2019-12-22
ATAC-Seq （Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing）作為表(biao)觀(guan)遺傳(chuan)學研究技術大家庭(ting)中的(de)重要成員(yuan)，已經在越(yue)來越(yue)多的(de)研究中得以應用。其技術原理見(jian)：。
今天，我(wo)們來帶大家看一(yi)篇ATAC-Seq在植物中的應用案例，為廣大植物表觀遺傳(chuan)研究者(zhe)提供思路。
發表期刊：Plant Journal 發表年份：2018 影響因子：5.726
細(xi)(xi)胞(bao)(bao)的(de)(de)(de)分(fen)化(hua)是(shi)由(you)轉錄因(yin)子(TFs)活(huo)性(xing)的(de)(de)(de)改變以及隨后的(de)(de)(de)轉錄改變所驅動的(de)(de)(de)。為了研究這一過(guo)程，可(ke)以通過(guo)探測(ce)染色質的(de)(de)(de)可(ke)及性(xing)來推斷細(xi)(xi)胞(bao)(bao)類(lei)型(xing)之(zhi)間TF結合的(de)(de)(de)差異。此(ci)研究使用(yong)細(xi)(xi)胞(bao)(bao)類(lei)型(xing)特異性(xing)核純化(hua)，然后進行(xing)ATAC-Seq測(ce)定，以描述擬南(nan)芥莖頂(ding)端分(fen)生(sheng)組織(SAM)干細(xi)(xi)胞(bao)(bao)和分(fen)化(hua)的(de)(de)(de)葉肉細(xi)(xi)胞(bao)(bao)之(zhi)間染色質可(ke)及性(xing)和TF調控網絡的(de)(de)(de)差異。
研究思路
圖1 轉基因(yin)株系特(te)征(zheng)以及ATAC-Seq數據概況
圖2 干細胞與葉肉細胞染色(se)質可及(ji)性的差異
圖3 轉座(zuo)酶超敏位點中序列基序
圖4 干(gan)細(xi)胞(bao)和(he)葉肉細(xi)胞(bao)中關(guan)鍵TF的(de)調控途徑
本(ben)研究(jiu)發現，在每個細(xi)胞(bao)類型中(zhong)優先表達的(de)(de)多(duo)個TFs可(ke)以廣(guang)泛地共(gong)同(tong)調(diao)控(kong)靶基因。有趣的(de)(de)是，這些細(xi)胞(bao)類型豐富的(de)(de)集合中(zhong)的(de)(de)TFs也顯示出廣(guang)泛的(de)(de)相互調(diao)節的(de)(de)現象。葉肉細(xi)胞(bao)中(zhong)優先可(ke)及的(de)(de)染色質區域在干(gan)細(xi)胞(bao)中(zhong)也基本(ben)可(ke)及，反之則(ze)不(bu)然。這一(yi)觀察結果表明，干(gan)細(xi)胞(bao)中(zhong)調(diao)控(kong)元件(jian)的(de)(de)高(gao)可(ke)達性可(ke)能有助于其發育可(ke)塑(su)性。
Sijacic P, Bajic M, McKinney E C, et al. Changes in chromatin accessibility between Arabidopsis stem cells and mesophyll cells illuminate cell type‐specific transcription factor networks[J]. The Plant Journal, 2018, 94(2): 215-231.
