2020-12-21
單細胞測(ce)序作為解析組織異(yi)(yi)(yi)質(zhi)性的(de)(de)研(yan)究利器(qi)，在多個領(ling)域(yu)都具有(you)廣泛的(de)(de)應(ying)用前(qian)景。在免(mian)疫(yi)學領(ling)域(yu)中(zhong)，不(bu)(bu)同類(lei)別(bie)的(de)(de)免(mian)疫(yi)細胞可(ke)借由單細胞測(ce)序將不(bu)(bu)同類(lei)別(bie)細胞的(de)(de)轉錄組一一呈(cheng)現和(he)分析。免(mian)疫(yi)細胞在識別(bie)不(bu)(bu)同類(lei)別(bie)抗原，產生特異(yi)(yi)(yi)性免(mian)疫(yi)反應(ying)過程中(zhong)，VDJ基(ji)因重排(pai)，呈(cheng)現及(ji)其豐富的(de)(de)異(yi)(yi)(yi)質(zhi)性。這(zhe)樣的(de)(de)異(yi)(yi)(yi)質(zhi)性解析，單細胞測(ce)序系(xi)列的(de)(de)另一款解決方案，單細胞TCR/BCR，則是較好的(de)(de)研(yan)究手段。
今(jin)天，小編為大家(jia)介紹一篇單細胞(bao)(bao)TCR測(ce)序(xu)結合單細胞(bao)(bao)測(ce)序(xu)，研究新冠(guan)病(bing)人免疫圖譜(pu)的文章(zhang)，讓(rang)我們(men)一起學習，單細胞(bao)(bao)測(ce)序(xu)如何在(zai)萬眾矚目的研究領域，發揮其(qi)技(ji)術優勢(shi)。
發表雜志：Nature Medicine
影響(xiang)因子：36.13
發(fa)表時間(jian)：2020年6月(yue)
關鍵詞(ci)：新(xin)冠COVID-19，支氣管(guan)肺(fei)泡灌洗(xi)液（BALF），免疫細(xi)胞，單細(xi)胞轉(zhuan)錄(lu)組測序(xu)，單細(xi)胞TCR測序(xu)
研(yan)究思路
作者(zhe)用單(dan)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)轉錄組測序技術對不同程度(du)的新(xin)冠患(huan)者(zhe)（3例(li)中(zhong)(zhong)度(du)感染(ran)(ran)患(huan)者(zhe)、6例(li)重度(du)感染(ran)(ran)患(huan)者(zhe)）和(he)健康對照組（3例(li)）的支氣管肺(fei)泡(pao)灌洗(xi)液（BALF）免(mian)疫(yi)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)進行了鑒(jian)定。最后獲得(de)31個不同的cluster，比如，巨噬細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)，中(zhong)(zhong)性粒(li)細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)、髓樣樹突狀細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)、漿狀樹突細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)、NK細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)、血漿細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)、上皮細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)、T細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)、B細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)等。比較了健康人、中(zhong)(zhong)毒感染(ran)(ran)患(huan)者(zhe)、重度(du)感染(ran)(ran)患(huan)者(zhe)的細(xi)(xi)(xi)(xi)胞(bao)數目差異以及差異表達(da)基因，分析(xi)新(xin)冠肺(fei)炎患(huan)者(zhe)肺(fei)泡(pao)灌洗(xi)液中(zhong)(zhong)的免(mian)疫(yi)圖譜。
基(ji)于免疫反(fan)應過(guo)程(cheng)中(zhong)(zhong)抗(kang)原識別的TCR重(zhong)排，作者(zhe)進(jin)行了單細胞TCR測序研(yan)究(jiu)。無論是(shi)克(ke)隆型數目(mu)還是(shi)克(ke)隆型擴(kuo)增(zeng)，ZNF683+ CD8+ T細胞在中(zhong)(zhong)度患(huan)者(zhe)和重(zhong)度患(huan)者(zhe)中(zhong)(zhong)均存(cun)在巨(ju)大差(cha)異(yi)。因此，新(xin)冠(guan)重(zhong)癥患(huan)者(zhe)中(zhong)(zhong)的CD8+ T細胞的擴(kuo)增(zeng)受到了比較大的影響，進(jin)一(yi)步證(zheng)實(shi)了新(xin)冠(guan)重(zhong)癥患(huan)者(zhe)中(zhong)(zhong)的炎癥風暴(bao)。
同時，作者提(ti)到該(gai)研(yan)究(jiu)的(de)(de)幾(ji)個不(bu)足之處，包(bao)括患者數量有限且不(bu)均勻(yun)，缺乏感(gan)染前后的(de)(de)縱向樣本。此外，由(you)于B細(xi)胞數量少(shao)，無法分析(xi)B細(xi)胞的(de)(de)反應。年齡、既往(wang)疾病和免疫(yi)調(diao)節療法的(de)(de)影響不(bu)能進行(xing)完全評估。然而，支氣管肺泡免疫(yi)細(xi)胞的(de)(de)分布已經揭示了新(xin)冠(guan)免疫(yi)發病機制中的(de)(de)異常巨噬細(xi)胞和T細(xi)胞反應。
參考文獻：Liao M, et al. Single-cell landscape of bronchoalveolar immune cells in patients with COVID-19. Nature Medicine (2019) PMID: 32398875.
掃碼進群，關(guan)注(zhu)更(geng)多10×genomics單細胞產(chan)品新進展~
