2021-06-02
今天(tian)要模仿和突(tu)破的是我們常用的“相關系數圖(tu)”，來自(zi)于nature子刊scientific data，文章如下(xia)圖(tu)所示：
擬復現圖片樣式：Fig6
代碼實現
為了方便測試，大家可以進入基因云（//www.genescloud.cn）的“相(xiang)關(guan)系數圖”下載示例數據(ju)。上(shang)面文章對應(ying)相(xiang)關(guan)系數圖核(he)心代(dai)碼如下。
# 導入數據
dat <- read.delim("data.txt",stringsAsFactor=FALSE,row.names=1)
# 計算相關系數
cor.dat <- cor(dat)
# 作圖
corrplot::corrplot(cor.dat,
method = "number",
order="hclust",
rect.lwd = 1,
addrect=3,
number.cex = 0.8,
tl.cex = 1,
cl.cex = 0.9,
tl.col="black")
數值相關系數圖模仿成功(gong)，接下(xia)來我(wo)們考慮下(xia)如何進(jin)行再(zai)創造，升級(ji)突破(po)下(xia)：
創造(zao)一：如何(he)實(shi)現方形(xing)、圓形(xing)、扇形(xing)等(deng)形(xing)狀的(de)相(xiang)關(guan)系數圖？
創造二：如何實現多種圖(tu)形(xing)及數(shu)字組(zu)合的相關系數(shu)圖(tu)？
創造(zao)三(san)：如(ru)何在相關系數圖中添加(jia)顯著(zhu)性(xing)標識？
......
如(ru)果要寫代(dai)碼的(de)話，沒(mei)有(you)(you)個上百行解決不了問題，有(you)(you)沒(mei)有(you)(you)工(gong)具(ju)能夠(gou)快速實(shi)現以上所有(you)(you)功能呢？正(zheng)所謂君子善(shan)假與物也，下(xia)面給大家(jia)分享一款"派(pai)森諾基因云"的(de)在線繪圖(tu)小工(gong)具(ju)“相關(guan)系(xi)數(shu)圖(tu)”，助您(nin)輕(qing)松get百種樣式的(de)相關(guan)系(xi)數(shu)圖(tu)。
平臺實現
1.提交繪圖
登入基因云平臺（//www.genescloud.cn）, 進入“相關系數圖”頁面，上傳(chuan)或者選擇數據文件(jian)后，一鍵提交(jiao)繪圖即可(ke)。
2.參數調整
（1）圖表類型
基(ji)因云平臺小工具提供(gong)了完整圖、正(zheng)/倒三角圖等(deng)多種圖形(xing)樣式，供(gong)您自由切(qie)換選擇。
（2）圖案樣式：
相關(guan)性系數圖提(ti)供(gong)了方(fang)形(xing)、橢(tuo)圓、餅圖等多種形(xing)狀的選擇，同時(shi)還支持不同圖案的組合(he)圖，比(bi)如(ru)橢(tuo)圓+餅圖，方(fang)形(xing)+數字(zi)等等，總有一種樣式讓(rang)您稱心如(ru)意。
（3）系數值顯示
系數值(zhi)可(ke)以根據聚類算(suan)法(fa)、變量名稱等(deng)多種形式進(jin)行排序呈現，還可(ke)以控制系數值(zhi)的小數位數，以及值(zhi)的顯示與隱藏。
（4） 顯著性標(biao)識
當然，大(da)家關心的顯著性標識(shi)，形式也(ye)很豐(feng)富，可以(yi)顯示圖(tu)案、p-value數(shu)值 、空白，標識(shi)圖(tu)案的形狀、顏(yan)色、大(da)小等都(dou)可以(yi)隨意調整。
趕緊來試一試吧，登入(ru)“派森諾(nuo)基(ji)因(yin)云（//www.genescloud.cn/）”，進入【云圖匯】點擊左側導航欄“相關系數(shu)圖(tu)”，或者直接搜索“相關(guan)系數”，嘗試體驗。若有任何問(wen)題，您可以直接點擊(ji)平臺頁面(mian)右側“信息(xi)反(fan)饋”圖標(biao)快速提交(jiao)寶貴建議！或者(zhe)發(fa)送建議至 gc_support@doudin.cn。"派森諾基因云"一直持續上心上新，接下來(lai)會有更多好圖好工具(ju)陸續和大家見面，歡(huan)迎大家關(guan)注并進行體驗。
