2020-02-21
miRNA通過負調控(kong)基因(yin)(yin)的(de)(de)表達可參(can)與(yu)(yu)(yu)動(dong)植物的(de)(de)細胞增殖、凋亡、分化、代謝(xie)、腫(zhong)瘤(liu)的(de)(de)生(sheng)(sheng)長發育以及逆境響應等多種生(sheng)(sheng)物學過程。基于高(gao)通量測序平臺的(de)(de)miRNA與(yu)(yu)(yu)mRNA測序的(de)(de)研究屢見不鮮，為(wei)了尋找miRNA與(yu)(yu)(yu)mRNA的(de)(de)靶(ba)向調控(kong)關系(xi)，各(ge)種miRNA的(de)(de)靶(ba)基因(yin)(yin)預(yu)測軟(ruan)件也不斷涌現，But…,有多少小伙伴被審稿專家(jia)質疑(yi)過miRNA靶(ba)基因(yin)(yin)預(yu)測結果假陽(yang)性高(gao)的(de)(de)問題而與(yu)(yu)(yu)理(li)想的(de)(de)期刊失之交臂？
同(tong)學莫慌，有一種東(dong)西叫做(zuo)降解組測序，不知道你曉(xiao)不曉(xiao)得？不要緊，咱們一起來看看。
Q1：什么是降解組測(ce)序 (Degradome Sequencing)？
主要針對(dui)(dui)miRNA介導(dao)的(de)剪切降解(jie)片段(duan)進行測(ce)序，從實(shi)驗中篩選miRNA作用(yong)的(de)靶(ba)基因，并結合生物信息(xi)學分析優勢，確定(ding)降解(jie)片段(duan)與miRNA精確的(de)配(pei)對(dui)(dui)信息(xi)。
Q2：降解組(zu)測序的(de)原理是什么？
在植(zhi)物(wu)體內(nei)絕大多數的(de)(de)(de)miRNA是利用剪(jian)切(qie)(qie)作用調控靶基(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)表達，且(qie)剪(jian)切(qie)(qie)常發(fa)生在miRNA與mRNA互(hu)補區域的(de)(de)(de)第十位核(he)苷(gan)酸上。靶基(ji)因(yin)(yin)經剪(jian)切(qie)(qie)產生二(er)個片段，5’剪(jian)切(qie)(qie)片段和3’剪(jian)切(qie)(qie)片段。其中3’剪(jian)切(qie)(qie)片段，包含(han)有(you)自(zi)由(you)的(de)(de)(de)5’單磷(lin)酸和3’polyA尾巴，可被RNA連接(jie)酶(mei)連接(jie)，產物(wu)可用于下游高通量測(ce)序(xu)；而含(han)有(you)5’帽(mao)子結構的(de)(de)(de)完整基(ji)因(yin)(yin)，含(han)有(you)帽(mao)子結構的(de)(de)(de)5’剪(jian)切(qie)(qie)片段或是其他缺少5’單磷(lin)酸基(ji)團(tuan)的(de)(de)(de)RNA是不(bu)被RNA酶(mei)連接(jie)，不(bu)能(neng)進入下游的(de)(de)(de)測(ce)序(xu)實驗的(de)(de)(de)。由(you)此來找(zhao)到真(zhen)正被miRNA降(jiang)解(jie)的(de)(de)(de)靶基(ji)因(yin)(yin)，擺脫軟(ruan)件預測(ce)靶基(ji)因(yin)(yin)的(de)(de)(de)限制。
miRNA剪切靶基(ji)因原(yuan)理示例圖
Q3：降解組測序技術(shu)的應(ying)用？
① ：miRNA真正作用的(de)靶基因鑒(jian)定。在利用降(jiang)解組測(ce)序技術獲得(de)被miRNA剪切的(de)基因后，進一步研究miRNA的(de)調控機制。
② miRNA前(qian)體加工模式(shi)的(de)研究(jiu)，miRNA自我調(diao)控研究(jiu)等。
Q4：降解組測序技術(shu)的研究材料要求？
① ：miRNA通過剪切方式(shi)來調控(kong)靶(ba)基因(yin)表(biao)達的(de)機制(zhi)普遍發生在植物體(ti)(ti)內，動物體(ti)(ti)內則較少。因(yin)此降解組測(ce)序(xu)更適合植物的(de)miRNA靶(ba)基因(yin)鑒定(ding)。
② 由(you)于(yu)降(jiang)解組的結果鑒(jian)定依賴于(yu)跟已知序列信息比(bi)對(dui)，因(yin)此擁有完(wan)善(shan)轉錄組信息的物(wu)種更適合做(zuo)降(jiang)解組測(ce)序，才能挖(wa)掘更全面的降(jiang)解信息。
看(kan)到(dao)這里(li)相(xiang)信大(da)家已經(jing)認識(shi)降解組測(ce)(ce)序啦，在(zai)這個后基因組研(yan)(yan)究(jiu)的(de)(de)時代(dai)，生命科學領域的(de)(de)研(yan)(yan)究(jiu)越(yue)(yue)來(lai)越(yue)(yue)趨向于研(yan)(yan)究(jiu)發(fa)現的(de)(de)驗證，依靠生物信息(xi)學預測(ce)(ce)出來(lai)的(de)(de)結果越(yue)(yue)來(lai)越(yue)(yue)不被好的(de)(de)雜(za)志所(suo)接受，所(suo)以建議小伙伴們經(jing)后的(de)(de)研(yan)(yan)究(jiu)工作要重點考慮到(dao)如(ru)何讓自己(ji)的(de)(de)研(yan)(yan)究(jiu)成(cheng)果被充分信服哦(e)！
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