2020-09-01
上(shang)期小編分享(xiang)了(le)你get了嗎？上傳過程中有任何問題都可以與小(xiao)編溝通哦(e)。本期小(xiao)編將(jiang)分(fen)享關于小(xiao)基因組(zu)數(shu)據NCBI上傳流程，那小(xiao)基因組(zu)包含哪些基因組(zu)呢(ni)？
小(xiao)(xiao)基(ji)(ji)(ji)(ji)因組主要包括(kuo)線(xian)粒體(ti)、葉綠(lv)體(ti)、病毒、質(zhi)粒等，由于(yu)這些基(ji)(ji)(ji)(ji)因組大小(xiao)(xiao)通常小(xiao)(xiao)于(yu)1M，因此統稱為小(xiao)(xiao)基(ji)(ji)(ji)(ji)因組。基(ji)(ji)(ji)(ji)于(yu)高(gao)通量(liang)測(ce)序(xu)(xu)技術，對(dui)小(xiao)(xiao)基(ji)(ji)(ji)(ji)因組進(jin)行(xing)全(quan)基(ji)(ji)(ji)(ji)因組測(ce)序(xu)(xu)，可(ke)以(yi)(yi)得到(dao)其(qi)全(quan)基(ji)(ji)(ji)(ji)因組序(xu)(xu)列，并預(yu)測(ce)其(qi)重要的功(gong)能基(ji)(ji)(ji)(ji)因。基(ji)(ji)(ji)(ji)于(yu)全(quan)基(ji)(ji)(ji)(ji)因組序(xu)(xu)列，對(dui)于(yu)線(xian)粒體(ti)/葉綠(lv)體(ti)可(ke)以(yi)(yi)進(jin)一步研究(jiu)物種分類、進(jin)化關(guan)系(xi)等；對(dui)于(yu)病毒、質(zhi)粒可(ke)以(yi)(yi)則可(ke)以(yi)(yi)進(jin)一步研究(jiu)致病性、與宿主的相互作用(yong)等。對(dui)這些基(ji)(ji)(ji)(ji)因組進(jin)行(xing)研究(jiu)后同樣也是需要將基(ji)(ji)(ji)(ji)因組的信息(xi)上(shang)(shang)傳到(dao)NCBI的，那如何上(shang)(shang)傳？上(shang)(shang)傳的具體(ti)流程是什么？來和小(xiao)(xiao)編一起(qi)學習下吧。
本次(ci)教程以葉綠體基因組上傳到(dao)NCBI 為例，其余的(de)小基因組上傳步驟和它一樣哦。
基(ji)本(ben)流程
一、NCBI注冊 注冊(ce)網站(zhan)： //www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/？back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners 打開NCBI注冊網(wang)站(zhan)，按照(zhao)網(wang)頁上的(de)要求進(jin)行個人(ren)信息(xi)填(tian)寫，需要注意的(de)是此處要填(tian)寫郵(you)箱(xiang)，一般(ban)不建議(yi)使(shi)用(yong)qq郵(you)箱(xiang)、163郵(you)箱(xiang)和foxmail郵(you)箱(xiang)，因為(wei)這些郵(you)箱(xiang)經常(chang)會(hui)存(cun)在(zai)接收(shou)不到NCBI郵(you)件的(de)現象。所(suo)有信息(xi)都填(tian)寫完(wan)成(cheng)后(hou)點擊Create account，郵(you)箱(xiang)會(hui)接收(shou)到NCBI發過(guo)來的(de)網(wang)站(zhan)，打開此網(wang)站(zhan)進(jin)行激活(huo)即可完(wan)成(cheng)賬號注冊。 二、基本信息填寫(xie) 打開NCBI官網//www.ncbi.nlm.nih.gov/，輸入賬號和密碼，點擊網頁上的Submit欄可進入GenBank界(jie)面(mian)，找到小(xiao)基因組(zu)提交(jiao)欄，點擊進入即可開始本(ben)次的提交(jiao)（或直(zhi)接點擊//www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?form=history&tool=genbank進入提交(jiao)界(jie)面(mian)）。