2020-11-06
在前幾(ji)期微(wei)(wei)(wei)生物組(zu)的問答集(ji)錦中，已經詳細介紹過QIIME 2、QZV（Qiime Zipped Visual）文件、以及派森諾微(wei)(wei)(wei)生物組(zu)基因云，想必大家對它們都不陌生啦~
在上(shang)期介紹中，我們(men)講解了QIIME 2進行物種注釋(shi)的(de)(de)方法。根據(ju)(ju)注釋(shi)結(jie)(jie)果，就可(ke)以整(zheng)理物種組(zu)成的(de)(de)數據(ju)(ju)，對結(jie)(jie)果進行分(fen)(fen)析啦~曾幾何(he)時，您是否在查看物種組(zu)成分(fen)(fen)析的(de)(de)結(jie)(jie)果時，會對Other里的(de)(de)內容充滿好奇？又(you)是否在整(zheng)理各(ge)分(fen)(fen)類(lei)水平(ping)的(de)(de)圖表時，心(xin)煩意(yi)亂？
不要怕！這些問題，都可以通過QIIME 2專屬(shu)的QZV文件，為您(nin)達成！今天小編就帶領大(da)家，從(cong)物種組成分析(xi)環節，近(jin)距離(li)體(ti)驗QZV，一(yi)看就會，一(yi)點就通！
一、找(zhao)到用于可視化的QZV文件
1、通(tong)過網盤下載獲(huo)取數據的(de)項(xiang)目：
Treat*\2.2.2_taxa_summary中grouped及ungrouped（QIIME2版(ban)本）
2、通(tong)過“派(pai)森諾基因云(yun)（//www.genescloud.cn）”獲(huo)取的(de)項目：
在物種組(zu)成分(fen)析 / 分(fen)類(lei)學組(zu)成分(fen)析 / 右上方的QZV鏈接中下載ungrouped的qzv文件：
也可以(yi)在分析設置中選擇(ze)“組內(nei)平均值”，點擊(ji)運行之(zhi)后下載(zai)grouped的qzv文件：
二、打開QZV可視化網站//view.qiime2.cn/，可以看到如下界(jie)面：
三、將(jiang)下載的QZV文件(jian)拖拽至上方灰(hui)色方框
到這兒，QZV文件的(de)可視化算是告一段落~But！功(gong)能遠不止于(yu)此！
通過柱狀(zhuang)圖，既可(ke)以(yi)體現(xian)每個樣本不同分類水平下的物種組(zu)成，也可(ke)以(yi)展現(xian)組(zu)內物種結構以(yi)及組(zu)間(jian)物種豐度的變化趨勢。接下來，小(xiao)編就為大(da)家作具體展示(shi)~
1、通過Download模塊可(ke)(ke)以輕松(song)獲(huo)取(qu)當下(xia)視角(jiao)svg格(ge)式的(de)圖以及當下(xia)分(fen)類水平物種的(de)絕對豐度(du)表；滑動(dong)Bar可(ke)(ke)以任意(yi)調節柱(zhu)子寬度(du)。
2、在Taxonomic Level模塊可以調(diao)節不同分類(lei)水平(ping)（L1-L7，界門綱(gang)目科屬種），查看各樣(yang)本(ben)的全部(bu)物種組成(cheng)情況，每(mei)種顏色(se)代表一個物種；在鼠標(biao)(biao)懸停至不同顏色(se)或不同樣(yang)本(ben)的柱子時(shi)(shi)，可以查看相對(dui)豐度(du)數據(ju)(ju)。此外，當(dang)鼠標(biao)(biao)點擊右側(ce)的物種對(dui)應的顏色(se)時(shi)(shi)，可以比較不同樣(yang)本(ben)同一物種的豐度(du)數據(ju)(ju)。
3、 Color Palette模(mo)塊(kuai)可以(yi)(yi)對柱子的(de)顏(yan)色進行(xing)調節；Sort Sample模(mo)塊(kuai)可以(yi)(yi)改(gai)變樣本(ben)的(de)排列及展現(xian)方(fang)式，比如(ru)根(gen)據樣本(ben)名稱、分組情況或者按照(zhao)某(mou)個(ge)物(wu)種豐度的(de)升序（Ascending）或降序（Descending）進行(xing)排序。
以上就是今天給大(da)家介紹的物種組成QZV可視(shi)化方式了(le)，大(da)家可以進入基(ji)因云下(xia)載嘗試哦~如有(you)操作問題，也歡迎討論區留言或者(zhe)發(fa)郵(you)件給小編(bian)喲（郵(you)箱(xiang)地(di)址：metasupport@doudin.cn）！
