2020-09-22
今天我們又帶來(lai)了10個問答，在此之前我們再來(lai)復習一下知識(shi)：
代謝物指參與生物體新陳代謝、維持生物體正常生長發育功能的小分子化合物，主要是指相對分子質量小于1000的內源性小分子。
代謝組學（metabolomics):指(zhi)利(li)用質譜(pu)技術，對生物樣本中所有(you)低分子(zi)量的(de)代謝產(chan)物進行(xing)定性和定量，并尋找(zhao)代謝物與生理病理變(bian)化的(de)相關(guan)關(guan)系的(de)一門(men)科(ke)學。
1、做非(fei)靶向(xiang)代謝(xie)組可以檢(jian)測(ce)到某物質嗎？
答案是不能保證(zheng)。
代(dai)謝(xie)物種類多，含(han)量差(cha)異(yi)大，結構復雜。非靶向代(dai)謝(xie)組學(xue)(xue)是發現(xian)代(dai)謝(xie)組學(xue)(xue)，無(wu)偏向性(xing)的對(dui)小分子代(dai)謝(xie)物同時進(jin)行檢測(ce)。如(ru)果有關注的物質，要先考慮(lv)靶向檢測(ce)方法(fa)。
2、代謝組是如何做樣本評估的(de)？
①、檢測前：代(dai)謝物不像DNA、RNA、蛋白質(zhi)這類單一物質(zhi)在做完(wan)提取處理之(zhi)后(hou)可(ke)以(yi)(yi)對其進(jin)(jin)行(xing)(xing)(xing)總量(liang)與(yu)濃(nong)度的(de)(de)(de)(de)定(ding)量(liang)，復雜的(de)(de)(de)(de)代(dai)謝物是無法進(jin)(jin)行(xing)(xing)(xing)科學定(ding)量(liang)的(de)(de)(de)(de)。因(yin)此，為了(le)得到理想的(de)(de)(de)(de)結果，建議按照要求的(de)(de)(de)(de)樣本量(liang)進(jin)(jin)行(xing)(xing)(xing)制(zhi)備。在樣本檢測前，會對儀器進(jin)(jin)行(xing)(xing)(xing)調(diao)試(shi)與(yu)矯(jiao)正(zheng)，以(yi)(yi)保證儀器穩定(ding)工(gong)作。
②、檢測中：準備好足夠的QC樣本，分成多份，在樣本數目多時，會在樣本中間穿插多個QC樣本，并且及時清理儀器，以QC樣本的一致性來判斷儀器在樣本檢測中的穩定性。
3、樣(yang)本一次(ci)準備(bei)不齊，能先(xian)做一批(pi)，后面將多次(ci)結果整合(he)到一起分析嗎？
這是很不科學的，需要一起分析的樣本，最好是同一批上機。不同期上機會受批次效應影響，進而影響比較分析結果的準確性。
4、非靶向代謝組可以獲得(de)物(wu)質在樣(yang)本中的具體含量(liang)嗎？
非(fei)靶向代謝組得(de)到的(de)是物質的(de)相對(dui)定量。要做絕對(dui)定量的(de)話(hua)，首先要確認目(mu)標(biao)物質，選擇對(dui)應的(de)靶向代謝檢測技術。
5、靶向(xiang)代謝組為什么能做絕對(dui)定量(liang)？
不同的靶向代(dai)謝產品(pin)會有(you)明確(que)的可(ke)檢(jian)測物(wu)質列表，針對物(wu)質列表中的物(wu)質，我們首先用標準(zhun)品(pin)建(jian)立目標物(wu)質的標準(zhun)曲線再進行(xing)樣(yang)本檢(jian)測，因此(ci)可(ke)以做到絕對定量。
6、如果想檢(jian)(jian)測(ce)的(de)物質不在靶向(xiang)檢(jian)(jian)測(ce)列(lie)表中怎么辦？
這是(shi)個(ge)很常見的(de)問題(ti)，代謝物(wu)有(you)數萬種(zhong)，但是(shi)并不是(shi)每一種(zhong)物(wu)質(zhi)都有(you)質(zhi)譜平臺的(de)檢(jian)測經驗(yan)，并且數據庫中也不一定(ding)包含該物(wu)質(zhi)的(de)一級或者(zhe)二級質(zhi)譜圖(tu)。如果想(xiang)要我們協(xie)助(zhu)檢(jian)測，可提供相應檢(jian)測方法(fa)對(dui)應的(de)文獻來評估可行性。
7、哪些樣(yang)本類型(xing)可以(yi)做代謝(xie)組？
代謝組的樣本類型相對于其他組學來說，類型更加寬泛。動/植物組織，細胞及上清液，真菌/細菌的菌體上清液，土壤、根系分泌物、環境水樣等都可以做代謝組。
8、樣本經歷(li)過反復(fu)凍(dong)融可以做代謝(xie)組嗎？
反(fan)復(fu)凍(dong)融是會引起部分代(dai)謝物質變化的，凍(dong)融次數越多，發生變化的概率越大，因此樣本要避(bi)免反(fan)復(fu)凍(dong)融。
9、差異代(dai)謝物的(de)的(de)判定標準是(shi)什么？
顯(xian)著(zhu)差(cha)(cha)異代謝(xie)物(wu)的(de)篩(shai)選標準(zhun)除了fold change 與P value之外，VIP值也是(shi)鑒定差(cha)(cha)異代謝(xie)物(wu)非常重要的(de)指標。VIP（Variable important in projection）是(shi)(O)PLS-DA模型變量的(de)變量權重值，可用于衡量各代謝(xie)物(wu)積累差(cha)(cha)異對各組樣本分類判(pan)別的(de)影響強度和解釋能(neng)力，VIP≥1為常見的(de)差(cha)(cha)異代謝(xie)物(wu)篩(shai)選標準(zhun)。
10、為(wei)什(shen)么(me)代(dai)謝(xie)物種類那(nei)么(me)多，最后只鑒(jian)定(ding)出來(lai)幾百(bai)到(dao)上千(qian)個物質(zhi)？
代(dai)(dai)謝(xie)物(wu)的(de)(de)注(zhu)釋是(shi)代(dai)(dai)謝(xie)組學的(de)(de)一(yi)大難點(dian)，由于(yu)代(dai)(dai)謝(xie)物(wu)分(fen)子量小，結(jie)構(gou)復雜，只通過分(fen)子量和電(dian)荷數（一(yi)級(ji)質譜(pu)）鑒定是(shi)十分(fen)不(bu)準確的(de)(de)，因此更(geng)依賴標準品二級(ji)譜(pu)圖數據(ju)(ju)庫，而像常用的(de)(de)HMDB、Metlin等(deng)公(gong)共數據(ju)(ju)庫中約有(you)(you)90%的(de)(de)已知代(dai)(dai)謝(xie)物(wu)都沒有(you)(you)標準的(de)(de)二級(ji)譜(pu)圖。有(you)(you)二級(ji)信息的(de)(de)公(gong)共庫，其代(dai)(dai)謝(xie)物(wu)的(de)(de)碎片離子譜(pu)來自于(yu)不(bu)同的(de)(de)質譜(pu)儀器，儀器的(de)(de)種類與檢測模式設置(zhi)不(bu)同，同一(yi)個代(dai)(dai)謝(xie)物(wu)產生(sheng)的(de)(de)譜(pu)圖也都存在偏差。因此代(dai)(dai)謝(xie)物(wu)雖然種類多(duo)數量多(duo)，但是(shi)注(zhu)釋出(chu)來的(de)(de)卻(que)相對較少(shao)。
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