2021-02-09
轉(zhuan)錄組文章收藏越來越多，轉(zhuan)錄組研究思緒卻越來越亂，該(gai)怎么辦(ban)？
轉(zhuan)錄組數(shu)據挖掘過(guo)(guo)程中發現疑(yi)點難(nan)點，之(zhi)前好(hao)像看到過(guo)(guo)解析，卻(que)找不到了怎么辦？
就(jiu)不(bu)能有一篇(pian)可以解決所(suo)有煩惱(nao)的文章來拯救一下在崩潰邊緣的我嗎？！
……
他(ta)來了(le)，他(ta)來了(le)，他(ta)帶著轉錄組干(gan)貨技巧總(zong)結來了(le)！
前(qian)期(qi)(qi)信息準(zhun)備，中期(qi)(qi)深度(du)挖(wa)掘，后期(qi)(qi)驗證分析，統(tong)統(tong)都有！
僅收藏(zang)此一篇，讓你從轉錄小白成長為RNA-Seq大(da)神不再是(shi)夢(meng)！
在此(ci)新(xin)春(chun)佳節來臨(lin)之際，我(wo)們把之前推送(song)過的一些轉(zhuan)錄(lu)組技巧類文章進行匯總，包括做(zuo)項(xiang)目(mu)前的準備(bei)，拿到數據時(shi)的解析以(yi)及后續功能的驗證等(deng)等(deng)。以(yi)此(ci)為各位(wei)做(zuo)轉(zhuan)錄(lu)組項(xiang)目(mu)的老師獻上(shang)一份派森諾獨有的祝福禮(li)！
做轉錄組項目前(qian)期
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研(yan)究的物種是否(fou)有參(can)(can)(can)考基(ji)因(yin)組(zu)(zu)是做轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)測序(xu)之前首先(xian)要(yao)確認的一(yi)(yi)(yi)個問題，這(zhe)決(jue)定了我們(men)是做有參(can)(can)(can)轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)測序(xu)還是無參(can)(can)(can)轉(zhuan)錄(lu)組(zu)(zu)測序(xu)。不同的項目(mu)對應的分析方法不同，在這(zhe)兩篇文章里給大家詳(xiang)細(xi)的介紹了如何在一(yi)(yi)(yi)些(xie)主流數(shu)據庫（Ensembl數(shu)據庫、NCBI數(shu)據庫）找參(can)(can)(can)考基(ji)因(yin)組(zu)(zu)和(he)一(yi)(yi)(yi)些(xie)特殊物種的數(shu)據庫（UCSC數(shu)據庫、JGI基(ji)因(yin)組(zu)(zu)數(shu)據庫、柑橘類基(ji)因(yin)組(zu)(zu)數(shu)據庫、 薔薇科(ke)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)數(shu)據庫等）找參(can)(can)(can)考基(ji)因(yin)組(zu)(zu)。
待確定(ding)好自己(ji)的(de)項目是做(zuo)有參轉錄組還是無參轉錄組之(zhi)后就可以準備樣品送(song)檢測序了。測序又涉(she)及一個新的(de)問題，我是建鏈特異(yi)性(xing)文庫還是非鏈特異(yi)性(xing)文庫呢(ni)(ni)？兩者有何區別呢(ni)(ni)？下(xia)面(mian)的(de)文章也許能(neng)解決(jue)您的(de)煩惱(nao)。
質(zhi)(zhi)檢(jian)是轉錄(lu)組測序的(de)(de)一個(ge)關鍵環節，質(zhi)(zhi)檢(jian)結果的(de)(de)好(hao)壞(huai)直接影響著測序質(zhi)(zhi)量的(de)(de)高低。而質(zhi)(zhi)檢(jian)報(bao)告(gao)最難讀懂的(de)(de)部(bu)分莫過于(yu)膠圖(tu)和峰圖(tu)，RNA提取是否合格？樣本有無(wu)污(wu)染？在質(zhi)(zhi)檢(jian)報(bao)告(gao)中一般都會體現。
數據挖掘階段
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在滿懷欣喜(xi)的(de)拿到轉錄(lu)組測試結題報告時，有(you)很(hen)多初接觸的(de)小(xiao)伙伴(ban)會(hui)產生(sheng)滿腦(nao)子(zi)的(de)問(wen)號(hao)？這(zhe)(zhe)是什(shen)么(me)？我應(ying)該怎么(me)看？這(zhe)(zhe)么(me)多數據(ju)哪個(ge)才是重點？有(you)此(ci)疑惑的(de)小(xiao)伙伴(ban)可以看下這(zhe)(zhe)篇文章，帶您(nin)快速(su)了解轉錄(lu)組測序結果(guo)的(de)三(san)大部(bu)分，著重關(guan)注(zhu)重點分析內(nei)容。
