2021-06-17
一．軟件介紹
10X genomics 公司(si)不僅為單細胞轉錄組(zu)數據分(fen)析提(ti)供(gong)了(le)配套的(de)(de) cell Ranger 軟(ruan)件，同時也提(ti)供(gong)了(le)專(zhuan)門(men)的(de)(de)分(fen)析結果(guo)查(cha)看軟(ruan)件-Loupe Cell Browser，該軟(ruan)件是一個圖形(xing)界(jie)面的(de)(de)軟(ruan)件，操作(zuo)非常(chang)的(de)(de)方(fang)便(bian)，支持 windows 和 mac 兩(liang)種操作(zuo)系統，下載地(di)址(zhi)如(ru)下：//support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest 二、操作指南 安裝好之后，雙擊啟動，界(jie)面如下(xia)： 在收到的(de)單細胞測序結果(guo)文件(jian)夾中找到后綴名(ming)(ming)為 cloupe 文件(jian)，通過左(zuo)上角 File->Open File，或者箭頭所(suo)指直接(jie)打開，導入(ru)后綴名(ming)(ming) cloupe 的(de)文件(jian)，導入(ru)成(cheng)功后的(de)頁(ye)面如下： 圖(tu)片(pian)默認(ren)展示(shi)的(de)是 t-SNE 降維(wei)后的(de) 2D-plot，細胞的(de)顏色(se)根據 Graph-Based 聚(ju)(ju)類(lei)結(jie)果進行填(tian)充，對于聚(ju)(ju)類(lei)得到的(de) cluster，可以通過對應的(de)顏色(se)框(kuang)（右(you)擊(ji)選擇 Edit color 或 Edit name）來調節是否在圖(tu)中顯示(shi)以及顯示(shi)的(de)顏色(se)。通過選擇 Graph-Based 右(you)側的(de)三角形下拉(la)按鈕可以查看其他聚(ju)(ju)類(lei)的(de)結(jie)果，比(bi)如(ru) K-means 聚(ju)(ju)類(lei)的(de)結(jie)果(下圖(tu))。 我(wo)們(men)也可(ke)以點擊右(you)側 Export可(ke)以導(dao)出(chu)每(mei)個細胞對(dui)應的(de)(de) cluster 信(xin)息的(de)(de) csv 格(ge)式(shi)文件。接(jie)下來我(wo)們(men)把視線(xian)轉(zhuan)移(yi)到中(zhong)下方的(de)(de)表格(ge)，它(ta)顯示的(de)(de)是feature table, 即每(mei)個cluster下顯著差異的(de)(de)基(ji)因列表，示意如下： 同時也可以點擊上(shang)圖(tu)紅色標出的部分(fen)進行選(xuan)(xuan)擇和導出差(cha)異結果，默認導出 top50 的 genes，可按照實際(ji)需要進行選(xuan)(xuan)擇。 在(zai)確(que)定我(wo)們感興趣(qu)的差異基因后，我(wo)們可以基于結(jie)果繪制每個 cluster 的 top marker 的 heatmap 圖(tu)，通過點(dian)擊下圖(tu)紅框(kuang)標(biao)(biao)出的部分進行熱(re)圖(tu)的展示（左側(ce)(ce)紅框(kuang)標(biao)(biao)出的按鈕(niu)）和導出完成熱(re)圖(tu)（右側(ce)(ce)紅框(kuang)標(biao)(biao)出的按鈕(niu)）。 以上這些就是該軟件的基本功(gong)能(neng)，相比(bi)網頁的顯示結果(guo)，該軟件交互(hu)式更強，可以更加方便(bian)的探究數(shu)據(ju)，具(ju)體每個按(an)鈕的功(gong)能(neng)注釋(shi)詳(xiang)見下圖。 本次Loupe Browser的基礎使用說(shuo)明就(jiu)分(fen)享完了，后續我(wo)們(men)會(hui)進一步(bu)分(fen)享復雜一點的使用教程(cheng)，比如(ru)(ru)如(ru)(ru)何識(shi)別細胞類型，請持續關注我(wo)們(men)哦，這款高度個性化且方便的軟件，大家先速速用起來吧~
