2019-09-25
所研究物種是(shi)否(fou)有(you)(you)可用參考基因組(zu)(zu)(zu)是(shi)做轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)(zu)測序之前需(xu)要(yao)確認的第一個問題，這決定了我(wo)們(men)是(shi)做有(you)(you)參轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)(zu)測序還(huan)是(shi)無(wu)參轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)(zu)測序。有(you)(you)參轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)(zu)項目會將測到(dao)的轉(zhuan)錄(lu)本序列直接比對(dui)到(dao)參考基因組(zu)(zu)(zu)，以確定基因信息；無(wu)參的話，我(wo)們(men)就需(xu)要(yao)借助拼(pin)接軟件，獲得unigene集后(hou)去做注(zhu)釋來獲得基因信息。
基因(yin)組(zu)只有序列(lie)信息(xi)(xi)可以做為(wei)轉錄組(zu)測序的(de)參考基因(yin)組(zu)嗎？答案是不(bu)能哦！轉錄組(zu)測序的(de)參考基因(yin)組(zu)不(bu)僅需(xu)要有序列(lie)信息(xi)(xi)，還要有對(dui)應的(de)結構注(zhu)釋(shi)以及功能注(zhu)釋(shi)。
說了這么多，進入正題吧！在(zai)不(bu)知道物種是否有(you)能(neng)參考基因組的(de)情況下，首先推薦大(da)家在(zai)3大主流基因組網站進行查詢：
一、Ensembl數據庫：
//ensembl.org/index.html
由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）與WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作開發。物種豐富且更新及時，其基因組文件整理方便做轉錄組分析啦，深得生信工程師恩寵！
以動物(wu)的(de)頁面(mian)為例，人、小鼠和(he)斑馬魚(yu)這類的(de)常用模式物(wu)種，我(wo)們可以直接點(dian)進去看基因組信息(xi)。若ensembl數據庫中有收錄我們要查的物種基因組，點擊view full list of all Ensembl species，我們可以在list中找到我們關注的物種，如果列表中沒有、可直接在搜索框搜索（圖1、圖2）。很多物種擁有不止一個基因組版本，不同基因組版本可能來源于不同的基因組項目，或對應這不同的亞種，進入相應物種頁面之后，我們可以進入到不同的基因組鏈接中進行查看，例如小鼠不同株系的細胞，也是需要在該位置點擊株系列表瀏覽（圖3）。
圖1：
圖2：
圖3：
除(chu)了動物(wu)的(de)以(yi)(yi)外，將頁面拉到最下方，有植物(wu)，真菌以(yi)(yi)及細菌基因組庫的(de)超鏈接(jie)哦（圖4）！
圖4：
二、NCBI數據庫：
//www.ncbi.nlm.nih.gov/
NationalCenterforBiotechnologyInformation擁(yong)有較全面(mian)的基(ji)因組，比ensembl更被大家所熟悉。
與(yu)Ensembl不一樣，NCBI的基因組搜索欄可以搜索所有類型的物種。在條件欄選擇genome，然后輸入目標物種拉丁名，點擊后方search就能進入對應的基因組頁面啦，是不是很方便（圖5）！
圖 5：
這里要注意(yi)哦，不是所有搜到的基因(yin)組都(dou)能作為參考基因(yin)組，必須(xu)要有完整的注釋信(xin)息(xi)才行。當目(mu)標物種不止一個基因(yin)組時(shi)，我(wo)們(men)需要瀏覽(lan)基因(yin)組列(lie)表（圖6），進入到列表之后，有gene以及protein注釋的才能作為轉錄組的參考基因組（圖7）。原核物種的參考基因組要具體到菌株，所以要看目標菌株是否有參。無參的話也不要緊，做個完成圖或者框架圖就可以作為轉錄組的參考基因組啦（圖8）！
圖 6：
圖 7：
圖 8：
另外，搜索有些物種(zhong)基因組的時候你(ni)會(hui)看(kan)到以下畫面（圖9），這里并不能直接看到gene與protein信息，一般這種情況下表明基因組缺少注釋信息，這個可以進一步查看genebank assembly進行核實（圖10），看顯示文件中是否有cds，protein及RNA等注釋文件，發現該基因組確實缺少注釋信息，只有基因組序列信息（圖11）。
圖 9：
圖10：
圖 11：
三、UCSC數據庫：
//genome.ucsc.edu
由University of California Santa Cruz創立和維護，主要包含了人類、小鼠及果蠅等常見動物基因組信息（圖12）。使用率低于前兩個基因組數據庫。對于不常見的物種，優先選擇前兩個數據庫搜索基因組。
圖 12：
未(wei)完待續，更多(duo)精(jing)彩敬(jing)請(qing)期(qi)待哦(e)……
