2020-09-03
高通量測(ce)(ce)序技(ji)術(shu)的(de)(de)發展，不僅讓(rang)我們(men)對微生物的(de)(de)群(qun)落結構有了(le)(le)更(geng)全(quan)面的(de)(de)了(le)(le)解，更(geng)是大大加速(su)了(le)(le)我們(men)對微生物群(qun)落功能代謝(xie)的(de)(de)研(yan)究進程(cheng)，也讓(rang)越(yue)來(lai)越(yue)多(duo)的(de)(de)研(yan)究人員(yuan)注意到(dao)(dao)(dao)了(le)(le)PICRUSt2等(deng)功能潛能預測(ce)(ce)方(fang)法與宏基(ji)因(yin)組學等(deng)研(yan)究技(ji)術(shu)，并在這兩大利器的(de)(de)加持下，更(geng)深入(ru)地挖掘微生物群(qun)落代謝(xie)功能的(de)(de)相關信息(xi)。無論是PICRUSt2功能潛能預測(ce)(ce)還(huan)是宏基(ji)因(yin)組測(ce)(ce)序分析，都會得到(dao)(dao)(dao)許多(duo)的(de)(de)KO numbers，這可是個好東西(xi)！這些KO數(shu)(shu)據，可以在KEGG數(shu)(shu)據庫中進一步(bu)找到(dao)(dao)(dao)它們(men)所涉(she)及的(de)(de)代謝(xie)通路(lu)圖，從(cong)而獲得更(geng)深層的(de)(de)微生物功能特征(zheng)信息(xi)。
KEGG數據庫，是一(yi)個能(neng)系(xi)統分析(xi)基因(yin)功能(neng)、并將基因(yin)與功能(neng)信息相聯系(xi)的大(da)型知識庫，它還將功能(neng)通路進(jin)行了歸類與進(jin)一(yi)步的等級劃(hua)分，如下(xia)圖所示↓↓↓
有意思(si)的(de)是，KEGG還(huan)具有強大的(de)作圖(tu)功能(neng)(neng)，能(neng)(neng)利用圖(tu)形來(lai)展示眾多的(de)功能(neng)(neng)途徑(jing)以及各途徑(jing)之間錯綜(zong)復雜的(de)相互關系，比如剛才(cai)咱(zan)們提(ti)到的(de)功能(neng)(neng)通路圖(tu)！那么(me)，這個功能(neng)(neng)通路圖(tu)要怎(zen)么(me)做呢？為(wei)了方便(bian)大家使用，我們特(te)地整理了一套簡單的(de)KEGG功能(neng)(neng)通路圖(tu)的(de)在線制作流程。
話不多說，首先在瀏覽器中打開下方鏈接
//www.genome.jp/kegg/pathway.html
然后我們就看到(dao)下面這個有(you)著(zhu)花花綠(lv)綠(lv)Logo的KEGG數據(ju)庫(ku)啦，數據(ju)庫(ku)頁面就展示了(le)各種1級(ji)通路的信(xin)息與部分2級(ji)通路的信(xin)息。
點擊需(xu)要(yao)的1級通路信息，就可(ke)以看(kan)到(dao)相應的2級和(he)3級通路信息，就像下面(mian)這樣(yang)：
然后找(zhao)找(zhao)看，有沒有您關注的通路(lu)信息哦~找(zhao)到了？好嘞，點擊進入！
新頁面上，已(yi)經(jing)自動生成了(le)對應通路的通路圖：
以上通(tong)路，只是數據庫(ku)中的(de)(de)參考通(tong)路信(xin)息，我(wo)(wo)們(men)還需要把(ba)功能通(tong)路和我(wo)(wo)們(men)關注(zhu)的(de)(de)基因功能信(xin)息，結(jie)合起來(lai)。那(nei)么(me)(me)，如(ru)果(guo)我(wo)(wo)們(men)需要了解測序分(fen)析結(jie)果(guo)中的(de)(de)KO信(xin)息在所關注(zhu)通(tong)路的(de)(de)分(fen)布情(qing)況，該怎么(me)(me)辦呢？別急！下面是繪制方法~
返回到(dao)KEGG pathway主頁，點擊(ji)網頁中的KEGG Mapper。
進入網頁后，點擊左側目錄中(zhong)的(de)(de)(de)“Reconstruct Pathway”，可進入通路圖繪制頁面。在(zai)對話(hua)(hua)框“Enter gene list with KO annotation”中(zhong)需要輸(shu)入我們預測到(dao)(dao)的(de)(de)(de)KO numbers的(de)(de)(de)信(xin)息（這個(ge)信(xin)息可以在(zai)PICRUSt分析(xi)結(jie)果(guo)C07_picrust文件夾(jia)中(zhong)的(de)(de)(de)predicted_metagenomes_kegg.txt表(biao)格(ge)里(li)找到(dao)(dao)；或(huo)PICRUSt2分析(xi)結(jie)果(guo)2.7_picrust2\2.7.1_normalized_data文件夾(jia)中(zhong)的(de)(de)(de)KO_pred_metagenome_unstrat_norm.tsv表(biao)格(ge)里(li)找到(dao)(dao)），輸(shu)入格(ge)式(shi)可參考對話(hua)(hua)框右側“genelist.txt”的(de)(de)(de)內容；
就像這樣
點擊Exec，稍等一會兒，即可進(jin)入根據我們提供的(de)KO numbers信(xin)息重構后的(de)功能通(tong)路界面，選擇自己(ji)關注的(de)通(tong)路進(jin)行查(cha)看(kan)即可：
最后，點擊Image (png) file即可把查到的代謝通路圖保(bao)存(cun)下(xia)來啦~
到這里，整個(ge)功(gong)能(neng)通路(lu)(lu)圖就完成(cheng)啦，是不是很方便呢？小編偷偷告訴大家，其實KEGG的用(yong)途遠不止(zhi)這些，它還可以生成(cheng)功(gong)能(neng)通路(lu)(lu)富集分析的結(jie)果(guo)、差異比(bi)較(jiao)的結(jie)果(guo)等(deng)等(deng)……如果(guo)想要了解(jie)更多KEGG分析的方法(fa)，請不要猶豫，第一時(shi)間聯系我們(men)派森諾哦(e)，我們(men)將為您提供(gong)全方位的服務和解(jie)答！
