2021-02-07
Q1、10X單(dan)細胞測序可以研究什(shen)么RNA？
10X單細胞測序利用polyT標記polyA，因此含有polyA的mRNA可(ke)以通過10X單細胞測序方法進(jin)行(xing)研究，包括真(zhen)核生(sheng)物的mRNA，lncRNA，以及有polyA的部分病毒的RNA。不含有polyA的mRNA，如miRNA，circleRNA、原(yuan)核生(sheng)物的mRNA以及核糖體RNA，則(ze)不能用現(xian)有的方法進(jin)行(xing)分析。除mRNA以外的研究，可(ke)參考以下文(wen)章： LncRNA的(de)單細胞水平研究： 病毒的單細胞水平研究： Q2、都(dou)是單(dan)細胞測序(xu)，10X單(dan)細胞測序(xu)和(he)smart-seq有(you)什么區別？ smart-seq是一(yi)(yi)個(ge)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)建一(yi)(yi)個(ge)文庫，因此價(jia)格是按照細(xi)胞(bao)(bao)(bao)數目(mu)進行(xing)計算(suan)的(de)(de)，這決定了當細(xi)胞(bao)(bao)(bao)通量(liang)達到較(jiao)大數值時(shi)，項目(mu)預算(suan)會非常巨(ju)大。10X是一(yi)(yi)個(ge)樣(yang)本(ben)(ben)(ben)一(yi)(yi)個(ge)文庫，單(dan)(dan)個(ge)樣(yang)本(ben)(ben)(ben)的(de)(de)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)數目(mu)是幾千到一(yi)(yi)萬，因此價(jia)格核算(suan)到細(xi)胞(bao)(bao)(bao)水平，每個(ge)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)的(de)(de)價(jia)格在幾元(yuan)。因此10X單(dan)(dan)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)測序更有利(li)于(yu)高通量(liang)的(de)(de)單(dan)(dan)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)轉錄(lu)組研究。Smart-seq是一(yi)(yi)個(ge)全(quan)長轉錄(lu)組的(de)(de)測序，10X單(dan)(dan)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)只針對3’端或5’端的(de)(de)150bp的(de)(de)測序，因此，如果想(xiang)要(yao)關(guan)注全(quan)轉錄(lu)本(ben)(ben)(ben)的(de)(de)序列，smart-seq是更好的(de)(de)選擇。10X僅(jin)適用(yong)于(yu)直徑在40um以下的(de)(de)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)，因此，若想(xiang)要(yao)研究直徑較(jiao)大的(de)(de)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)，可選擇smat-seq或者10X的(de)(de)單(dan)(dan)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)核測序。 Q3、10X單細胞測序和smart-seq可以放在一(yi)起分析(xi)嗎？ 可以的(de)。 不過數(shu)(shu)據需要標準化。通常需要比(bi)較大(da)量的smart-seq數(shu)(shu)據才(cai)可以(yi)。 聯合分析(xi)可參考以下文(wen)章： Q4、單細胞(bao)懸液制備(bei)有困難(nan)怎么辦(ban)？ 派(pai)森諾的(de)(de)單細胞(bao)懸液制(zhi)備(bei)團隊可為客戶的(de)(de)高度個(ge)(ge)性化(hua)樣本進行一對一的(de)(de)研(yan)發，涵蓋了(le)包含人、小鼠及其它多個(ge)(ge)物(wu)種的(de)(de)骨骼、肌(ji)肉(rou)、脊髓、大(da)腦等多個(ge)(ge)組織類(lei)型。如(ru)果有困難(nan)，聯系您的(de)(de)派(pai)森諾銷售(shou)顧問吧，相信會(hui)收到意(yi)想不到的(de)(de)驚喜~ Q5、組織樣(yang)本不(bu)適(shi)合運輸怎么辦？ 派森(sen)諾的(de)單細胞建庫團隊可(ke)為客(ke)戶(hu)提(ti)供上門建庫服務(wu)。