2020-12-07
小伙伴們大概(gai)已經(jing)發(fa)現(xian)了(le)(le)，無論哪篇單細(xi)胞(bao)(bao)測序的文章，都會告訴讀(du)者一共獲得了(le)(le)多(duo)少個細(xi)胞(bao)(bao)進行分析，并且細(xi)胞(bao)(bao)的數(shu)量基本都在(zai)1萬(wan)以上，高分文章，細(xi)胞(bao)(bao)數(shu)量則可達十幾(ji)萬(wan)甚至幾(ji)十萬(wan)。比如，這篇今年發(fa)表的nature文章，一共做了(le)(le)23個器(qi)官，捕(bu)獲到了(le)(le)35萬(wan)多(duo)個細(xi)胞(bao)(bao)，堪稱航空母(mu)艦級(ji)別(bie)。
細(xi)胞(bao)(bao)數(shu)(shu)量，為什么這么重要？細(xi)胞(bao)(bao)數(shu)(shu)量，是越多越好嗎？高(gao)分(fen)文(wen)章(zhang)，一般需(xu)要多少個細(xi)胞(bao)(bao)？我(wo)們(men)的研究中，該如何設定細(xi)胞(bao)(bao)數(shu)(shu)量？ 相信這些問題，小伙伴們一定都很關注吧。 細胞數量，為什么這么重(zhong)要？ Bulk RNA測(ce)序，一(yi)(yi)般(ban)需要(yao)設置(zhi)三個(ge)生(sheng)物學重(zhong)復。常常有(you)(you)小伙伴會問，單細胞(bao)(bao)測(ce)序，怎么(me)設置(zhi)生(sheng)物學重(zhong)復呢？一(yi)(yi)般(ban)情況下，單細胞(bao)(bao)測(ce)序的一(yi)(yi)個(ge)細胞(bao)(bao)，可(ke)視為一(yi)(yi)個(ge)重(zhong)復，當然，當目光(guang)聚焦到單個(ge)細胞(bao)(bao)個(ge)體(ti)，生(sheng)物學重(zhong)復就需要(yao)是成千上萬級別(bie)了。細胞(bao)(bao)數目越(yue)(yue)多(duo)，區(qu)別(bie)不同細胞(bao)(bao)之間的差異越(yue)(yue)精確，研究細胞(bao)(bao)間精細的差異意義越(yue)(yue)顯(xian)著。所以，提高細胞(bao)(bao)總數，是一(yi)(yi)個(ge)比較有(you)(you)意義的建議。 高分文章(zhang)，一般(ban)需(xu)要多少個(ge)細(xi)胞？ 高分文(wen)(wen)章(zhang)，一(yi)般需要(yao)(yao)多少個細(xi)胞(bao)(bao)？統(tong)觀(guan)目(mu)前的(de)(de)單細(xi)胞(bao)(bao)測序(xu)文(wen)(wen)章(zhang)，大(da)概分為(wei)兩類。一(yi)是對(dui)細(xi)胞(bao)(bao)圖譜的(de)(de)描(miao)繪，這(zhe)(zhe)樣的(de)(de)工作(zuo)，對(dui)各(ge)類細(xi)胞(bao)(bao)做了精確描(miao)述，細(xi)胞(bao)(bao)總數(shu)，大(da)概都達(da)到(dao)十萬以(yi)上。這(zhe)(zhe)樣的(de)(de)工作(zuo)，通常會(hui)發(fa)很高的(de)(de)雜志，因為(wei)其數(shu)據(ju)是一(yi)個非常重(zhong)要(yao)(yao)的(de)(de)資源，對(dui)未來的(de)(de)科學研究具有很大(da)的(de)(de)意義(yi)。前面提到(dao)的(de)(de)這(zhe)(zhe)篇nature文(wen)(wen)章(zhang)，就屬于這(zhe)(zhe)一(yi)類。 另外一類，則是以單細胞測序作為一種研究手段，著力于研究某一個生物學問題。這樣的文章，通常是更值得研究者借鑒的文章，對細胞總數的要求，也相對低一點，我們不妨挑選幾篇文章，做一個詳細的比較。 1、 發表雜志：Nature 發表時間：2020年 影響(xiang)因子：42.788 研究(jiu)領(ling)域(yu)：神經發育 細胞分選：否 共計細(xi)胞數：59379 樣本數(shu)：16 每樣本平(ping)均細(xi)胞數：3712 2、 發表雜志：Nature Neuroscience 發(fa)表時間：2020年 影響因(yin)子：20.271 研究(jiu)領域(yu)：神(shen)經發育 細(xi)胞分選：否 共計細胞(bao)數(shu)：28726 樣本(ben)數：4 每樣(yang)本平均(jun)細(xi)胞數：7182 3、 發表雜志：Nature Communications 發表時間：2020年 影響因子：12.121 研究領域：新冠 細胞分選：否 共計細胞數：13239 樣本數：5 每(mei)樣本平均(jun)細胞數(shu)：2648 4、 發(fa)表雜志：Cell Reports 發表時間：2019年 影響因子(zi)：8.109 研究(jiu)領(ling)域：胃癌 細胞分選(xuan)：否 共(gong)計細胞數：56440 樣(yang)本數：13 每樣本平均細(xi)胞數(shu)：4342 5、 發(fa)表(biao)雜志：Cell 發表時間：2020年 影響因子(zi)：38.637 研究領域：腫瘤免疫 細(xi)胞分(fen)選(xuan)：CD4+,CD8+ 共(gong)計細胞數：19839(CD4+), 10762(CD8+) 樣本數：7 每樣本平均細胞數：2834(CD4+),1538(CD8+) 6、 發表雜志(zhi)：Cancer Discovery 發(fa)表時間：2020年 影響(xiang)因子：29.497 研究領域：腫瘤免疫 細(xi)胞(bao)分選(xuan)：CAF-F1 共計(ji)細胞(bao)數(shu)：18296 樣本數(shu)：8 每樣本平均細(xi)胞數：2287 我們(men)的研究中(zhong)，該(gai)如何設定細胞(bao)數量？ 根據以上文章，我們可(ke)見，細(xi)(xi)胞總數(shu)(shu)，一般都需要(yao)達到萬級甚(shen)至(zhi)十萬級。而單個樣本中(zhong)的細(xi)(xi)胞數(shu)(shu)目，都沒有超過1萬。細(xi)(xi)胞濃(nong)度(du)越高(gao)(gao)，油包水結構中(zhong)捕獲(huo)到雙細(xi)(xi)胞的概率越高(gao)(gao)。如果想要(yao)細(xi)(xi)胞的分群更精確，細(xi)(xi)胞總數(shu)(shu)需要(yao)提(ti)高(gao)(gao)，更推(tui)薦的方案是(shi)提(ti)高(gao)(gao)樣本數(shu)(shu)量，而不是(shi)提(ti)高(gao)(gao)細(xi)(xi)胞懸液的濃(nong)度(du)。 小伙(huo)伴們，關(guan)于細胞數量的設定策(ce)略，你是否get到了呢(ni)~
