2021-05-06
對于(yu)QIIME 2云分(fen)析(xi)(xi)(xi)，我(wo)們(men)悉心(xin)整理(li)(li)了各個分(fen)析(xi)(xi)(xi)模塊中(zhong)的(de)熱點(dian)分(fen)析(xi)(xi)(xi)內容(rong)，推出了“5分(fen)鐘小課(ke)堂系列”。通過上一講(jiang)的(de)MetagenomeSeq分(fen)析(xi)(xi)(xi)，相信大家對差(cha)異(yi)分(fen)析(xi)(xi)(xi)有了更深(shen)入的(de)理(li)(li)解。今天我(wo)們(men)將繼(ji)續對“物種(zhong)(zhong)差(cha)異(yi)與標志物種(zhong)(zhong)分(fen)析(xi)(xi)(xi)”中(zhong)的(de)LEfSe分(fen)析(xi)(xi)(xi)這一差(cha)異(yi)分(fen)析(xi)(xi)(xi)工具進行講(jiang)解。 LEfSe分析 LEfSe（LDA Effect Size）分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)是一(yi)種將非參(can)數的Kruskal-Wallis以(yi)及Wilcoxon秩(zhi)和檢驗，與線性判(pan)別(bie)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)（Linear discriminant analysis，LDA）效(xiao)應量（Effect size）相結(jie)合的分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)手(shou)段。與MetagenomeSeq分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)類(lei)似，LEfSe分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)也是一(yi)種差(cha)異(yi)(yi)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)方法；但(dan)LEfSe分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)可以(yi)直(zhi)接(jie)對門/綱/目(mu)/科/屬(shu)/種的各級(ji)分(fen)(fen)(fen)類(lei)水平同(tong)(tong)時進(jin)行統(tong)計檢驗和差(cha)異(yi)(yi)分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)。同(tong)(tong)時，LEfSe更(geng)強調尋(xun)找分(fen)(fen)(fen)組(zu)之間穩健的差(cha)異(yi)(yi)物種，即標志物種（Biomarker）。它的一(yi)大特(te)點(dian)是，不(bu)僅局(ju)限于(yu)對不(bu)同(tong)(tong)樣本分(fen)(fen)(fen)組(zu)中(zhong)的群落組(zu)成差(cha)異(yi)(yi)進(jin)行分(fen)(fen)(fen)析(xi)(xi)，更(geng)可以(yi)深入(ru)到不(bu)同(tong)(tong)的子分(fen)(fen)(fen)組(zu)（Subgroup）中(zhong)，挑(tiao)取在不(bu)同(tong)(tong)子分(fen)(fen)(fen)組(zu)中(zhong)表現(xian)一(yi)致的標志微(wei)生物類(lei)群。 LEfSe分析原(yuan)理 LEfSe的(de)分(fen)(fen)(fen)析結果(guo)包括兩部(bu)分(fen)(fen)(fen)，分(fen)(fen)(fen)別是物(wu)種(zhong)分(fen)(fen)(fen)類學(xue)分(fen)(fen)(fen)枝圖（Cladogram），用(yong)以(yi)展示(shi)在各組群(qun)落(luo)樣(yang)本中顯(xian)著(zhu)富集(ji)的(de)標志物(wu)種(zhong)的(de)分(fen)(fen)(fen)類學(xue)層次分(fen)(fen)(fen)布；以(yi)及顯(xian)著(zhu)差異物(wu)種(zhong)LDA值分(fen)(fen)(fen)布柱(zhu)狀(zhuang)圖，用(yong)以(yi)展示(shi)每個組內(nei)顯(xian)著(zhu)富集(ji)的(de)物(wu)種(zhong)（注意不(bu)顯(xian)示(shi)顯(xian)著(zhu)下調的(de)）及其重要性程度。 （點擊看大圖） 物種(zhong)分類學分枝圖（Cladogram）圖解 需要注意的(de)是，LEfSe分析中(zhong)，標志物(wu)種(zhong)的(de)篩選有(you)兩(liang)個(ge)閾值，即P＜0.05、且LDA≥2（默認(ren)，越高越嚴格），只有(you)同時滿足這兩(liang)個(ge)條件(jian)時，該(gai)分類單元(yuan)才(cai)能被認(ren)為是標志物(wu)種(zhong)。 （點擊看(kan)大圖） 顯(xian)著(zhu)差異物種LDA值(zhi)分(fen)布柱狀圖(tu)圖(tu)解。由圖(tu)可(ke)知，放(fang)線(xian)菌門（p__Actinobacteria）在(zai)組間存在(zai)顯(xian)著(zhu)差異，且在(zai)A組（藍色）中(zhong)(zhong)被(bei)顯(xian)著(zhu)富(fu)集(ji)，豐度(du)最高(gao)（即(ji)A組中(zhong)(zhong)的(de)(de)放(fang)線(xian)菌門的(de)(de)豐度(du)顯(xian)著(zhu)高(gao)于其(qi)他各組）；同時，放(fang)線(xian)菌門的(de)(de)LDA得分(fen)值(zhi)大于其(qi)它(ta)分(fen)類單元，表明其(qi)對(dui)組間差異的(de)(de)影響更大。 以(yi)上(shang)就是本(ben)次的(de)(de)QIIME 2云分析內容的(de)(de)講(jiang)解哦(e)，我(wo)們也衷心歡迎大(da)家進入基因云（//www.genescloud.cn/）嘗試使用，更可多多關注(zhu)我(wo)們已經上(shang)線(xian)的(de)(de)網絡直播系列課程，每周四(si)下(xia)午15:00不見不散，大(da)家一起在線(xian)互動(dong)交(jiao)流哦(e)！
