2020-11-12
今天我們來說說關于DNA甲基化檢測(ce)和CpG島的小常識~~~
DNA甲基(ji)化(hua)是(shi)什么(me)？
DNA甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)是最早(zao)發現的(de)(de)(de)(de)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)表(biao)觀修(xiu)飾方(fang)式之一,可能存在于(yu)(yu)所(suo)有(you)高(gao)等生(sheng)(sheng)(sheng)物中(zhong)。DNA甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)能關閉(bi)某些基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)的(de)(de)(de)(de)活性，去甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)則誘導(dao)了基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)的(de)(de)(de)(de)重新活化(hua)(hua)和(he)表(biao)達。甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)的(de)(de)(de)(de)主要形(xing)式有(you)5-甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)胞(bao)(bao)嘧啶(ding),N6-甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)腺(xian)嘌(piao)呤和(he)7-甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)鳥(niao)嘌(piao)呤。原(yuan)核生(sheng)(sheng)(sheng)物中(zhong)CCA/TGG和(he)GATC常被甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)，而真核生(sheng)(sheng)(sheng)物中(zhong)甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)僅發生(sheng)(sheng)(sheng)于(yu)(yu)胞(bao)(bao)嘧啶(ding)。DNA的(de)(de)(de)(de)甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)是在DNA甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)轉移酶（DNMTs）的(de)(de)(de)(de)作用下使CpG二核苷酸5'端的(de)(de)(de)(de)胞(bao)(bao)嘧啶(ding)轉變為5'甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)胞(bao)(bao)嘧啶(ding)。這種DNA 修(xiu)飾方(fang)式并(bing)沒(mei)有(you)改(gai)變基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)序列，但(dan)是它調控了基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)的(de)(de)(de)(de)表(biao)達。脊(ji)椎動(dong)物基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)因(yin)的(de)(de)(de)(de)甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)狀態有(you)三(san)種：持續的(de)(de)(de)(de)低甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)狀態；高(gao)度甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)狀態；去甲(jia)(jia)(jia)(jia)基(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)(ji)化(hua)(hua)狀態。
CpG島是什(shen)么(me)？
基(ji)因的啟(qi)動子區(qu)域(yu)5’端非翻(fan)譯區(qu)和(he)第一個外顯(xian)子區(qu)，CpG序列密度非常高，超過均值5倍以(yi)上(shang)，成為鳥嘌呤和(he)胞嘧啶的富集區(qu)，稱之為CpG島富含(han)CpG區(qu)域(yu)，長度200bp~1kb，GC含(han)量超過55%.
