2020-11-02
蛋白組10問(wen)10答進階版(ban)來(lai)啦，一起來(lai)看看這次我們準(zhun)備了哪些(xie)問(wen)題(ti)吧(ba)！
1、 如何實現蛋白質定性與相(xiang)對定量？
提取好的蛋(dan)白(bai)(bai)在上液質聯用檢(jian)測之前，需要先(xian)酶解成肽段(duan)(duan)。定(ding)性是通過所(suo)有檢(jian)測到的肽段(duan)(duan)與蛋(dan)白(bai)(bai)庫比對(dui)來鑒定(ding)蛋(dan)白(bai)(bai)質；定(ding)量即提取特(te)異肽段(duan)(duan)（唯一比對(dui)上某(mou)個蛋(dan)白(bai)(bai)質的肽段(duan)(duan)）的峰面(mian)積信息處(chu)理得到的數據來做相(xiang)對(dui)含量。
2、蛋白組(zu)是通過什么平臺檢測的？
蛋白組是基于LC MS液質聯用平臺檢測的。質譜平臺一般包括Thermo Scientific Q Exactive ，AB Sciex Triple TOFTM 5600等。
3、 蛋白組的檢測流程具體包含哪些(xie)步(bu)驟(zou)？
4、LCMS檢測蛋白原理是(shi)什么？
蛋白酶解(jie)之后的肽段(duan)經過色譜分離(li)之后進入串聯(lian)質譜。
一級(ji)質譜：檢(jian)測所有(you)帶電離子的(de)質荷比和強度，形(xing)成一級(ji)譜圖。一級(ji)質譜中的(de)信號為母離子肽段(duan)信號。
二(er)級(ji)質譜(pu)：按照一定方式(shi)選擇母離(li)子(zi)肽段(duan)，將其(qi)進一步解離(li)，分(fen)析所形成(cheng)的子(zi)離(li)子(zi)的質荷比(bi)和(he)強度，形成(cheng)二(er)級(ji)譜(pu)圖。
軟件(jian)對數(shu)據庫中蛋白進行理論(lun)(lun)碎裂，得到理論(lun)(lun)的質譜圖(tu)，將實際(ji)檢測結果與(yu)理論(lun)(lun)質譜圖(tu)進行匹配以鑒定蛋白。
5、 定量蛋(dan)白組的(de)檢測方法(fa)分為哪幾種？
常用的蛋白(bai)(bai)(bai)組(zu)定量(liang)方式分(fen)為(wei)標(biao)記蛋白(bai)(bai)(bai)組(zu)與非(fei)標(biao)記蛋白(bai)(bai)(bai)組(zu)兩種。關(guan)于標(biao)記蛋白(bai)(bai)(bai)組(zu)與非(fei)標(biao)記蛋白(bai)(bai)(bai)組(zu)的介紹以(yi)及對(dui)比(bi)參見：
a)
b)
6、 有(you)Co-IP后(hou)的(de)樣本，蛋白溶液，或者膠(jiao)條(tiao)，想看(kan)里(li)里(li)面有(you)哪些蛋白選(xuan)什么方(fang)法？
可以(yi)選(xuan)擇鳥槍法(fa) (Shotgun)。蛋白質經過(guo)(guo)(guo)酶解生成的(de)肽(tai)段經過(guo)(guo)(guo)液(ye)相色譜分(fen)離后進入(ru)質譜分(fen)析，通過(guo)(guo)(guo)鑒定(ding)蛋白對(dui)應的(de)所有肽(tai)段來(lai)鑒定(ding)相應的(de)蛋白，假陽性極(ji)低，鑒定(ding)結(jie)果可靠。
7、 我有(you)一些(xie)目(mu)標蛋(dan)白，想只對目(mu)標蛋(dan)白定量(liang)可以選擇(ze)什么(me)檢(jian)測方(fang)法?
目標(biao)蛋白定量可以選(xuan)擇(ze)的常見(jian)方法有蛋白質印跡法（即Western Blot）、PRM（平行(xing)反應監視，parallel reaction monitoring）、ELISA是酶聯免疫吸附測定法。
這三種(zhong)方法的介紹與對比見：
8、 PRM目標的蛋白定量(liang)的建議？
用PRM技(ji)術做目標蛋白定量(liang)，建議先用混(hun)樣(yang)做個預實驗(yan)，看樣(yang)本中都能(neng)檢(jian)測(ce)到哪些蛋白，然后從(cong)檢(jian)測(ce)到的(de)蛋白列表中挑選關注(zhu)的(de)蛋白再做正式(shi)的(de)實驗(yan)。
9、蛋(dan)白組檢(jian)測需要(yao)多少個生物學(xue)重復？
蛋(dan)白質(zhi)組(zu)學(xue)跟轉(zhuan)錄組(zu)學(xue)類(lei)似，建議(yi)做生(sheng)物學(xue)重復。如(ru)(ru)果(guo)不設重復，并且后(hou)期驗證實(shi)驗也較少時(shi)，在(zai)發表(biao)文(wen)章時(shi)容易(yi)被質(zhi)疑，從而影響文(wen)章的發表(biao)。如(ru)(ru)果(guo)重復少于3次，那么建議(yi)在(zai)后(hou)期進行大量的驗證實(shi)驗如(ru)(ru)WB或 ELISA等，以保(bao)證數據的可(ke)靠性(xing)。
對于動植(zhi)物組織樣(yang)本，建議5個以上生物學(xue)重復(fu)。對同一個項(xiang)目(mu)的(de)3-5個生物學(xue)重復(fu)的(de)樣(yang)本分別做了相(xiang)關性檢驗，提(ti)高生物學(xue)重復(fu)可以大(da)大(da)提(ti)高實驗結果可信度。
對于(yu)細(xi)(xi)胞樣(yang)本(ben)，由于(yu)細(xi)(xi)胞樣(yang)本(ben)為實驗室培養(yang)，生物(wu)學(xue)重復之間的差異性(xing)相(xiang)對較(jiao)小(xiao)，建議3個(ge)以上生物(wu)學(xue)重復。
對(dui)于臨床(chuang)樣品(pin)，由于供試者(zhe)的(de)基因型、生活(huo)(huo)方式、生活(huo)(huo)環境、年齡、性別可能存在差異，需要(yao)更多的(de)生物學重復，一般要(yao)求(qiu)10個生物學重復以上。
10、定量蛋白組分析內容主(zhu)要(yao)包括哪些？
主要包括肽段(duan)和蛋白鑒(jian)定，差異蛋白分(fen)析（火(huo)山圖(tu)(tu)、韋恩圖(tu)(tu)）、差異蛋白聚類分(fen)析、GO富(fu)集、KEGG Pathway 通路分(fen)析、PPI網絡(luo)分(fen)析等。