無論時間，無論地點，僅需一個電(dian)話(hua)，隨(sui)叫隨(sui)到(dao)的(de)貼心服務(wu)立刻送(song)達，讓樣本(ben)在最佳狀態(tai)下完成檢測。 Q6、細胞捕(bu)獲效率不好怎么辦？ 針對細(xi)(xi)胞(bao)捕獲效率，派森諾(nuo)提(ti)供(gong)(gong)(gong)了多次質控過程。首先，建庫過程中提(ti)供(gong)(gong)(gong)一個油包(bao)水(shui)結(jie)構的圖片，顯示油包(bao)水(shui)已(yi)經(jing)正常形成(cheng)；其次，建庫完成(cheng)后提(ti)供(gong)(gong)(gong)文(wen)庫質控結(jie)果，顯示已(yi)經(jing)有足夠數(shu)量的cDNA形成(cheng)文(wen)庫；再(zai)次，提(ti)供(gong)(gong)(gong)10G免費試測和分(fen)析服務，顯示細(xi)(xi)胞(bao)捕獲、基(ji)因組比對和細(xi)(xi)胞(bao)內基(ji)因表達情(qing)況。層(ceng)層(ceng)把關，讓實驗的每一步(bu)都安安心(xin)心(xin)。 Q7、拿到數據不知道怎么用怎么辦？ 這(zhe)是發(fa)表文(wen)章的關(guan)鍵所在(zai)，也是研(yan)究者需要不(bu)斷(duan)思考(kao)的問(wen)題。小編(bian)根(gen)據不(bu)同文(wen)獻(xian)整理了幾個可供(gong)分析的出發(fa)點，謹供(gong)參考(kao)。 1. 從case組是否存在特殊類(lei)群細胞(bao)出發； 2. 從case組和control組的(de)特定細胞類群的(de)數目(mu)出發； 3. 從case和control組的差異(yi)表達基因出發。 特殊細胞類型： 檢(jian)測到腫瘤病(bing)人組織特有的(de)細(xi)胞(bao)(bao)類群TSK，分(fen)析這群細(xi)胞(bao)(bao)在(zai)組織上(shang)的(de)分(fen)布，確定這些細(xi)胞(bao)(bao)在(zai)腫瘤擴展中的(de)意義。 細胞數(shu)目(mu)： 發現在(zai)case組(zu)中的(de)兩(liang)個細(xi)(xi)胞(bao)類(lei)群（小膠質細(xi)(xi)胞(bao)和星形膠質細(xi)(xi)胞(bao)）的(de)細(xi)(xi)胞(bao)數目存在(zai)差(cha)異；進而關(guan)(guan)注(zhu)到這(zhe)(zhe)兩(liang)類(lei)細(xi)(xi)胞(bao)，將這(zhe)(zhe)兩(liang)類(lei)細(xi)(xi)胞(bao)進行重新(xin)分(fen)群，發現case組(zu)的(de)subcluster0和1的(de)細(xi)(xi)胞(bao)數目存在(zai)差(cha)異；進而關(guan)(guan)注(zhu)到這(zhe)(zhe)兩(liang)個亞(ya)群的(de)細(xi)(xi)胞(bao)，分(fen)析這(zhe)(zhe)兩(liang)個亞(ya)群的(de)marker基因(yin)。 差異(yi)表達基因： 分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)case和(he)control的(de)(de)差異(yi)表達(da)基因(yin)，此處設置了(le)青年(nian)(nian)(nian)(nian)組(zu)(zu)，中年(nian)(nian)(nian)(nian)組(zu)(zu)和(he)老年(nian)(nian)(nian)(nian)組(zu)(zu)三組(zu)(zu)的(de)(de)兩(liang)兩(liang)比較。首先比較了(le)不同細(xi)胞類型在(zai)組(zu)(zu)間的(de)(de)差異(yi)基因(yin)，并挑選了(le)隨(sui)著年(nian)(nian)(nian)(nian)齡增長表達(da)上調(diao)和(he)下調(diao)的(de)(de)基因(yin)，做(zuo)擬時序分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)，針對(dui)某一(yi)個geneset，分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)geneset在(zai)組(zu)(zu)間的(de)(de)差異(yi)。分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)組(zu)(zu)間差異(yi)的(de)(de)轉錄因(yin)子和(he)下游(you)基因(yin)，以及組(zu)(zu)間差異(yi)基因(yin)的(de)(de)GO分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)。
