2019-12-31
作(zuo)為一個精致的circRNA研(yan)究(jiu)者，這些數據庫你(ni)可不能不知道(dao)，今天帶你(ni)從circRNA研(yan)究(jiu)小白快速(su)晉升為大(da)神。
環狀RNA（circRNA）是一(yi)類特(te)殊的(de)非(fei)編碼RNA分子(zi)（在活體中(zhong)有(you)(you)時也(ye)有(you)(you)表(biao)達(da)），也(ye)是RNA領域最新的(de)研究熱點(dian)。與傳統(tong)的(de)線性RNA（linear RNA，含(han)5’和(he)3’末端）不同，circRNA分子(zi)呈封閉環狀結(jie)構，不受(shou)RNA外切酶影響(xiang)，表(biao)達(da)更穩定，不易降(jiang)解。在功能(neng)上，近(jin)年的(de)研究表(biao)明(ming)，circRNA分子(zi)富含(han)microRNA（miRNA）結(jie)合位點(dian)，在細胞中(zhong)起到miRNA海綿（ miRNA sponge）的(de)作用，進而解除miRNA對其靶(ba)基因的(de)抑制(zhi)(zhi)作用，升高靶(ba)基因的(de)表(biao)達(da)水平；這一(yi)作用機制(zhi)(zhi)被稱為競爭性內源RNA（ceRNA）機制(zhi)(zhi)。目前報道稱，circRNA與動植物的(de)應激脅(xie)迫，生長發育和(he)疾病(bing)病(bing)理方面都有(you)(you)著非(fei)常重(zhong)要(yao)的(de)作用。
利用高通量測序(xu)可以非常快速便捷的(de)得(de)到生物體表達的(de)circRNA相關信息。在我(wo)們完成測序(xu)工(gong)作(zuo)后(hou)，如何(he)進(jin)一步分析挖掘我(wo)們的(de)數(shu)據(ju)呢(ni)？這(zhe)個時候，給大(da)家(jia)介紹幾大(da)數(shu)據(ju)庫，方(fang)便推進(jin)我(wo)們的(de)研究工(gong)作(zuo)。
此處小(xiao)編(bian)插一句話：由于咱們互聯網的(de)迅猛發展(zhan)，網絡信息紛繁復雜，以下數(shu)據(ju)庫(ku)均(jun)為小(xiao)編(bian)親測可以使用，有些數(shu)據(ju)庫(ku)鏈接都(dou)打不開(kai)了的(de)，咱就不介紹給大家了哈(ha)~~
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circBase 收(shou)集(ji)包括以下 6 個(ge)物種的 circRNA 信息：人(ren) (hg19)、小鼠(shu) (mm9) 、秀麗(li)線蟲 (ce6)、黑(hei)腹果蠅 (dm3)、矛尾魚(yu) (latCha1)、腔棘魚(yu) (latCha1)。該(gai)數據庫是目前相(xiang)對收(shou)錄信息比較全和(he)完整的，數據也能(neng)下載，非(fei)常實(shi)用。該(gai)數據庫特點是可以通過檢(jian)索得知circRNA的基因組序列，位置(zhi)信息，對應的基因信息，circRNA成(cheng)環序列，相(xiang)關文(wen)獻鏈(lian)接等等，比較遺(yi)憾的是，目前這個(ge)數據庫只(zhi)能(neng)針對上(shang)述(shu)物種已(yi)知的circRNA進行信息檢(jian)索。
（//202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php）
circRNADb是(shi)一(yi)個(ge)(ge)人(ren)類circRNA的(de)(de)(de)(de)綜(zong)合數(shu)據(ju)庫。是(shi)首個(ge)(ge)匯總可編碼蛋白的(de)(de)(de)(de)環狀RNA的(de)(de)(de)(de)數(shu)據(ju)庫，這個(ge)(ge)數(shu)據(ju)庫的(de)(de)(de)(de)最新(xin)版(ban)本包含32914個(ge)(ge)帶注釋的(de)(de)(de)(de)外顯子circRNA，對于大規模研究circRNA，特別是(shi)對人(ren)類的(de)(de)(de)(de)研究，是(shi)一(yi)個(ge)(ge)非常重要的(de)(de)(de)(de)資源。該數(shu)據(ju)庫特點是(shi)界面清晰，設(she)計(ji)(ji)比較人(ren)性化，設(she)計(ji)(ji)了通過基因名稱（Gene symbol），PubMed ID及細胞或組織類型三種檢索途徑，滿足不同客戶的(de)(de)(de)(de)需求。就目前來看，預測與驗證circRNA編碼多肽的(de)(de)(de)(de)功能(neng)也是(shi)環狀RNA未來重要的(de)(de)(de)(de)研究方向。
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TSCD是(shi)Tissue-Specific CircRNA Database的簡寫，是(shi)檢索人和(he)小鼠中(zhong)組(zu)織特異性的circRNA信(xin)(xin)息的數據(ju)庫(ku)，也包括(kuo)成(cheng)人和(he)胚胎的不同組(zu)織。該(gai)數據(ju)庫(ku)特點是(shi)可以(yi)通(tong)過檢索得知不同組(zu)織中(zhong)的特異性表(biao)達的circRNA，直接點擊關注的circRNA還可以(yi)得知潛在結(jie)合的miRNA和(he)蛋白種類(lei)，并(bing)且顯(xian)而易見，該(gai)數據(ju)庫(ku)提(ti)供兩(liang)個基(ji)因組(zu)版(ban)本的circRNA信(xin)(xin)息哦。
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數(shu)據庫CircInteractome預測(ce)(ce)了已知的(de)109個RNA結(jie)合(he)蛋白(bai)數(shu)據集與circbase中的(de)circRNA的(de)結(jie)合(he)位點(dian)(dian)，并利(li)用Targetscan軟件(jian)預測(ce)(ce)了miRNAs與circRNA的(de)潛(qian)在結(jie)合(he)位點(dian)(dian)。可進行(xing)circRNA分子(zi)檢索(suo)、circRNA結(jie)合(he)蛋白(bai)預測(ce)(ce)、PCR引物(wu)設計、siRNA干(gan)擾序列設計等操作。該數(shu)據庫特點(dian)(dian)就是功能(neng)全。目(mu)標(biao)篩選(xuan)，數(shu)據挖掘，驗(yan)證實(shi)驗(yan)，該數(shu)據庫伴您始(shi)終。
介(jie)紹了這么多數據庫(ku)，大家(jia)是不(bu)是摩拳擦掌(zhang)，躍躍欲(yu)試(shi)了呢？大家(jia)若在使用中有什么問(wen)題(ti)歡迎點擊下方的留言咨(zi)詢我們，派(pai)森諾將以專業的測(ce)序知識(shi)，優良的服務態度等待著大家(jia)。
