2021-05-25
IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款(kuan)本地即可使用的(de)可視(shi)化工(gong)具(ju)，安裝簡(jian)單，操作便捷，支(zhi)持數據多(duo)元且非常實用！只需導入(ru)參考基因組(zu)文件(jian)以及bam文件(jian)（IGV支(zhi)持多(duo)種文件(jian)類型，這里我(wo)們主要(yao)以轉錄(lu)組(zu)結果提供給老(lao)師的(de)bam文件(jian)為例），即可對轉錄(lu)組(zu)的(de)比對結果進行可視(shi)化瀏(liu)覽！
什么？你還不會(hui)操作？別(bie)怕，小(xiao)派已(yi)經準備好了IGV保姆級操作指南，帶你輕(qing)松玩轉IGV！
No.1 IGV文件準備
除(chu)了備好IGV軟件(jian)(jian)(jian)（注意要(yao)在安裝java的(de)前提下），還要(yao)對應(ying)的(de)參考(kao)基因組文(wen)(wen)件(jian)(jian)(jian)，也(ye)就是本地的(de)基因組fa文(wen)(wen)件(jian)(jian)(jian)，注釋(shi)文(wen)(wen)件(jian)(jian)(jian)gtf。這里每個文(wen)(wen)件(jian)(jian)(jian)都需(xu)要(yao)有對應(ying)的(de)index，fa文(wen)(wen)件(jian)(jian)(jian)需(xu)要(yao)有對應(ying)的(de)index文(wen)(wen)件(jian)(jian)(jian)fai，bam則需(xu)要(yao)對應(ying)的(de)bai文(wen)(wen)件(jian)(jian)(jian)：
缺少index文件(jian)也可使(shi)用IGV來生成，點擊Tools→Run igvtools：
Command選擇Index，Input File選擇需要生(sheng)成(cheng)(cheng)index的文件，點擊Run，即可生(sheng)成(cheng)(cheng)需要的index啦！
No.2 IGV數(shu)據可視(shi)化
點擊Genomes→Load Genomes From Files導入基因組文件：
點擊File→Load from File， 導入gtf和bam文件(jian)，即可進入如(ru)下(xia)界面(mian)：
可(ke)以在(zai)(zai)“1”的(de)(de)位置(zhi)輸入(ru)需要(yao)查看(kan)(kan)(kan)的(de)(de)基(ji)(ji)(ji)因所(suo)在(zai)(zai)的(de)(de)染色體(ti)及位置(zhi)（在(zai)(zai)轉錄組結果中(zhong)的(de)(de)Annotation表均有提(ti)供對應信息）即(ji)可(ke)快速查看(kan)(kan)(kan)到該(gai)基(ji)(ji)(ji)因的(de)(de)具(ju)體(ti)情(qing)況，包括基(ji)(ji)(ji)因結構(gou)、轉錄組每個樣本中(zhong)該(gai)基(ji)(ji)(ji)因的(de)(de)reads覆蓋情(qing)況。可(ke)以通過“2”的(de)(de)位置(zhi)可(ke)以放大或縮小視野范圍，放大到一定(ding)程度可(ke)以查看(kan)(kan)(kan)到序列信息，同時也(ye)可(ke)以查看(kan)(kan)(kan)發(fa)生的(de)(de)插入(ru)或突(tu)變的(de)(de)具(ju)體(ti)情(qing)況。每個堿基(ji)(ji)(ji)擁有特(te)定(ding)的(de)(de)顏色，可(ke)以看(kan)(kan)(kan)出下圖中(zhong)突(tu)變的(de)(de)位置(zhi)在(zai)(zai)參考基(ji)(ji)(ji)因組上該(gai)位點(dian)堿基(ji)(ji)(ji)為(wei)A，所(suo)測到的(de)(de)該(gai)條read在(zai)(zai)該(gai)位置(zhi)堿基(ji)(ji)(ji)突(tu)變為(wei)C：
No.3 IGV常(chang)見(jian)設置(zhi)
在(zai)IGV中，在(zai)不(bu)(bu)同位(wei)置單(dan)擊鼠標右鍵會出現不(bu)(bu)同的菜單(dan)欄(lan)，可以進行多種操作(zuo)，這里我(wo)們只列(lie)舉(ju)一些常見設置：
細心的(de)(de)同學已經發現了，大名鼎(ding)鼎(ding)的(de)(de)sashimi也(ye)出現在了菜單(dan)(dan)欄中。沒錯！只要(yao)單(dan)(dan)擊sashimi plot，選(xuan)擇需(xu)要(yao)進行分析的(de)(de)樣本，就可(ke)以一鍵獲得(de)文(wen)章中常用于展示可(ke)變剪(jian)切的(de)(de)刺身圖啦(la)：
看過這篇使用指南，是(shi)不(bu)是(shi)發現IGV操作也不(bu)過如此！其實小派這里(li)只是(shi)展示了轉錄組數據(ju)可(ke)視化(hua)的(de)一些常(chang)規操作，IGV還擁有(you)非常(chang)豐富的(de)功能和用途。
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