2021-03-17
韋恩(en)圖，又稱為venn圖，是我們在日常數據處理過程中經常用到(dao)的一(yi)種圖。圖雖小，但實用性(xing)卻非常高！
做轉錄組項目，重要的就是看(kan)每個基(ji)因的表(biao)達量(liang)，根(gen)據表(biao)達量(liang)差(cha)(cha)異(yi)找出(chu)差(cha)(cha)異(yi)基(ji)因，從而(er)研究差(cha)(cha)異(yi)基(ji)因的功能(neng)。而(er)在作圖(tu)之(zhi)前重要的就是按照特定條件找出(chu)差(cha)(cha)異(yi)基(ji)因，此方(fang)面我(wo)們(men)分為三類來介紹如何按需篩選差(cha)(cha)異(yi)基(ji)因：
1.共(gong)有(you)差異基(ji)因；
2.共有上(shang)調(diao)基因(yin)或共有下調(diao)基因(yin)；
3.一組(zu)上調，另一組(zu)下調基(ji)因。
在轉錄組項目提供的(de)(de)(de)結果中，有一個差異基因匯總的(de)(de)(de)表格名(ming)為diff_gene_of_all_groups，它(ta)就是(shi)我們(men)今(jin)天(tian)數據來源的(de)(de)(de)主角了，一般(ban)安安靜靜的(de)(de)(de)躺在這里：
我們(men)通篇軟文干貨的講解都以此(ci)數據為基礎，我們(men)假設有四(si)個分組：A、B、C、D
六個比較組：A_vs_B、A_vs_C、A_vs_D、B_vs_C、B_vs_D、C_vs_D
在Excel表格(ge)中(zhong)有一個多(duo)條件篩選功能(neng)，這個功能(neng)對于提高效率有著質的飛躍：
1. 共有差(cha)異(yi)基因
在diff_gene_of_all_groups表(biao)格中，上調的基因標為(wei)(wei)up，下(xia)調標為(wei)(wei)down，--為(wei)(wei)非顯著差異基因。假(jia)如我們想查(cha)找在A_vs_B、A_vs_C中的共有(you)差異基因，只需要按以(yi)下(xia)操作：
①點(dian)擊篩(shai)選
②選(xuan)擇A_vs_B組(zu)
③選擇up和down（上(shang)調和下調）
④A_vs_C組進行同樣操作
此時第一列篩選出(chu)的(de)所有基(ji)因即為A_vs_B和A_vs_C兩組共有的(de)差異基(ji)因，下圖(tu)：
同理如果想篩選出三組或更多組的共有差異基因都可按此來操作。
2. 共(gong)有上調(diao)基因或共(gong)有下(xia)調(diao)基因
有了(le)上面的鋪墊，我們接下來的講解(jie)就變得(de)容(rong)易了(le)很多，共有上調（下調）基(ji)(ji)因(yin)只需在1的基(ji)(ji)礎(chu)上，把③和④（選(xuan)擇(ze)up和down）改為選(xuan)擇(ze)up（或down）即可。
3. 一組上調，另一組下調
前面操作一致，只需(xu)要在上(shang)述操作中把③和(he)④分別改為A_vs_B選擇up且(qie)A_vs_C選擇down。
同理(li)如果想要獲取多個組(zu)不同類型（上下調）的共有差異基(ji)因，可以(yi)根據(ju)需求(qiu)在比較組(zu)中(zhong)自由選擇。
講(jiang)到這里(li)，我們作(zuo)(zuo)圖(tu)數(shu)據(ju)就算是整理(li)好(hao)了，接(jie)下來開始(shi)講(jiang)解(jie)本文的(de)(de)主(zhu)體部分，韋恩圖(tu)的(de)(de)制作(zuo)(zuo)。韋恩圖(tu)的(de)(de)制作(zuo)(zuo)網站和方法千(qian)千(qian)萬萬，我們這里(li)選取典型(xing)的(de)(de)三種來為大家(jia)講(jiang)解(jie)。
一(yi)、云(yun)分(fen)析
如果您(nin)的(de)項目(mu)是(shi)我們的(de)真(zhen)核有參(can)轉錄組云平臺項目(mu)，那么韋恩(en)圖的(de)制(zhi)作對您(nin)來說就(jiu)要相對簡單(dan)一些，因為我們的(de)云平臺會自動的(de)將您(nin)的(de)比較組進行整理羅(luo)列(lie)，您(nin)只需(xu)按照下圖方(fang)式進行選擇，即(ji)可自由選擇比較組制(zhi)作韋恩(en)圖。
除此之外，還提(ti)供了一些簡單(dan)的圖表調(diao)整：
當然您也可(ke)以在分析設(she)置界面，自由調(diao)整分組(zu)方(fang)案以及比(bi)較方(fang)案：