一般(ban)情況下與甲(jia)基化研(yan)究最密切(qie)的就是腫瘤這一塊(kuai)，讓我(wo)們看(kan)看(kan)兩者有什(shen)么(me)樣(yang)聯系吧。
DNA甲基(ji)化發(fa)生(sheng)與腫瘤(liu)發(fa)生(sheng)
關于技術原理
用亞硫酸氫鹽處(chu)理(li)基(ji)(ji)(ji)因(yin)組DNA，則未發(fa)生(sheng)甲(jia)基(ji)(ji)(ji)化(hua)的(de)胞嘧(mi)啶(ding)被轉(zhuan)化(hua)為尿嘧(mi)啶(ding)，而發(fa)生(sheng)甲(jia)基(ji)(ji)(ji)化(hua)的(de)胞嘧(mi)啶(ding)不變(bian)。根據某一待測(ce)位點或者調查(cha)的(de)某一區域序列設計引物(wu)(wu)進行PCR擴(kuo)增，通過(guo)PCR電(dian)泳(yong)、測(ce)序、熒光定量及NGS等(deng)方法對擴(kuo)增產物(wu)(wu)進行檢測(ce)，根據檢測(ce)結(jie)果分析哪些(xie)位點發(fa)生(sheng)了甲(jia)基(ji)(ji)(ji)化(hua)及其甲(jia)基(ji)(ji)(ji)化(hua)的(de)頻率。
關于亞硫酸氫(qing)鹽測序(xu)法(fa)（Bisulfite Sequencing PCR，BSP）
針對客(ke)戶要調查的(de)DNA區域設計(ji)BSP引物進(jin)(jin)行(xing)PCR擴(kuo)增，將擴(kuo)增產物克(ke)(ke)隆(long)后(hou)提取陽性克(ke)(ke)隆(long)進(jin)(jin)行(xing)測序，最后(hou)對測序結果(guo)進(jin)(jin)行(xing)分析。BSP法(fa)方(fang)案：
①BSP引物設(she)計：針對目的基(ji)因區(qu)域進行BSP引物的設(she)計（擴增產(chan)物
300 bp左(zuo)右）。
②亞硫酸氫鹽(yan)處理樣品(pin)基因組：基因組DNA進行亞硫酸氫鹽(yan)處理。
③PCR：擴增(zeng)客戶感興(xing)趣的區域。
④克隆(long)到(dao)載(zai)體(ti)：將(jiang)PCR產物純(chun)化后連接到(dao)常用載(zai)體(ti)上。
⑤抽質(zhi)粒(li)測序：挑取10個陽性菌(jun)斑(ban)接菌(jun)培養，抽質(zhi)粒(li)并測序。
關于BSP法流程
甲(jia)基化CPG島預測→甲基化引物設計、合成→基因(yin)組DNA提取(qu)→亞(ya)硫酸氫鹽處理→甲基化特異(yi)PCR擴增→連接克隆→抽質粒測序→結果(guo)分析
甲基化擴增(zeng)子測序法
那么基因組DNA通(tong)過(guo)亞硫酸氫鹽（bisulfite）處理，用(yong)PCR擴(kuo)增(zeng)目的(de)片段，除了(le)通(tong)過(guo)BSP克隆測(ce)(ce)序(xu)法獲得結果外，還可以怎樣大(da)幅(fu)降低研究費用(yong)，獲得更多(duo)的(de)有效(xiao)數(shu)據呢(ni)？擴(kuo)增(zeng)子測(ce)(ce)序(xu)法就是一個很好的(de)選擇，結合(he)二代(dai)測(ce)(ce)序(xu)平臺(tai)(tai)（Ion Proton/illumina Miseq等主流測(ce)(ce)序(xu)平臺(tai)(tai)）并對(dui)PCR產物進(jin)行測(ce)(ce)序(xu)，從而獲得目標區域甲基化(hua)的(de)序(xu)列。
關于(yu)我們(men)的要求
客戶提供要調(diao)查的基(ji)因(yin)名稱或基(ji)因(yin)ID、種屬；
客戶(hu)提(ti)供要調查的(de)甲基化區域(yu)或某些位點；
客戶(hu)提供要(yao)出現在報(bao)告里樣品(pin)的(de)編號；
所(suo)有樣(yang)品建議干冰寄送，至(zhi)少冰袋運(yun)輸(shu)，保持低溫(wen)，保證樣(yang)品質量。
關于送樣要求
細胞≥10^6個
組織(zhi)≥100mg （黃(huang)豆大小）
全血≥0.5mL
基因(yin)組50ng/uL 20uL
口腔拭(shi)子≥ 2根，唾液≥0.5mL
石(shi)蠟切(qie)片≥ 3片
關于我們(men)的服務
企業(ye)發展，服務(wu)為本；
優質服務，誠(cheng)信為本(ben)。
關于我(wo)們(men)的周期
常規檢測任務一般22個工作日內完成(cheng)，具體時間根(gen)據(ju)樣本數(shu)量(liang)、基因個數(shu)和片段個數(shu)來定。
關于我們的結(jie)果
關于我(wo)們的聯系方(fang)式
聯系方式：4009202898、021-64502808-8004
下(xia)單郵(you)箱：support@sunnybio.cn
