2021-02-01
自從單(dan)細胞(bao)(bao)轉錄(lu)組在2018年被Science評(ping)為年度(du)突(tu)破技術(shu)(shu)(shu)以來，單(dan)細胞(bao)(bao)技術(shu)(shu)(shu)為生命科學研究打開了另(ling)一扇大門，全球(qiu)的(de)科學家進入了揭示(shi)生命奧(ao)妙的(de)快(kuai)車道。2019年，單(dan)細胞(bao)(bao)多組學技術(shu)(shu)(shu)被Nature Methods評(ping)為年度(du)技術(shu)(shu)(shu)。到(dao)了2020年，登上Nature Methods年度(du)技術(shu)(shu)(shu)的(de)則是(shi)與單(dan)細胞(bao)(bao)轉錄(lu)組測序相輔相成的(de)“空(kong)間轉錄(lu)組技術(shu)(shu)(shu)”。單(dan)細胞(bao)(bao)技術(shu)(shu)(shu)正(zheng)在一次又一次地(di)創(chuang)造奇跡，見證歷史。
之前有銷售小(xiao)伙伴問我(wo)(wo)，作為小(xiao)白，是(shi)(shi)否可以這樣理解(jie)：只(zhi)做(zuo)單(dan)細胞測序就(jiu)(jiu)(jiu)好(hao)比有一(yi)(yi)盤(pan)洗(xi)干凈的(de)(de)葡(pu)萄，我(wo)(wo)一(yi)(yi)顆一(yi)(yi)顆都吃(chi)完了，就(jiu)(jiu)(jiu)可以知道(dao)哪顆葡(pu)萄最甜，但并(bing)不(bu)知道(dao)這串(chuan)葡(pu)萄的(de)(de)每(mei)一(yi)(yi)顆葡(pu)萄的(de)(de)位置；只(zhi)做(zuo)空間轉錄(lu)組就(jiu)(jiu)(jiu)好(hao)比從樹(shu)上(shang)摘下的(de)(de)一(yi)(yi)串(chuan)完整的(de)(de)葡(pu)萄，可以知道(dao)每(mei)一(yi)(yi)顆葡(pu)萄的(de)(de)具體位置但并(bing)不(bu)知道(dao)哪顆葡(pu)萄最甜；而單(dan)細胞測序結(jie)合(he)空轉則可以告訴我(wo)(wo)們最甜的(de)(de)那顆葡(pu)萄在(zai)哪里(li)。是(shi)(shi)的(de)(de)，就(jiu)(jiu)(jiu)是(shi)(shi)這個道(dao)。
10X官網(wang)曾經對空間轉錄組技(ji)術有過非常權(quan)威(wei)(wei)的(de)解讀，今天小(xiao)編就帶著(zhu)大家一起了解一下(xia)業界權(quan)威(wei)(wei)對它的(de)評價吧~
Visium空(kong)間轉錄組技(ji)術是(shi)第一個(ge)商業化(hua)的(de)(de)可檢測空(kong)間范圍內的(de)(de)全轉錄組基因表達(da)譜(pu)的(de)(de)技(ji)術。它給我們(men)提供了(le)從同一個(ge)切片(pian)上(shang)獲得的(de)(de)兩種(zhong)相互補充的(de)(de)數據：一是(shi)切片(pian)的(de)(de)影(ying)像學(xue)數據，二是(shi)針對這個(ge)切片(pian)的(de)(de)深度的(de)(de)基因表達(da)譜(pu)。
我想要在我感興趣的(de)區域里檢測(ce)基因表達(da)（如免疫熒光(guang)、免疫組化、原(yuan)位(wei)雜(za)交），但是空間轉錄(lu)組測(ce)序可以一次性(xing)地做了成千上萬(wan)次實驗，譬如你(ni)捕獲了所有的(de)信息(xi)，然后存儲在那(nei)里。之后利用軟件進行從容地查(cha)看，篩選你(ni)需要的(de)信息(xi)。這跟(gen)以往的(de)其它(ta)技術都不一樣，如果你(ni)未(wei)得到最佳數據，就需要從頭重復整個實驗。
我(wo)們(men)可以用(yong)(yong)分(fen)子釋義(yi)工具，比如GSEA分(fen)析(xi)，做病理學(xue)(xue)家的工作：確定(ding)這是(shi)腫瘤，這是(shi)基質，這是(shi)免疫(yi)結構。除(chu)此之(zhi)外，我(wo)們(men)還可以定(ding)非常明確地闡(chan)釋，這些細胞是(shi)由這些信(xin)號傳導通(tong)路激(ji)活的，另外一(yi)些細胞是(shi)由完(wan)全(quan)不同(tong)的信(xin)號通(tong)路激(ji)活的。雖然我(wo)們(men)在解剖學(xue)(xue)上可以看到組織學(xue)(xue)特征(zheng)，但是(shi)你會(hui)想是(shi)什么分(fen)子機制決(jue)定(ding)了它們(men)，現在我(wo)們(men)能用(yong)(yong)10X visium空間(jian)轉(zhuan)錄(lu)組測序(xu)做這個事了。
Bulk RNA測(ce)序的(de)時(shi)代(dai)即將(jiang)過去，而如今單(dan)細胞測(ce)序正是如日中天，而空(kong)(kong)間轉(zhuan)錄組(zu)技(ji)術(shu)將(jiang)是下一(yi)個未(wei)(wei)來。在未(wei)(wei)來，單(dan)細胞分辨率的(de)空(kong)(kong)間轉(zhuan)錄組(zu)技(ji)術(shu)將(jiang)成為一(yi)個標準。正如Hongkui Zeng (director of the Allen Institute for Brain Science)所(suo)說，當(dang)你在組(zu)織中有所(suo)發現，然后再(zai)回溯到空(kong)(kong)間分辨的(de)單(dan)細胞遺傳信息，如果(guo)您投出的(de)論文中沒有進(jin)行空(kong)(kong)間全轉(zhuan)錄組(zu)的(de)測(ce)序，編輯的(de)常見反(fan)應(ying)將(jiang)會(hui)是問(wen)你“為什(shen)么不呢？”
