2020-12-04
在(zai)前面的一講中，我們演示了如何通過派森諾基因云，獲取(qu)物種分類組成的(de)QZV文件，并通過QZV獨有的(de)交互(hu)可視化系(xi)統(tong)，查看(kan)比較不同(tong)樣(yang)本(ben)或(huo)分組中，物種組成在門/綱/目/科(ke)/屬/種各水平上的(de)變(bian)化規律。
今(jin)天，讓我們一起繼續感受(shou)QIIME 2專(zhuan)屬QZV文件(jian)的(de)魅力。今(jin)天出場的(de)是“主(zhu)坐標分(fen)(fen)析(xi)”，即PCoA（Principal coordinates analysis），是一種(zhong)經典的(de)非約束排(pai)序分(fen)(fen)析(xi)方法。PCoA以樣本距離為(wei)(wei)整(zheng)體考慮(lv)，相比于主(zhu)成分(fen)(fen)分(fen)(fen)析(xi)（Principal components analysis，PCA），更符合生態學(xue)數據特征，因此(ci)作為(wei)(wei)排(pai)序分(fen)(fen)析(xi)手(shou)段，更為(wei)(wei)推薦使用(yong)。在分(fen)(fen)析(xi)時(shi)，我們會依據樹(shu)文件(jian)的(de)有無計算Jaccard、Bray-Curtis、unweighted UniFrac和weighted UniFrac等4種(zhong)距離度量，并輸出PCoA分(fen)(fen)析(xi)結果(guo)和QZV文件(jian)。
那么，PCoA分析的QZV文件，該如何使(shi)用呢？
1、首先我們需要(yao)找到(dao)用于調整的QZV數據
① 通(tong)過“派森諾(nuo)基因云”獲(huo)取數據(ju)的項目：
可以在“Beta多樣性分(fen)(fen)析 / 距離矩陣與(yu)PCoA分(fen)(fen)析”頁面，右上方的鏈接中下載QZV文件(jian)：
也可以在右側分析設置(zhi)中選擇不同(tong)的距(ju)離算(suan)法，點擊運行之后下載相應(ying)的QZV文件：
②通(tong)過“派森(sen)諾基因云”以(yi)外方式獲取(qu)數據的項(xiang)目：
Treat***\2.4.1_bdiv\PCoA_3D（注(zhu)意是QIIME 2版本）
2、打開網站（//view.qiime2.cn/），點擊上傳(chuan)或拖(tuo)拽QZV文件至主(zhu)頁灰色(se)方框內，即可(ke)實(shi)現QZV文件的可(ke)視(shi)化，下面(mian)就是拖(tuo)拽文件后的展示(shi)效果：
至此(ci)，我們已經得到了PCoA可視化的(de)基礎效(xiao)果，接下來就可以通過鼠標點(dian)點(dian)點(dian)，來調(diao)整展(zhan)示形式啦~
3、通過Visualization模塊(kuai)，可以(yi)選擇樣本(ben)、調整(zheng)展示角度、改變圖標(biao)顏色、形狀、大小、透明度以(yi)及選擇作圖的坐(zuo)標(biao)軸等(deng)：
鼠標按(an)住圖片區域(yu)滑動，可以(yi)360°的轉動圖片，隨后將圖片調整到(dao)所需要的合適角(jiao)度(du)：
同時還可以選擇(ze)Color和(he)Shape對分組(zu)和(he)每個樣本的(de)顏色以及(ji)形(xing)狀(zhuang)進行(xing)調整，選擇(ze)不同的(de)顏色和(he)形(xing)狀(zhuang)，用來更(geng)好的(de)展示(shi)樣本以及(ji)各組(zu)間/組(zu)內的(de)差異大小，反映微生態群落的(de)組(zu)成結構(gou)變(bian)化(hua)趨勢：
點擊Axes選擇需(xu)要展示(shi)的(de)(de)坐標(biao)(biao)(biao)軸(zhou)，比如二維還(huan)是(shi)三維排序；也可以(yi)(yi)對(dui)坐標(biao)(biao)(biao)軸(zhou)和標(biao)(biao)(biao)簽以(yi)(yi)及背(bei)景的(de)(de)顏色進行調節。同時圖片右(you)側還(huan)列出了前五坐標(biao)(biao)(biao)軸(zhou)對(dui)于樣本(ben)間差異(yi)的(de)(de)解釋度，也就是(shi)坐標(biao)(biao)(biao)軸(zhou)括(kuo)號中的(de)(de)百分(fen)比，代表了對(dui)應坐標(biao)(biao)(biao)軸(zhou)所能(neng)解釋的(de)(de)樣本(ben)差異(yi)數(shu)據（距離矩陣）的(de)(de)比例。
最(zui)后，我們需要將調(diao)整好的PCoA的圖片保存下來，方便應用(yong)到文章當中(zhong)：
說到這里，再給大家介紹下我(wo)(wo)們(men)的(de)派森諾“基因云”。在(zai)“云分(fen)析”和(he)“云圖(tu)匯(hui)”板塊中，同樣可以(yi)進行二維(wei)PCoA的(de)分(fen)析和(he)調整，只需要在(zai)分(fen)析設置(zhi)中點擊鼠標操作即可！我(wo)(wo)們(men)在(zai)這里附上一張(zhang)云分(fen)析中的(de)PCoA分(fen)析圖(tu)，感興趣的(de)老師可以(yi)了解(jie)下哦~
以上(shang)就是(shi)今天給大家(jia)講解的PCoA分(fen)析中QZV文件的可視化方式了，大家(jia)可以根據喜歡的方式調(diao)整(zheng)出圖哦~如有操作(zuo)問(wen)題，也歡迎(ying)討論(lun)區留(liu)言(yan)或者發(fa)郵件給小編喲（郵箱(xiang)地址：metasupport@doudin.cn）！
