(you)些方法(fa)可(ke)以保證提取出的DNA含量,但是因為這些組織內的DNA多由于固定的原因而降解成較小的DNA片段,盡管含量可觀,無法保證片段長度,這種方法仍難以推廣。

其實,影響固定組(zu)織內DNA質量的因素有很多,大體可以分為:

1.固(gu)定(ding)前(qian)因素,這就包括了組織的類(lei)型和大(da)小,固(gu)定(ding)前(qian)它的腐敗程度等(deng)等(deng);

2.固(gu)(gu)定(ding)(ding)因(yin)素,包括(kuo)了(le)選取何種(zhong)固(gu)(gu)定(ding)(ding)液,固(gu)(gu)定(ding)(ding)液的PH值(zhi),溫度(du)以(yi)及固(gu)(gu)定(ding)(ding)時間的長短等;

3.固定后因素,例(li)如固定后儲(chu)(chu)存時間(jian)的(de)長(chang)短和儲(chu)(chu)存溫度的(de)高低等。

面對(dui)上述影響因素,想要(yao)找到一種理想的提(ti)取(qu)方(fang)法需要(yao)進(jin)一步(bu)研究,并結(jie)合考慮樣材情況。因此不能對(dui)已(yi)提(ti)出方(fang)法的效果妄下(xia)判斷,這些方(fang)法可以減少某(mou)一影響因素的影響,卻不能同時(shi)解(jie)決所(suo)有問(wen)題。例如,在關于組織消化(hua)(hua)時(shi)間的問(wen)題上,有的學(xue)者就提(ti)出加(jia)入消化(hua)(hua)酶后(hou),盡可能延長孵(fu)育(yu)時(shi)間是(shi)十分有利的;但也有的學(xue)者提(ti)出消化(hua)(hua)時(shi)間不宜超過3個小時。這些看似矛盾的結論,其實是基于不同的因素考慮。在當前國內外發表的文章中,所提及的提取辦法有的是較以往有較大不同的,有的僅是在特定步驟稍作改動的。

派森諾石蠟核酸提取服務

進口特殊的(de)裂解緩沖液原料可以(yi)獲得超短的(de)裂解時間(jian)

無(wu)需要去石蠟化

無需使用苯(ben)(ben)酚(fen),辛烷或二甲苯(ben)(ben)等有害(hai)或有毒成分

在不到(dao)2.5小時的時間內實現高產量和質量

適(shi)用(yong)于多(duo)種組織(zhi)樣本

DNA完(wan)整性(xing)高

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圖1  DNA電泳(yong)圖

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表(biao)1  濃度表(biao) (與(yu)上表(biao)對應)

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表2 各處理比較

關于送(song)樣要(yao)求

厚度5~20um

石蠟(la)切片> 5片

派森諾石(shi)蠟樣本還可以完成(cheng)的服務(wu)

甲基化分析(xi)服務

外顯子測序

SNP基因分型測(ce)序

微衛(wei)星(xing)遺傳標記

熒光定量PCR服務