2021-06-24
10x免疫組是什么？
10x 單細胞(bao)測序在(zai)生命領域(yu)里(li)面的應用(yong)價值已經不言而喻，在(zai)研究細胞(bao)發(fa)育、腫瘤異質性、細胞(bao)間互作通訊(xun)網絡都(dou)有著許多(duo)成熟的方案。
但是(shi)，對于免疫(yi)的(de)(de)研究10X單細(xi)胞(bao)(bao)(bao)往往會有一點心有余(yu)而力不足(zu)，僅(jin)僅(jin)是(shi)研究細(xi)胞(bao)(bao)(bao)的(de)(de)表達量還是(shi)難以(yi)詳細(xi)的(de)(de)刻畫出(chu)組(zu)織內的(de)(de)免疫(yi)微環境。所以(yi)，10xgenomics在(zai)2019年推出(chu)了(le)Chromium?單細(xi)胞(bao)(bao)(bao)V(D)J 解決方案(an)，利用比(bi)較(jiao)獨(du)特的(de)(de)建庫方式可以(yi)對樣(yang)本進(jin)行(xing)轉錄組(zu)測(ce)序的(de)(de)同時，也(ye)可以(yi)對樣(yang)本內的(de)(de)T細(xi)胞(bao)(bao)(bao)與(yu)B細(xi)胞(bao)(bao)(bao)進(jin)行(xing)V(D)J區(qu)域測(ce)序。就相當(dang)于，同時獲得(de)了(le)該(gai)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)的(de)(de)表達信息(xi)與(yu)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)的(de)(de)細(xi)胞(bao)(bao)(bao)V(D)J信息(xi)。通過V(D)J我們可以(yi)拼(pin)接(jie)出(chu)完整的(de)(de)CDR3系列，獲得(de)配對的(de)(de)VJ基因組(zu)成信息(xi)。
那么(me)，基于免疫組庫(ku)的信息我們可以做些什么(me)呢？ 基于對這些信(xin)息的(de)進一步分析(xi)，我們可以(yi)： （1）獲得高擴增的克(ke)隆型(xing)序列(lie)以及了解(jie)不同克(ke)隆在不同樣本間的流動與共享(xiang)狀況(kuang)； （2）輔助單細(xi)胞(bao)轉錄組的結果(guo)，更加(jia)可靠判(pan)斷免(mian)疫細(xi)胞(bao)的分化軌跡； （3）對不同(tong)樣(yang)本、細(xi)胞亞群(qun)的TCR/BCR的重排特征(zheng)有更深(shen)入的解(jie)析； （4）對于(yu)不同的CDR3序(xu)列進行注釋，尋找有效的CDR3序(xu)列。 單細胞(bao)免疫(yi)組產(chan)品介紹 但是拿到這些數據后，如何進行有效的數據過濾、挖掘、可視化相信很多科研人員都一籌莫展。但是！今天 ！派森諾生物將為您介紹我們新版的免疫組報告包含的分析內容，并且重要的是，報告還在持續不斷的添加新的內容，只(zhi)要(yao)您有改進(jin)的需求(qiu)，我們將不斷的更新優化中(zhong)。 基礎的(de)比對(dui)信(xin)(xin)息(xi)、克隆型統(tong)計信(xin)(xin)息(xi)，序(xu)列(lie)信(xin)(xin)息(xi)通通包含(han)，一眼就(jiu)可以看(kan)到數(shu)據的(de)詳細信(xin)(xin)息(xi)。 左右滑動查看更多 稀釋曲線 稀釋曲線可(ke)以直觀的了解測(ce)序的飽和(he)程度(du)，可(ke)以對(dui)樣本中所包(bao)含的免疫細(xi)胞量有一個預估。 評估(gu)樣(yang)品多(duo)樣(yang)性的(de)方(fang)法(fa)(fa)之一(yi)是參考其克(ke)隆(long)(long)(long)性。我們提(ti)供了幾(ji)種評估(gu)克(ke)隆(long)(long)(long)性的(de)方(fang)法(fa)(fa)。包(bao)括克(ke)隆(long)(long)(long)數、最(zui)高擴增的(de)克(ke)隆(long)(long)(long)型占比、最(zui)小擴增的(de)克(ke)隆(long)(long)(long)型占比等。 