2021-05-07
2020年(nian)，“空(kong)間轉(zhuan)錄組(zu)技(ji)(ji)術(shu)”被評(ping)為nature methods年(nian)度技(ji)(ji)術(shu)，開啟了解(jie)析(xi)組(zu)織異質性的(de)(de)(de)新紀元。10X空(kong)間轉(zhuan)錄組(zu)技(ji)(ji)術(shu)依賴于冰凍(dong)樣本(ben)(ben)進行實驗，然而，長期保存病(bing)理(li)樣本(ben)(ben)的(de)(de)(de)標準化方法(fa)是FFPE（福爾馬(ma)林固(gu)定石蠟包(bao)埋）處理(li)，研究(jiu)者多年(nian)積攢了大(da)量臨床上患病(bing)和正(zheng)常組(zu)織的(de)(de)(de)樣本(ben)(ben)資(zi)源(yuan)，是珍(zhen)貴(gui)且來源(yuan)廣泛的(de)(de)(de)生物醫學研究(jiu)材料。
10X Genomics旗下新推出的(de)(de)Visium FFPE空間基因表達解(jie)決方(fang)案，使得Visium Spatial Gene Expression技(ji)術(shu)不再局限于冰凍組織切(qie)片，能(neng)夠(gou)從FFPE樣本中以(yi)高靈敏度和(he)高特異性分(fen)析相(xiang)關基因的(de)(de)表達，允許結合更(geng)(geng)(geng)廣(guang)泛(fan)的(de)(de)病理信(xin)息和(he)預后信(xin)息，篩(shai)選生物(wu)標記物(wu)、進行(xing)回(hui)顧(gu)性和(he)縱向研究，揭示(shi)更(geng)(geng)(geng)廣(guang)泛(fan)更(geng)(geng)(geng)深入(ru)的(de)(de)生物(wu)學(xue)問題。
Visium FFPE原(yuan)理示意圖(tu)
VISIUM FFPE的(de)實(shi)驗流程
A. 將FFPE組(zu)(zu)織切(qie)片(pian)置(zhi)于Visium基因(yin)表(biao)(biao)達(da)玻(bo)片(pian)上(shang)，進行組(zu)(zu)織學(xue)成像(H&E用于形態學(xue)背(bei)景，IF用于蛋白質共表(biao)(biao)達(da)檢測(ce))。載(zai)玻(bo)片(pian)上(shang)的每個(ge)捕(bu)獲區(qu)域都有一個(ge)oligo陣列，每條(tiao)Oligo上(shang)包(bao)含與(yu)(yu)RNA結(jie)合的捕(bu)獲探針(zhen)，該oligo同時具備描(miao)述空(kong)間信(xin)息的標(biao)記性(xing)序(xu)列，以及(ji)文庫構(gou)建所需測(ce)序(xu)。FFPE組(zu)(zu)織的基因(yin)表(biao)(biao)達(da)信(xin)息與(yu)(yu)位置(zhi)信(xin)息被該款載(zai)玻(bo)片(pian)捕(bu)獲，并完成文庫構(gou)建，然后，通過常規的測(ce)序(xu)檢測(ce)和(he)數(shu)據的可視化呈現，我們便可以確(que)定(ding)哪(na)些(xie)基因(yin)發生表(biao)(biao)達(da)，在哪(na)里表(biao)(biao)達(da)，以及(ji)表(biao)(biao)達(da)的數(shu)量。
B. Visium FFPE檢測采(cai)用(yong)RNA模板連接(jie)探針(zhen)(RTL)，針(zhen)對基(ji)(ji)因編碼(ma)轉錄組(zu)中特(te)定基(ji)(ji)因的成對探針(zhen)與它(ta)們的基(ji)(ji)因靶(ba)標雜(za)交(jiao)，然后彼此連接(jie)，組(zu)織透(tou)化后，基(ji)(ji)因表達(da)信息被芯片(pian)捕獲。
Visium FFPE的(de)產品(pin)特色
● 使用(yong)已存檔的生物(wu)(wu)庫樣本進行生物(wu)(wu)標記物(wu)(wu)發現
● 進(jin)行回顧性研究和縱(zong)向研究，以追蹤(zong)特定時間(jian)內的生物學過程
● 通過(guo)結合免(mian)疫(yi)熒光技術，同時進行蛋白(bai)和基因(yin)表達可視化檢測
● 與H＆E技術結(jie)合進行形態學(xue)分析，充分挖掘珍貴的組織樣(yang)本(ben)中的信息
Visium FFPE與(yu)凍存樣本具有(you)一致的(de)高(gao)敏感性、特異性和(he)可重復(fu)性
A. Visium FFPE的(de)(de)(de)數據(ju)與(yu)Visium新鮮(xian)冷凍組織的(de)(de)(de)數據(ju)具有高(gao)(gao)度(du)相關性(xing)，顯(xian)示(shi)了兩種方(fang)法之間的(de)(de)(de)可比(bi)性(xing)和高(gao)(gao)靈敏度(du)；B. Hpca的(de)(de)(de)mRNA的(de)(de)(de)空(kong)間表(biao)達數據(ju)顯(xian)示(shi)，在新鮮(xian)冷凍和FFPE樣品的(de)(de)(de)海馬中均有表(biao)達，與(yu)已知(zhi)的(de)(de)(de)表(biao)達模式一致，表(biao)明了Visium對FFPE的(de)(de)(de)特異性(xing)；C. 從(cong)小鼠大(da)腦FFPE樣本中連續切(qie)片(pian)，通過(guo)Visium FFPE分析，結果數據(ju)顯(xian)示(shi)出高(gao)(gao)重現(xian)性(xing)。可在人乳腺導管癌原位FFPE樣本中檢測到18,000個(ge)基(ji)因。
Visium FFPE對保存的FFPE組(zu)織(zhi)樣本進行了(le)全(quan)組(zu)織(zhi)覆蓋的轉錄組(zu)分析
A. H&E染(ran)色(se)圖像，覆蓋(gai)了來自(zi)FFPE的WTA數據(ju)；B.總基因；C.聚類分(fen)析；C.關(guan)鍵乳腺癌基因（ERBB2 (HER2)，孕酮受(shou)體(PGR)和(he)雌激(ji)素(su)受(shou)體(ESR1)）的表(biao)達水平和(he)空間組(zu)織位置(zhi)分(fen)布。
Visium FFPE網絡研討(tao)會(hui)
派森(sen)諾提醒您，若有興趣了解有關Visium FFPE空間基因表達的(de)更多信息，您可以(yi)掃(sao)描(miao)下方二(er)維碼注冊參加將于北京時間5月11日上午11點舉(ju)辦(ban)的(de)網(wang)絡研(yan)討會，其中包括工作流程入門(men)，樣品(pin)制備(bei)，數據(ju)分析(xi)和可視化等(deng)。
