2020-06-19
降解(jie)組(zu)測序是利用(yong)高通量測序平臺(tai)批量鑒定miRNA真實靶基(ji)因的(de)技術，miRNA通常起(qi)到(dao)抑制或降解(jie)mRNA的(de)作用(yong)，從而影(ying)響基(ji)因功能的(de)發揮。
尋(xun)找miRNA靶基因(yin)(yin)的(de)(de)常規手(shou)段最常見的(de)(de)有兩(liang)類，一類是(shi)生信手(shou)段：基于序(xu)列信息(xi)通(tong)過(guo)Target Scan、miRanda等(deng)軟件預(yu)測(ce)。一個(ge)miRNA可以(yi)靶向(xiang)多(duo)個(ge)mRNA，一個(ge)mRNA也可以(yi)被(bei)多(duo)個(ge)miRNA靶向(xiang)結合，所以(yi)通(tong)過(guo)生信預(yu)測(ce)出來(lai)的(de)(de)結果信息(xi)量(liang)(liang)會很龐大(da)，且(qie)假陽(yang)性(xing)(xing)高，需(xu)要在海量(liang)(liang)的(de)(de)靶向(xiang)關(guan)系(xi)中找到關(guan)鍵基因(yin)(yin)來(lai)做實驗(yan)(yan)驗(yan)(yan)證(zheng)。另一類是(shi)實驗(yan)(yan)手(shou)段：如利用AGO蛋白做RIP（RNA免(mian)疫共沉淀(dian)），以(yi)及(ji)CLIP、生物素下拉等(deng)方(fang)法(fa)。實驗(yan)(yan)方(fang)法(fa)一般(ban)操(cao)作復雜，依賴抗體與試(shi)劑的(de)(de)好壞(huai)與質量(liang)(liang)，且(qie)人為操(cao)作過(guo)程中影響因(yin)(yin)素太多(duo)，除了這些外界因(yin)(yin)素外，還受抗體特異性(xing)(xing)、交聯效率，背景噪音等(deng)因(yin)(yin)素影響，屬實有點費力(li)不一定討好的(de)(de)樣子。
降解組(zu)(zu)測(ce)序(xu)可以同時(shi)解決上述手(shou)段存在(zai)的(de)問題。通量高(gao)，結(jie)果(guo)準，不需要做復雜的(de)實驗。且降解組(zu)(zu)測(ce)序(xu)不需要生(sheng)物(wu)學重復，如果(guo)同時(shi)做轉錄組(zu)(zu)或者Small RNA測(ce)序(xu)，每個(ge)組(zu)(zu)的(de)生(sheng)物(wu)學重復混成一份(fen)樣品做降解組(zu)(zu)測(ce)序(xu)就行啦！
技術流程
miRNA在mRNA上剪切位點(dian)t-plot圖(tu)
降(jiang)解組(zu)一(yi)般都是結合轉(zhuan)錄組(zu)以及小(xiao)RNA測序數據(ju)一(yi)起闡明基因表達(da)調控機制，早做早發文章(zhang)哦~