不同樣本的克隆頻數統計 不同擴增水平的克隆型占比統計 淋(lin)巴細胞發育(yu)中(zhong)免疫球蛋白可(ke)(ke)變(bian)區(qu)基(ji)(ji)因(yin)片(pian)段(duan)(duan)經重組(zu)而形成(cheng)完(wan)整(zheng)可(ke)(ke)變(bian)區(qu)序列的(de)過(guo)程。重鏈可(ke)(ke)變(bian)區(qu)基(ji)(ji)因(yin)由V、D、J各(ge)1個(ge)基(ji)(ji)因(yin)片(pian)段(duan)(duan)組(zu)成(cheng)，輕鏈可(ke)(ke)變(bian)區(qu)基(ji)(ji)因(yin)由V、J各(ge)1個(ge)基(ji)(ji)因(yin)片(pian)段(duan)(duan)組(zu)成(cheng)，VDJ基(ji)(ji)因(yin)均有多(duo)個(ge)拷貝，各(ge)片(pian)段(duan)(duan)通過(guo)隨機組(zu)合(即重排)而形成(cheng)多(duo)樣性的(de)抗體可(ke)(ke)變(bian)區(qu)。我們可(ke)(ke)以根(gen)據不同基(ji)(ji)因(yin)的(de)使用(yong)頻(pin)數以及(ji)基(ji)(ji)因(yin)配對關系推(tui)導(dao)其(qi)中(zhong)的(de)規(gui)律。 VJ基因使用統計 VJ基因配對熱圖 我們會(hui)使(shi)用多種(zhong)指標來對每個樣本的(de)整(zheng)體的(de)克隆水平進行(xing)量化(hua)。 Diversity:多樣性評估 CDR3是由V和J或者D和J連接的一段(duan)區(qu)域構成，具(ju)有高可變性。CDR3是決定(ding)T細胞克隆類型(xing)的區(qu)域，且直接識別抗原呈(cheng)遞細胞呈(cheng)遞的抗原氨(an)基酸片(pian)段(duan)。自然(ran)狀態(tai)(tai)下，CDR3的長度分(fen)布呈(cheng)正態(tai)(tai)分(fen)布。 CDR3特征 通過(guo)將CDR3序列按照一定的(de)(de)長度（本報告中選(xuan)取K=3）進行(xing)打斷，我們可(ke)以(yi)獲得CDR3的(de)(de)kmer統計結(jie)果，當前(qian)對于CDR3的(de)(de)kmer研究(jiu)并(bing)不(bu)豐富，之前(qian)有(you)報道可(ke)以(yi)根據(ju)kmer的(de)(de)降維結(jie)果對不(bu)同(tong)的(de)(de)腫瘤時期進行(xing)分型。 CDR3 Kmer分析 由于細(xi)胞之(zhi)間(jian)的(de)趨化(hua)等作(zuo)用，免疫細(xi)胞可能會被招募產生作(zuo)用，所以(yi)不(bu)同的(de)取樣部位可能共享(xiang)某些相同克隆型(xing)的(de)細(xi)胞，這也(ye)暗示著(zhu)細(xi)胞之(zhi)間(jian)的(de)互作(zuo)網絡。我(wo)們(men)通過桑(sang)基(ji)圖來直觀的(de)展示這一結果。 迄今為(wei)(wei)止，已經有許多與CDR3序(xu)列(lie)(lie)結合的(de)抗原肽段(duan)被明確，我們(men)使用(yong)VDJDB作(zuo)為(wei)(wei)背景對樣本的(de)CDR3區段(duan)進(jin)行注釋，以幫助研(yan)究(jiu)人員明晰在樣本間具(ju)有差異的(de)CDR3序(xu)列(lie)(lie)是否可以進(jin)一(yi)步判定(ding)為(wei)(wei)候(hou)選CDR3序(xu)列(lie)(lie)。 CDR3序列注釋 我們的報告對VJ 基因、CDR3序列特征、樣本多樣性、序列分析等做了深度的挖掘，當然上圖只是我們報告中的一部分而已，如果您對(dui)我(wo)們(men)的10x免疫(yi)組報(bao)告有興趣，可以聯系我(wo)們(men)，我(wo)們(men)將給您提(ti)供完(wan)整版的10x免疫(yi)組DEMO報(bao)告。 當然，看完了10x免疫組(zu)報告，是不(bu)是對(dui)免疫組(zu)庫和單細胞表達譜(pu)的聯合分析更加好奇了呢(ni)？ 我們將在后續(xu)的推文中，繼(ji)續(xu)給(gei)您介(jie)紹(shao)免疫組的聯合分(fen)析。
