2020-02-25
期刊(kan)：International Journal of Molecular Science
影響(xiang)因子：4.183。
上周(zhou)帶大家了(le)(le)解了(le)(le)（點擊查看(kan)），現在我們來分(fen)享一(yi)個降解組應(ying)用實例，這篇文(wen)章將(jiang)降解組、轉錄組以(yi)及small RNA測序(xu)3種高通量(liang)測序(xu)手(shou)段結合(he)在一(yi)起，通過(guo)整合(he)分(fen)析(xi)解析(xi)了研究對象(xiang)花(hua)的發育與脫(tuo)落(luo)機制，該(gai)成果于(yu)2019年10月發表于(yu)International Journal of Molecular Science，影響因子4.183。
黃花(hua)羽扇豆是一種(zhong)重要的(de)(de)經濟(ji)作物(wu)(wu)，但通常由于花(hua)的(de)(de)脫落(luo)導致重大(da)的(de)(de)經濟(ji)損失。有研(yan)究(jiu)證(zheng)明小非編碼RNAs (sncRNAs)可能(neng)在植物(wu)(wu)花(hua)的(de)(de)發育和脫落(luo)過程(cheng)中(zhong)的(de)(de)復雜分子作用網絡中(zhong)扮演著關鍵調(diao)控(kong)角色。本(ben)研(yan)究(jiu)首次對羽扇豆花(hua)中(zhong)的(de)(de)小RNA、轉錄組和降(jiang)解組測序數據進行(xing)了全面的(de)(de)鑒定和分析，以闡明其在調(diao)節羽扇豆生殖發育中(zhong)的(de)(de)作用。
研究(jiu)方(fang)法
主要研究結(jie)果(guo)展示(shi)
miRNA差異表達分析
轉錄后調(diao)控(kong)-miRNA靶標鑒定（靶向剪切位點分析）
miRNA靶基因功能富集分析
miRNA和(he)siRNA參與花(hua)的發育和(he)脫落
本研(yan)究(jiu)共鑒定出394個(ge)已知的(de)和(he)28個(ge)新的(de)miRNA，以及316個(ge)階段性的(de)siRNA。59個(ge)miRNA在(zai)花在(zai)不(bu)同的(de)發(fa)展階段差(cha)異(yi)表(biao)達，在(zai)上半部(bu)分花朵(duo)與(yu)下半部(bu)分的(de)花朵(duo)比較(jiao)中(zhong)(zhong)鑒定出46 個(ge)差(cha)異(yi)表(biao)達的(de)miRNA。TasiR-ARFs在(zai)花的(de)發(fa)育過(guo)程中(zhong)(zhong)差(cha)異(yi)表(biao)達明顯，且在(zai)花梗中(zhong)(zhong)表(biao)達更高。在(zai)與(yu)碳水化合物(wu)代謝和(he)植(zhi)物(wu)激素轉導(dao)途(tu)徑(jing)相關的(de)功能分類中(zhong)(zhong)，差(cha)異(yi)miRNA靶基因優先富集(ji)。這一研(yan)究(jiu)不(bu)僅有助于(yu)目前對羽(yu)扇豆(dou)花的(de)發(fa)育和(he)脫落(luo)過(guo)程的(de)了解，而且也(ye)為作物(wu)改(gai)良(liang)研(yan)究(jiu)提供了基礎。
參(can)考(kao)文獻：Glazińska P, Kulasek M, Glinkowski W, et al. Integrated Analysis of Small RNA, Transcriptome and Degradome Sequencing Provides New Insights into Floral Development and Abscission in Yellow Lupine (Lupinus luteus L.)[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20(20): 5122.
