2019-09-20
《QIIME 2：微生物組大數據挖(wa)掘的(de)利(li)器！》的(de)科普介紹(shao)發布至今，很多老師都非(fei)常關注！
現在進(jin)一步(bu)的消息來了：即日(ri)起(qi)，派森(sen)諾微生物組事(shi)業部正式上線以QIIME2為的分析流程，喜大普奔！
新版的結果(guo)報(bao)告(gao)內(nei)容條(tiao)理更(geng)加清晰緊湊(cou)，分(fen)析(xi)內(nei)容緊跟時(shi)代潮(chao)流，更(geng)加有利(li)于對分(fen)析(xi)結果(guo)的理解(jie)和(he)挖掘，基礎分(fen)析(xi)+常規分析+個性化分析將助力您發表高分文章。
02、QIIME2數(shu)據處理流程 DADA2 / Vsearch + 物種注釋(shi)等各種插件
我們已經介(jie)紹過，QIIME2具有強大的可擴展性，目前已經包含了眾多插件，涵蓋序列處理、物種注釋、多樣性計算等多方面。比如，在序列處理方面，有DADA2、Deblur、Vsearch等插件，其中DADA2不再以序列相似度進行聚類，而是通過“去重復”（Dereplication）等步驟，得到“擴增序列變體”ASV（Amplicon sequence variant），進而獲得單堿基精度的代表序列，提高了數據準確度與物種分辨率。
另一方(fang)面，以DADA2為首的生成ASV的方法，目前尚不能與所有擴增子類型項目適配，所以我們同樣保留了基于OTU聚類的Vsearch方法作為備選，該軟件的聚類和去嵌合體準確率均優于USEARCH的uparse算法。
03、分析可視(shi)化(hua)效果進(jin)一步升級
包括物(wu)種組(zu)成(cheng)柱形圖、Graphlan、網絡分析、熱圖分析、Beta多樣性分析、差異分析等等，我們基于QIIME2進一步升級了可視化展示效果！同時，我們還可以通過QIIME2的可視化統一展示平臺 //view.qiime2.org/，“一步到位”，獲取發表水準的酷炫圖表！
04、多種(zhong)展現形式
我(wo)們提供了多種(zhong)出圖形(xing)式(shi)，可供大家選(xuan)擇(ze)，比如多種(zhong)Alpha/Beta多樣性計算方法、多種排序圖類型、多種熱圖展現形式（是否分組、是否聚類等等）、以及多種差異物種篩選方法！
05、功能(neng)潛能(neng)預測分析 —— PICRUSt 2.0
功能(neng)預(yu)測分析(xi)的PICRUSt目前已升級到2.0版本，等您來體驗！與初代版本相比，PICRUSt 2.0不僅能對16S rRNA基因序列進行功能潛能預測，還能對真菌ITS序列和18S rRNA基因序列進行預測，同時新增了MetaCyc等功能數據庫參考源，比初代版本的參考數據庫更全、預測分析更準確，還可推斷物種來源與預測到功能的對應關系，可謂增強了不止一點點！
群(qun)落分類(lei)組(zu)成和物種(zhong)豐(feng)度分布圖
（通過 //view.qiime2.org/ 展示）
Beta 多樣性分析
（通過 //view.qiime2.org/ 展示）
Graphlan 物種組(zu)成分析
差異 ASV/OTU 的曼哈頓圖
OPLS-DA 判別(bie)分析
模塊化物種組成(cheng)關(guan)聯網絡(luo)圖