轉錄組測序(xu)是出圖(tu)(tu)的利器，寫文(wen)章(zhang)(zhang)的話也會涉及很多圖(tu)(tu)片，這些(xie)圖(tu)(tu)片都有什么含義呢(ni)？又(you)該如何(he)使(shi)用(yong)介紹呢(ni)？可以參考下面這篇文(wen)章(zhang)(zhang)的詳細說明(ming)。
到底選擇Basemean還是FPKM？
差(cha)異分析，是做(zuo)轉錄組測序(xu)永遠也(ye)繞不(bu)開的一個(ge)話題，而差(cha)異分析中(zhong)用于比(bi)較的兩個(ge)數值Basemean和FPKM同(tong)樣也(ye)是大家比(bi)較容(rong)易混淆(xiao)的概(gai)念(nian)。下面(mian)兩篇文章(zhang)從計算方法(fa)演示以(yi)及(ji)概(gai)念(nian)解讀方面(mian)來介紹(shao)了他們兩者的區別，還沒(mei)弄明(ming)白的小伙伴可(ke)以(yi)猛(meng)戳下文學習(xi)。
看懂結果是(shi)解(jie)讀數據的開(kai)始，而如何把(ba)結果和(he)最(zui)(zui)終(zhong)的課題相關聯才(cai)是(shi)我們的最(zui)(zui)終(zhong)目的，且看這篇文章(zhang)是(shi)如何挖掘關鍵基因的。
在挖掘分(fen)析的過(guo)程中，會發現每個(ge)分(fen)析版塊的注釋(shi)內(nei)容都有(you)些許差異(yi)，那么怎么才(cai)能把它們對(dui)應的表(biao)達量、差異(yi)結果和注釋(shi)信息等放到(dao)一張表(biao)里呢？
其實只需(xu)要(yao)EXCEL表里的一個小小函數(shu)（VLOOKUP），就(jiu)可以輕(qing)輕(qing)松(song)松(song)幫您把所有(you)的信息整合到一起了。
做完轉錄組項目后
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分析(xi)挖(wa)掘完數據，找(zhao)到了(le)自(zi)己關(guan)注的hub基因，下一步大多(duo)(duo)就是要做qPCR驗(yan)證。那么(me)問題就來了(le)，有(you)參(can)(can)、無參(can)(can)、CircRNA、LncRNA...？這(zhe)么(me)多(duo)(duo)類型(xing)我該如何找(zhao)到它們(men)的驗(yan)證序(xu)列(lie)呢(ni)？下方文章詳細講解了(le)轉錄組各個(ge)項(xiang)目的序(xu)列(lie)查找(zhao)方法(fa)，歡迎有(you)需求的小(xiao)伙伴點(dian)擊(ji)查閱(yue)。
qPCR驗證(zheng)完(wan)了(le)，但是結果(guo)總(zong)是與預(yu)期不太符(fu)合，驗證(zheng)不上(shang)就很讓人苦(ku)惱(nao)了(le)。這篇文(wen)章就為大(da)家詳細的(de)分析了(le)出(chu)現驗證(zheng)不上(shang)的(de)幾種原(yuan)因，可以針對這些原(yuan)因來進行排查(cha)糾正。
如果(guo)想發高(gao)分文章(zhang)，除了(le)qPCR之(zhi)外，還(huan)需要從多個(ge)角度對實驗(yan)結果(guo)進行(xing)驗(yan)證。對于(yu)轉(zhuan)錄組(zu)測序后的其他驗(yan)證方法，這篇文章(zhang)也給出了(le)詳細的答案。
數(shu)據(ju)(ju)分(fen)析(xi)和文章撰寫都(dou)完成了(le)(le)，接下來就(jiu)是(shi)滿(man)(man)滿(man)(man)的(de)收獲季節了(le)(le)。但是(shi)不要忘了(le)(le)轉錄組在文章發表前大多(duo)都(dou)需要上(shang)傳數(shu)據(ju)(ju)到(dao)相關的(de)數(shu)據(ju)(ju)庫。這(zhe)里為大家(jia)推(tui)薦我司(si)的(de)一(yi)篇軟(ruan)文，數(shu)據(ju)(ju)上(shang)傳按(an)部(bu)就(jiu)班So easy~
好了，以上(shang)就是(shi)今天為(wei)大(da)家分享的(de)所有內容了，也是(shi)為(wei)我們轉錄(lu)組(zu)技術類文(wen)章做了一個(ge)總結。接下來(lai)我們也會持續(xu)發表更多的(de)文(wen)獻解讀(du)以及(ji)干貨類軟文(wen)，為(wei)您(nin)的(de)科研發展助力！歡迎關(guan)注我們，一起在轉錄(lu)組(zu)大(da)神(shen)這條路上(shang)越走越遠~