二(er)、派森諾基因云的“云圖匯”小工(gong)具
韋恩圖作圖網址：//www.genescloud.cn/chart/VennPlot
在使用小(xiao)工具(ju)之前要先(xian)注(zhu)(zhu)冊一(yi)個賬號，注(zhu)(zhu)冊完成后就可以使用所有小(xiao)工具(ju)了（免費哦(e)~），除了韋(wei)恩(en)圖之外還(huan)有很(hen)多(duo)其他實用小(xiao)工具(ju)供選擇，感興趣的老(lao)師(shi)可以去網站看一(yi)看。
還是以上(shang)文原始數據為例(li)，如何制作A_vs_B、A_vs_C、A_vs_D三個比較組上(shang)調基因(yin)的韋(wei)恩(en)圖呢(ni)？
首先，將(jiang)每個比(bi)較組中的上調基因篩選(xuan)出來：
參照上文Excel篩選(xuan)功能，將A_vs_B組(zu)篩選(xuan)處選(xuan)為(wei)up，第一列(lie)(lie)中(zhong)的gene_id即為(wei)A_vs_B組(zu)所有的上調基因。將其單獨放到(dao)一個Excel表格，并(bing)標為(wei)A_vs_B列(lie)(lie)。
同(tong)理篩(shai)選A_vs_C和A_vs_D比(bi)較組：
注意：細心的老師可能已經發現了，在篩選A_vs_C和A_vs_D比較組時，A_vs_B比較組的篩選條件已經從up調回了all（即--+up+down）。在選取一個比較組的上調基因時一定要確保不受其他組干擾！
將三組合并到同一(yi)個Excel之中：
此時我(wo)們的作圖數據(ju)已整理完畢，但是我(wo)們的云(yun)圖匯(hui)小工具暫時只支持txt、tsv、csv三種格式，所(suo)以(yi)我(wo)們需(xu)要做(zuo)一步(bu)格式轉換，右擊(ji)另存為文本文件或者CSV格式即可。
最(zui)后按照(zhao)圖示順序上傳(chuan)數(shu)據即可：
可點擊上圖4處(chu)下載高(gao)清PDF格式圖片。
另如果想知(zhi)道上述交集處數字9代(dai)表的(de)是哪(na)些基因，應該怎么做呢？
當然簡單的方法即(ji)是點擊數字9即(ji)可在下方滾(gun)動(dong)區(qu)域顯示gene_id列表。
除(chu)了上述(shu)方(fang)法外(wai)我們還有另一種方(fang)法可以選擇(ze)：
只需要按(an)照上(shang)述篩選功能在(zai)Excel表格中(zhong)倒推即可。選擇(ze)在(zai)三個(ge)(ge)比較(jiao)組中(zhong)都(dou)上(shang)調(diao)的(de)基因，下圖所示第一列(lie)即為在(zai)三個(ge)(ge)比較(jiao)組中(zhong)都(dou)上(shang)調(diao)的(de)基因（正好(hao)是(shi)9個(ge)(ge)，還可驗證作圖是(shi)否正確）：
同(tong)理也可推(tui)出其他交集數字所代表的基因是哪些，按(an)照比較組上下調關系篩選(xuan)即可。
三、韋恩圖(tu)在線繪制網址(zhi)-jvenn
網址：//jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html
如上(shang)圖所示，該網(wang)站整體界面非常簡潔，可以(yi)直接(jie)將gene list粘(zhan)貼(tie)到(dao)網(wang)站上(shang)無需上(shang)傳文(wen)件，且支持最多(duo)六個(ge)比(bi)(bi)較組(zu)的韋恩圖制作（上(shang)述兩種(zhong)方式最多(duo)只能(neng)制作五(wu)個(ge)比(bi)(bi)較組(zu)的韋恩圖）。也可在右下(xia)方自由更改組(zu)名以(yi)及填充顏色。
該網(wang)站還支持(chi)直接導(dao)出CSV格(ge)式(shi)的表(biao)格(ge)，方便直接查看各(ge)個比(bi)較組的共有差異基因：
以(yi)上就(jiu)是今天給大家介紹的(de)三種(zhong)韋恩圖作圖方式了，是不是既簡單又實用呢~大家可以(yi)根(gen)據自(zi)己的(de)喜好(hao)來(lai)進(jin)行選擇(ze)。
歡迎(ying)關(guan)注我們的(de)(de)(de)公(gong)眾號(hao)，我們會(hui)持(chi)續不斷的(de)(de)(de)更(geng)新簡單實(shi)用的(de)(de)(de)干貨技巧，為您的(de)(de)(de)科研(yan)征(zheng)途獻上一份自(zi)己(ji)的(de)(de)(de)力量！