具體(ti)步驟如(ru)下(xia)： 1、點擊Start BankIt Submission進入； 2、進入Contact Information完善個人信息（此處(chu)的郵(you)箱(xiang)(xiang)仍然不建議(yi)使(shi)用qq郵(you)箱(xiang)(xiang)、163郵(you)箱(xiang)(xiang)和(he)foxmail郵(you)箱(xiang)(xiang)），然后(hou)點擊(ji)Continue進行下一步(bu)； 3、進入Reference界面，按照順序填(tian)寫(xie)作者姓名，如(ru)果有(you)參考(kao)的題目在此處(chu)也可以(yi)附上(shang)，點擊(ji)Continue進入下一步； 三、Sequence上傳(chuan)，信息填寫(xie) 1、Sequencing Technology填寫完全后，點擊Continute進入下一步； 必(bi)填(tian)項：需要填(tian)寫測序(xu)平臺(tai)、基(ji)因(yin)組組裝(zhuang)軟(ruan)件及(ji)(ji)版(ban)(ban)本；其中不同的(de)小基(ji)因(yin)組的(de)組裝(zhuang)軟(ruan)件也會一些差異，具體的(de)可(ke)根據我(wo)司交(jiao)付的(de)結(jie)題報告上的(de)軟(ruan)件及(ji)(ji)版(ban)(ban)本進行填(tian)寫； 選填項(xiang)：Assembly name和測序深度； 2、進入(ru)Nucleotide界面(mian)，需要填寫釋放數據日期(qi)，序列的(de)分子類型是環狀or線性（完(wan)整的(de)質粒(li)/線粒(li)體(ti)/葉綠體(ti)基(ji)因(yin)組(zu)一般為(wei)環狀，病(bing)毒基(ji)因(yin)組(zu)既有線性的(de)也(ye)有環狀的(de)），以及是否為(wei)完(wan)整的(de)基(ji)因(yin)組(zu)，然后(hou)上(shang)傳基(ji)因(yin)組(zu)的(de)核苷酸(suan)序列（fasta格式文(wen)件），上(shang)傳后(hou)點(dian)擊(ji)Continue進入(ru)下一步； 3、進入Organism界面，填寫上傳(chuan)物種的拉丁(ding)名后，點擊Continue進入下一步； 4、進(jin)入Submission Categeory界面，選擇是(shi)否有NCBI 注釋—選擇Yes，點擊Continue進(jin)入下一步； 5、進(jin)入Source Modifiers界面(mian)，選擇樣本(ben)類型：線粒體(ti)、葉綠體(ti)或其他類型；另外需(xu)要選填物(wu)種的來(lai)源(yuan)，保(bao)存單位(wei)（xxx單位(wei)分(fen)離及分(fen)離信息 xxx單位(wei)保(bao)存或 xxx保(bao)藏(zang)中心(xin)保(bao)存）和樣本(ben)收集時間等(deng)信息，填寫結(jie)束后點擊Continue進(jin)入下(xia)一步； 6、進入(ru)Feature界面(mian)(mian)，上傳tbl格式文(wen)(wen)件(jian)(jian)，點擊Upload File生(sheng)成注釋(shi)信息；確(que)認(ren)無誤后點擊Continue進入(ru)下一步（Continue在Feature文(wen)(wen)件(jian)(jian)的下方，拖動界面(mian)(mian)很長哦，堅持住(zhu)）； 四、數據提交 核查已填入(ru)的信息是否有誤，有問題的話返回對(dui)應(ying)的界(jie)面進行修改，確認無誤后(hou)點擊Finish Submission完成本次NCBI上傳(chuan)。一(yi)(yi)般上傳(chuan)一(yi)(yi)個(ge)星期內NCBI會發郵件到郵箱，給出相(xiang)應(ying)的登(deng)(deng)錄號，這個(ge)登(deng)(deng)錄號可(ke)直接用于后(hou)續的文章(zhang)中。 以上(shang)就是小(xiao)基(ji)因組數據上(shang)傳NCBI的(de)(de)詳細步驟，是不是很(hen)簡(jian)單(dan)？研(yan)究小(xiao)基(ji)因組的(de)(de)親們(men)趕快動起(qi)你的(de)(de)手指，跟隨小(xiao)編的(de)(de)步驟練習(xi)一下吧！如(ru)果大家(jia)在(zai)上(shang)傳過程中有(you)任何疑問，歡(huan)迎隨時和(he)我們(men)一起(qi)探討，可在(zai)文末留言或者郵(you)件(jian)交流（microsupport@doudin.cn）。 下(xia)一期(qi)我們將(jiang)介紹(shao)《真菌基因組上傳NCBI的流程》，感(gan)興(xing)趣的老師可以繼續關注我們哦(e)，我們下(xia)期(qi)再見。
