2020-09-29
又見面(mian)了哦，本期小(xiao)編(bian)繼續分享NCBI上傳的相關教程哦，之前小(xiao)編(bian)分享了、（點擊查看）上傳(chuan)NCBI的流程(cheng)(cheng)，本期(qi)小編將分享真菌基因組上傳(chuan)NCBI的流程(cheng)(cheng)，簡單易懂，操作方便。
真菌(jun)(jun)(jun)，是(shi)一(yi)種(zhong)具(ju)真核的(de)(de)、產(chan)孢的(de)(de)、無葉綠體的(de)(de)真核生物，包含霉菌(jun)(jun)(jun)、酵母、塊菌(jun)(jun)(jun)以(yi)及(ji)其他人類(lei)(lei)所(suo)熟知的(de)(de)菌(jun)(jun)(jun)菇類(lei)(lei)。地球上真菌(jun)(jun)(jun)種(zhong)類(lei)(lei)達160余(yu)萬種(zhong),與人類(lei)(lei)生活及(ji)生命(ming)(ming)健康(kang)密(mi)切相關。以(yi)不(bu)(bu)同真菌(jun)(jun)(jun)為對(dui)(dui)象的(de)(de)研究在揭示生命(ming)(ming)現象與本(ben)質、工農業應用、食品及(ji)生命(ming)(ming)健康(kang)應用等(deng)方(fang)面(mian)發揮了并發揮著重要的(de)(de)作用。真菌(jun)(jun)(jun)種(zhong)類(lei)(lei)不(bu)(bu)同,基(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)大小(xiao)、編碼基(ji)因(yin)數量及(ji)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)結構(gou)組(zu)(zu)(zu)(zu)成等(deng)也不(bu)(bu)相同。目前真菌(jun)(jun)(jun)的(de)(de)研究尚且不(bu)(bu)多，如果您發現了一(yi)株(zhu)真菌(jun)(jun)(jun)具(ju)有某種(zhong)特(te)性(xing)或者(zhe)新的(de)(de)真菌(jun)(jun)(jun)類(lei)(lei)別的(de)(de)話，歡迎大家來(lai)我司進行高通量測序進一(yi)步研究它(ta)哦。若您已(yi)經對(dui)(dui)菌(jun)(jun)(jun)株(zhu)測序過了,那必定需要將(jiang)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)(zu)(zu)上傳至(zhi)NCBI的(de)(de)。在上傳時不(bu)(bu)順暢，遇到一(yi)些(xie)問題沒辦法(fa)解決怎么辦？別著急，先跟(gen)著小(xiao)編的(de)(de)步驟(zou)學習一(yi)遍，收獲多多。
基本(ben)流程
一、NCBI注(zhu)冊
注冊網站：
//www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners
打(da)開NCBI注冊(ce)網(wang)站(zhan)，按照網(wang)頁(ye)上的(de)要(yao)求進行個人信息(xi)填寫(xie)，需要(yao)注意的(de)是此(ci)處要(yao)填寫(xie)郵(you)(you)箱(xiang)(xiang)，一般不建議使用qq郵(you)(you)箱(xiang)(xiang)、163郵(you)(you)箱(xiang)(xiang)和foxmail郵(you)(you)箱(xiang)(xiang)，因為這些郵(you)(you)箱(xiang)(xiang)經(jing)常會(hui)存在接(jie)收不到NCBI郵(you)(you)件的(de)現象(xiang)。所有信息(xi)都(dou)填寫(xie)完(wan)成后點擊Create account，郵(you)(you)箱(xiang)(xiang)會(hui)接(jie)收到NCBI發過來的(de)網(wang)站(zhan)，打(da)開此(ci)網(wang)站(zhan)進行激活即可(ke)完(wan)成賬號注冊(ce)。
二、基本(ben)信息填(tian)寫
打開NCBI官網//www.ncbi.nlm.nih.gov/，輸入賬號和密碼，點擊網頁上的Submit欄可進入GenBank界面，找到真核生物基因組提交欄，點擊進入即可開始本次的提交（或直接點擊//www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?form=history&tool=genbank進入提交界面）。具體步驟如下：
1、點擊New submission進入，此步操(cao)作可以(yi)得到SUB號；
2、選擇Single genome（真菌denovo測序是針對單個基因組進行的），點擊continue；
3、進入SUBMITTER完善個人信息，此處的(de)郵箱(xiang)仍然不(bu)建(jian)議(yi)使用qq郵箱(xiang)、163郵箱(xiang)和foxmail郵箱(xiang)；
