2020-12-09
還在苦惱研究(jiu)對象沒有參考基因組(zu)嗎？還被困在無參(can)無法發(fa)高分的魔咒中(zhong)嗎(ma)？沒有參考(kao)基(ji)因(yin)組？真的沒關(guan)系(xi)！
接下來我們以2020年最新發表的兩篇無參轉錄組文章為例，一起學習一下在高分雜志中無參轉錄組應該如何捕獲編輯 “芳心”！
文章一
無參轉錄組分析揭示硬殼蛤（Mercenaria mercenaria）色素沉著的初步分子機制（IF：6.205）
研究背景
顏色在偽裝，性選擇，免疫和進化中起著至關重要的作用。軟體動物具有鮮明的外殼顏色，色素沉著在幼年期就已經開始。硬殼蛤（Mercenaria mercenaria）是廣受養殖的雙殼類動物，經濟價值很高。為了探究幼年蛤中色素沉著的分子機制，本研究對無色素、白色和紅色硬殼蛤進行了RNA-Seq分析，選出差異基因并對其進行KEGG注釋，初步揭示了硬殼蛤色素沉著的分子機制。
研究思路
部分數據展示
研究結論
與(yu)果蠅和(he)斑馬魚的(de)(de)身體色(se)(se)(se)(se)素(su)(su)(su)沉(chen)著(zhu)(zhu)相(xiang)比，殼色(se)(se)(se)(se)素(su)(su)(su)沉(chen)著(zhu)(zhu)是一個復雜的(de)(de)過程，尤其(qi)是在(zai)(zai)幼(you)年時期(qi)，人(ren)們對其(qi)知之甚少(shao)。色(se)(se)(se)(se)素(su)(su)(su)是貝(bei)殼顏(yan)色(se)(se)(se)(se)產(chan)生的(de)(de)主(zhu)要原因。在(zai)(zai)本研究中，我(wo)們對非(fei)色(se)(se)(se)(se)素(su)(su)(su)沉(chen)著(zhu)(zhu)、白色(se)(se)(se)(se)和(he)紅色(se)(se)(se)(se)硬殼蛤(ha)進行了RNA-Seq分析，以探討其(qi)色(se)(se)(se)(se)素(su)(su)(su)沉(chen)著(zhu)(zhu)的(de)(de)機制。DEGs參與(yu)黑(hei)色(se)(se)(se)(se)素(su)(su)(su)瘤/黑(hei)色(se)(se)(se)(se)素(su)(su)(su)形(xing)成(cheng)、ABC轉運(yun)體、類胡蘿卜素(su)(su)(su)代(dai)(dai)謝(xie)相(xiang)關途徑、卟啉和(he)葉綠(lv)素(su)(su)(su)代(dai)(dai)謝(xie)，可(ke)能參與(yu)色(se)(se)(se)(se)素(su)(su)(su)的(de)(de)形(xing)成(cheng)和(he)調控。這些發現(xian)表明黑(hei)色(se)(se)(se)(se)素(su)(su)(su)和(he)類胡蘿卜素(su)(su)(su)可(ke)能是硬蛤(ha)殼的(de)(de)主(zhu)要色(se)(se)(se)(se)素(su)(su)(su)。特別是與(yu)脂質轉運(yun)、ABC轉運(yun)蛋白、卟啉和(he)葉綠(lv)素(su)(su)(su)代(dai)(dai)謝(xie)相(xiang)關的(de)(de)基因，可(ke)能是這些蛤(ha)蜊殼呈(cheng)紅色(se)(se)(se)(se)的(de)(de)原因。
文章二
微小亞歷山大藻及其產物膝溝藻毒素對鹵蟲（Artemia salina）毒害作用轉錄組
研究背景
有毒微藻類的擴散已成為對海洋環境，人類健康和水產養殖業的全球威脅。亞歷山大藻屬是最常見的會產生水華的藻類，并引起麻痹性貝類中毒（PSP），這是最關鍵和最普遍的有害微藻類中毒綜合癥之一。亞歷山大（Alexandrum）屬有許多種，其中微小亞歷山大藻（Alexandrum minutum）在全世界沿海地區分布最廣，且主要產生膝溝藻毒素。微小亞歷山大藻（A. minutum）和膝溝藻毒素對營養水平較低的物種，特別是無脊椎動物，尤其是甲殼類動物的影響在很大程度上尚不清楚。在本研究中，以鹵蟲為研究有機體，以研究暴露于A. minutum或細胞外產物GTX2 / 3所產生的影響。
研究思路
部分數據展示
研究結論
在本研究中，采用轉錄組譜分析法證明了A. minutum或GTX2 / 3對鹵蟲的影響。該轉錄結果是首個應用RNA-Seq來研究在真實環境密度或濃度下，A. minutum或GTX2/3對鹵蟲毒害響應的轉錄組報告。暴露于A. minutum或GTX2 / 3的鹵蟲中轉錄組的反應并不完全相同，這可能為分析受到環境相關劑量的A. minutum或GTX2/3的影響以及鹵蟲如何適應暴露提供了新的機制方面的見解。
總 結
以上兩個案例有兩個最大的共同點：無參+高分！且研究思路都沒有很復雜，都是我們普通轉錄組的研究方法，但是經過作者的精心雕琢，依然能被高影響因子雜志的編輯所認可，所以其寫作和描述方式值得我們大家一塊學習。
從這兩個案例我們可以看出，即使沒(mei)有前人乘涼(liang)的參考基因組，沒(mei)有復(fu)雜多變的研(yan)究方法，用我們派(pai)森諾無(wu)參轉錄組標準分析數據加(jia)上客(ke)戶的精準挖掘，依然能(neng)輕(qing)松占(zhan)領高(gao)分營(ying)地！
下面鏈接(jie)為以(yi)上兩(liang)篇文(wen)章(zhang)詳細信息(xi)，僅供(gong)學習使(shi)用。如有問題，歡迎與我們取得聯系~
1.Zhi Hu, Hao Song, Cong Zhou, et al., De novo assembly transcriptome analysis reveals the preliminary molecular mechanism of pigmentation in juveniles of the hard clam Mercenaria mercenaria[J]. Genomics, 2020,Pages 3636-3647,ISSN 0888-7543.
//doi.org/10.1016/j.ygeno.2020.04.020.
2. Xianliang Yi, Keke Zhang, Renyan Liu, et al., Transcriptomic responses of Artemia salina exposed to an environmentally relevant dose of Alexandrium minutum cells or Gonyautoxin2/3[J]. Chemosphere, Volume 238,2020,124661,ISSN 0045-6535.
//doi.org/10.1016/j.chemosphere.2019.124661.
