2019-10-08
上一期為(wei)大(da)家介紹了(le)用主流基因(yin)組數(shu)據(ju)庫(ku)(ku)查詢物種基因(yin)組的辦法(fa)。那么問題(ti)來了(le)，當(dang)在這些(xie)(xie)數(shu)據(ju)庫(ku)(ku)中沒(mei)有(you)查到目標(biao)物種參(can)考基因(yin)組，就一定是(shi)無參(can)嗎？這期我們就給大(da)家列舉一些(xie)(xie)主流基因(yin)組數(shu)據(ju)庫(ku)(ku)之外(wai)的Genome Data base。
以植物(wu)基因(yin)(yin)組為主，且(qie)植物(wu)基因(yin)(yin)組更新(xin)較快，其他物(wu)種的更新(xin)較慢。
1、植物：
2、真菌：
3、微(wei)生物(wu)：
還有(you)一些(xie)物種(zhong)有(you)專(zhuan)門整理的基因(yin)組數據庫(ku)，不(bu)同(tong)種(zhong)對(dui)應的基因(yin)組清晰(xi)明了。
//cucurbitgenomics.org/
水稻基(ji)因組Ensembl與(yu)NCBI都(dou)有收錄，主要分為(wei)粳稻與(yu)秈稻，比較方(fang)便查到。
MSU數據庫(ku)：
RAP-DB數據庫：//rapdb.dna.affrc.go.jp/
當我們不確定一個(ge)物種是否有參考基因組的(de)時候，建(jian)議(yi)先通過NCBI與ensembl數(shu)據庫進行搜(sou)索(suo)。
同(tong)一個數(shu)據庫有多(duo)個基因組的時候，看每個基因組是不是都有完整的注釋，拼接水平，注釋程(cheng)度(du)等，以及基因組版本是否來自不同品種。
不同數據庫都有基因組的(de)時(shi)候，大(da)多數是因為同一(yi)個基因組(zu)被不同數據庫收錄(lu)，可(ke)以對比(bi)基因組(zu)大(da)小，注(zhu)釋信息是否一(yi)致，以及(ji)更新(xin)時間等信息。
當主流數據庫都找(zhao)不到基因組的時候(hou)：
（1）搜索(suo)該物種發(fa)表(biao)文章，報道(dao)等，看有無(wu)基因組(zu)(zu)發(fa)表(biao)信息(xi)。很多時候，即(ji)使有報道(dao)出來，基因組(zu)(zu)項目(mu)也未必進行(xing)完全，或者尚未公開數據。
（2）看該物種轉錄組文章做(zuo)得有(you)參還是(shi)無參，有(you)參的(de)話文章中會(hui)提到參考基(ji)因組信息(xi)。
（3）查(cha)詢是否有專門的(de)基因組(zu)數(shu)據庫整理了該類物(wu)種(zhong)的(de)基因組(zu)信息。
有(you)了(le)這些基因(yin)組(zu)(zu)查(cha)找方(fang)法，小(xiao)伙伴們就能自己查(cha)找確認目標物種是否有(you)參考基因(yin)組(zu)(zu)了(le)！