4、General Information信(xin)息填寫（此處以未(wei)申請BioProject和BioSample號(hao)(hao)為(wei)例，如果已(yi)經申請過可以直接將對(dui)應的BioProject和BioSample號(hao)(hao)直接填寫即(ji)可）：
（1）BioProject和BioSample處選擇(ze)NO，釋放數據日(ri)期可(ke)根據自己的需(xu)要來進(jin)行(xing)選擇(ze)；
（2）組(zu)裝軟件、測(ce)序(xu)深度、測(ce)序(xu)平臺(tai)等(deng)信息填(tian)寫：
框架圖(tu)項目(mu)的組裝軟(ruan)件：A5-Miseq 版(ban)本V20160825和(he)Spades 版(ban)本V3.12；
近完(wan)成(cheng)圖(tu)項(xiang)目的組裝軟件：Flye 版本V2.5；
測(ce)序深度=測(ce)序數(shu)據量/基因(yin)組大小（我司結題報告上(shang)一般會給出）；
測序平臺(tai)(tai)：二代一(yi)(yi)般為Illumina平臺(tai)(tai)；三代一(yi)(yi)般為Pacbio/Nanopore平臺(tai)(tai)；
（3）填(tian)寫(xie)基因組的(de)(de)組裝信息(xi)以及是否有關聯的(de)(de)文章，填(tian)寫(xie)完成后(hou)點擊Continue進(jin)入下(xia)一(yi)步；
三、BioProject信息(xi)填寫
菌(jun)株英文描述（大概(gai)100個左右word ）：描述下該菌(jun)株進行全基因組(zu)測(ce)序的目的、意義及用途(tu)（工(gong)業/農業/醫療等等）等信息(xi)(共性\不(bu)同)，填寫完(wan)成后點擊Continue進入下一步(bu)；
四、BioSample信息填(tian)寫
1、選擇Microbe，點擊(ji)Continue進入下一步；
2、BioSample Attributes:填(tian)寫物(wu)種拉(la)丁(ding)名稱及菌株(zhu)名；菌株(zhu)的來源，保(bao)(bao)存單(dan)位（xxx單(dan)位分(fen)離及分(fen)離信息(xi) xxx單(dan)位保(bao)(bao)存或 xxx保(bao)(bao)藏中心保(bao)(bao)存）和樣本收集時間；
五、Sequence上傳，信(xin)息填寫(xie)
1、FILES文件填寫:
（1）真菌框架圖和近完(wan)(wan)成圖組(zu)裝的都(dou)不是完(wan)(wan)整的基因組(zu)，選(xuan)(xuan)擇(ze)選(xuan)(xuan)項2；
（2）選(xuan)擇網頁版上傳，并將基因組的(de)scaffold序列全部上傳，如果真菌框架圖項(xiang)目N數(shu)較多的(de)話可以選(xuan)擇上傳contig序列；
（3）AGP文件上傳：該文件在組裝結果文件夾中；
（4）注釋(shi)文(wen)件(jian)(jian)上傳(chuan)：包含sqn文(wen)件(jian)(jian)和(he)tbl文(wen)件(jian)(jian)，上傳(chuan)結(jie)束后點擊Continue進行下一步；
2、GAPs填寫(xie)：此處需要根據實(shi)際的(de)組(zu)裝結(jie)果來(lai)填寫(xie)，一(yi)般(ban)基因組(zu)中的(de)N代(dai)表(biao)的(de)是(shi)個預估(gu)值并(bing)不代(dai)表(biao)實(shi)際是(shi)多(duo)少(shao)個堿基；填寫(xie)完成，點(dian)擊Continue進行下(xia)一(yi)步；
3、填寫(xie)作者名字(zi)及(ji)(ji)排序，以及(ji)(ji)該基因組是否(fou)有相關(guan)聯(lian)的文章，填寫(xie)結束(shu)后，點擊(ji)Continue進入下一步；
六、數據提交
核查已填入的(de)(de)(de)信息(xi)是否有誤(wu)，有問題的(de)(de)(de)話返回對(dui)應(ying)的(de)(de)(de)界面進行修改，確認無誤(wu)后點擊Finish Submission完成本(ben)次NCBI上傳。一般(ban)上傳一個星(xing)期(qi)內NCBI會發(fa)郵件到郵箱，給出相應(ying)的(de)(de)(de)登錄號，這個登錄號可直接(jie)用于后續的(de)(de)(de)文章中。
以上就是(shi)(shi)真菌基(ji)因組數據上傳NCBI的詳細步(bu)驟，是(shi)(shi)不是(shi)(shi)很簡(jian)單？研究真菌基(ji)因組的小伙伴們(men)趕快動(dong)起你的手指，跟隨小編的步(bu)驟練習一下吧！如果大家在上傳過(guo)程中有任(ren)何疑問，歡(huan)迎和我們(men)一起探討(tao)，可在文(wen)末留言或者郵(you)件交流（microsupport@doudin.cn）。
下一期(qi)我(wo)們(men)將介紹《測(ce)序(xu)原始數(shu)據上傳NCBI的(de)流(liu)程》，感興(xing)趣(qu)的(de)老師可以繼續關注(zhu)我(wo)們(men)哦，我(wo)們(men)下期(qi)再見。
