2020-07-08
隨(sui)著抗生(sheng)(sheng)素藥(yao)物的(de)發現及使用，產生(sheng)(sheng)了越來越多(duo)的(de)耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)菌(jun)株。耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)性(xing)會增加疾病治療的(de)難度和成本，因(yin)此耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)微生(sheng)(sheng)物的(de)研(yan)究(jiu)顯(xian)得尤(you)為重要。細(xi)(xi)菌(jun)的(de)多(duo)種(zhong)耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)機制由(you)大量耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)基(ji)因(yin)所編碼。耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)菌(jun)在(zai)基(ji)因(yin)水(shui)平上(shang)的(de)改變(bian)主(zhu)要包(bao)括固有(you)(you)耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)性(xing)、獲得耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)性(xing)以(yi)及多(duo)重耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)性(xing)。固有(you)(you)耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)性(xing)來源于(yu)細(xi)(xi)菌(jun)本身染色體上(shang)的(de)耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)基(ji)因(yin)。獲得耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)性(xing)則是(shi)(shi)由(you)于(yu)敏(min)感的(de)細(xi)(xi)菌(jun)發生(sheng)(sheng)基(ji)因(yin)突變(bian)或獲得外源性(xing)耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)基(ji)因(yin)所產生(sheng)(sheng)的(de)。多(duo)重耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)性(xing)則是(shi)(shi)指細(xi)(xi)菌(jun)同(tong)時對多(duo)種(zhong)不同(tong)作(zuo)用機制，或結構(gou)完全各異(yi)的(de)抗菌(jun)藥(yao)物具有(you)(you)耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)性(xing)。當前(qian)在(zai)全世界范圍內，多(duo)種(zhong)病原菌(jun)甚至(zhi)出(chu)現了多(duo)重耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)株，甚至(zhi)泛耐(nai)(nai)(nai)藥(yao)株。
目前利用基因組高通(tong)量測序(xu)序(xu)列數(shu)據與(yu)生(sheng)物信息學方(fang)法, 可(ke)深度剖析細菌耐藥(yao)機(ji)制, 確定新藥(yao)靶點(dian)，尋找新的抗生(sheng)素，這在一定程度上可(ke)以幫助我們解析耐藥(yao)機(ji)制，為疾病治療、藥(yao)物研發(fa)等提供參考。
這其中最核心(xin)的內容就是耐(nai)藥基因數(shu)據(ju)庫，一個完(wan)備、精確(que)、更新及時的數(shu)據(ju)庫，是耐(nai)藥基因篩查工(gong)作(zuo)的核心(xin)。
ARDB是最先整合了(le)各種(zhong)微(wei)生物中抗藥(yao)基(ji)因(yin)的(de)數據庫，但它從2009年開始就不再更新。
而CARD(the Comprehensive Antibiotic Research Database)數據庫(ku)(ku)包含(han)了ARDB數據庫(ku)(ku)中所(suo)有抗性(xing)信息，在構建(jian)之初就充分考(kao)慮到新的耐藥(yao)基(ji)因隨抗生(sheng)素(su)的使用不斷產(chan)生(sheng)的問(wen)題，搭(da)建(jian)了一個數據共享平臺，以ARO（Antibiotic Resistance Ontology）為核心(xin)對抗性(xing)數據進行整合，以達到數據實(shi)時更新的目的。
一起來看(kan)看(kan)如何利(li)用(yong)CARD數據庫在線進行進行耐(nai)藥(yao)基因預測(ce)？
地址：//card.mcmaster.ca/，點擊(ji)鏈接(jie)進(jin)入CARD數據庫；
在CARD數(shu)據庫網站(zhan)，點(dian)擊“Analyze”選項可進入(ru)耐藥基(ji)因預(yu)測界面。
耐藥基因(yin)預(yu)測分析可通(tong)過(guo)選擇“BLAST”和“RGI(Resistance Gene Identifier)”兩種模式(shi)來(lai)實現；
1、BLAST是依賴NCBI中BLAST軟(ruan)件，將序(xu)列與CARD數據庫(ku)中的參考序(xu)列進(jin)行比對(dui)，獲得相關的注釋信(xin)息；
2、RGI是CARD數據庫(ku)團隊(dui)開發的基于蛋白(bai)預測抗性(xing)基因序列(lie)的軟件，即通過蛋白(bai)同源(yuan)和(he)蛋白(bai)變異兩種模式(shi)來預測抗性(xing)基因序列(lie)，同時還提供了畫圖功能，兼具實用(yong)和(he)高(gao)效(xiao)的特性(xing)；
可(ke)視化結果展示(shi)
以上就是CARD數(shu)據(ju)庫的(de)在線使用，您get到(dao)了(le)嗎？
快來一(yi)起試(shi)試(shi)吧！
派森(sen)諾生物可提供小基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)（細菌(jun)、真菌(jun)、細胞器、DNA/RNA病毒）測(ce)(ce)序(xu)服務(wu)，基(ji)(ji)于高通量測(ce)(ce)序(xu)技術，獲得(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)的(de)圖譜信息，并在結構基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)學、比(bi)較基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)學層面通過差異分析、同源(yuan)基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)分析、共線性分析、物種進化(hua)分析等手段探究(jiu)小基(ji)(ji)因(yin)(yin)(yin)組(zu)的(de)性質(zhi)，為溯(su)源(yuan)和(he)進化(hua)研究(jiu)等提供證據(ju)。
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