2017-07-26
簡介(jie)：
大黃魚（Larimichthys crocea）是中國(guo)南部(bu)最(zui)主要的(de)海(hai)洋經濟魚類之(zhi)一。 基于(yu)現(xian)在商業化養殖(zhi)中高密度放養的(de)現(xian)狀，為了解析大(da)黃魚在擁擠脅(xie)迫下的(de)生理(li)變化以及(ji)免疫(yi)應答研(yan)究，以求實(shi)現(xian)利益雙(shuang)贏，中國(guo)水產科(ke)學研(yan)究院(yuan)東海(hai)水產研(yan)究所唐保軍副研(yan)究員及(ji)其團隊選取最(zui)大(da)密度梯度（34.2 kg/m3）養殖的大黃魚在五個時間點0 h，6 h，24 h， 48 h， 96 h取樣進行無參考基因組轉錄組測序。測序數據過濾后共捕獲到129,000,000 條clean reads，最終拼接得到 40,123 條unigenes。
GO分析(xi)結果顯示(shi)，外界脅迫(po)引起(qi)的差異表(biao)達基因主要富集在分子(zi)功能(neng)，生(sheng)物學(xue)過程，胞(bao)內(nei)反應(ying)，離子(zi)束縛和(he)細胞(bao)過程代謝通(tong)(tong)路(lu)(lu)(lu)中(zhong)。KEGG聚(ju)類(lei)分析(xi)結果表(biao)明，在免疫相關的16個代謝通(tong)(tong)路(lu)(lu)(lu)中(zhong)，補體和(he)凝血(xue)級聯(lian)通(tong)(tong)路(lu)(lu)(lu)中(zhong)AAP、AAT、CIR、C3、C7、C8B、C8G、CD59、CFB、F5、F9、F11、FGG、HCF2、HF1共(gong)15個基因以及(ji)C4、C5、F2、F7共(gong)4個基因分別(bie)在24h和(he)48h表(biao)達量上調(diao)，其次在趨化因子(zi)信(xin)號(hao)通(tong)(tong)路(lu)(lu)(lu)、Toll樣受體傳導通(tong)(tong)路(lu)(lu)(lu)、白細胞(bao)跨內(nei)皮遷移(yi)通(tong)(tong)路(lu)(lu)(lu)中(zhong)也(ye)均有(you)基因差異表(biao)達。qPCR驗證(zheng)結果與上述結論一致(zhi)。對大黃魚(yu)的(de)轉(zhuan)錄組分析結果顯示，擁擠脅(xie)迫能顯著(zhu)影響(xiang)魚(yu)類的(de)免疫應答反應，同(tong)時需要注意的(de)是(shi)，長期的(de)外(wai)界脅(xie)迫也會對魚(yu)類的(de)防(fang)御系統造成一定程度(du)的(de)損傷。
該研究(jiu)成(cheng)果Transcriptome analysis and discovery of genes involved in immune pathways in large yellow croaker (Larimichthys crocea) under high stocking density stress于2017年7月13日發表在Fish and Shellfish Immunology雜(za)志(zhi)上。大黃魚(yu)的轉錄組測序及信息分析工作，由上海(hai)派森諾生物科技股(gu)份(fen)有限公司完成。
方(fang)法：對大(da)黃魚(yu)進行(xing)密度脅迫處理，取0，6 ，24 ， 48 ， 96 h肝臟組(zu)織進行轉(zhuan)錄組(zu)測(ce)序
樣本量：5組(zu)樣本
測序(xu)平臺：Illumina HiSeq平臺
分析內容：
1. 基因(yin)表達差異分(fen)析
2. GO注釋
3. eggNOG注釋
4. KEGG注釋
5. qPCR驗證
結果(guo)：測(ce)序數(shu)據過濾后共(gong)捕獲到(dao)(dao) 129,000,000 條clean reads，最終(zhong)拼接得到(dao)(dao) 40,123 條unigenes。 在(zai)免疫(yi)相關的16個(ge)(ge)代謝通(tong)路中，補體(ti)和凝血級聯通(tong)路中AAP、AAT、CIR、C3、C7、C8B、C8G、CD59、CFB、F5、F9、F11、FGG、HCF2、HF1共(gong)15個(ge)(ge)基(ji)(ji)因以及C4、C5、F2、F7共(gong)4個(ge)(ge)基(ji)(ji)因分(fen)別在(zai)24h和48h表達(da)量上調，其(qi)次在(zai)趨化(hua)因子信號(hao)通(tong)路、Toll樣受體(ti)傳導(dao)通(tong)路、白細(xi)胞(bao)跨內(nei)皮遷移通(tong)路中也均(jun)有基(ji)(ji)因差異表達(da)。qPCR驗證結果與上述結論一致。對大黃魚(yu)的(de)轉錄組分(fen)析結果(guo)顯示，擁擠脅(xie)迫(po)能(neng)顯著影響魚(yu)類的(de)免疫(yi)應(ying)答反應(ying)，同時需(xu)要注意的(de)是，長(chang)期的(de)外界脅(xie)迫(po)也會對魚(yu)類的(de)防(fang)御系(xi)統造成一定程度的(de)損傷(shang)。
結(jie)果展(zhan)示(shi)：
圖1 大黃魚轉(zhuan)錄組(zu)unigenes長度分布圖
圖(tu)2 eggNOG基因功能注釋
圖3 GO基因功能注釋
圖4 補(bu)體和凝血級(ji)聯(lian)通路差(cha)異基因的KEGG富集分析
圖(tu)(tu)5 qPCR結果驗證圖(tu)(tu)
參(can)考文獻(xian)：
Sun P, Bao P, Tang B, Transcriptome analysis and discovery of genes involved in immune pathways in large yellow croaker (Larimichthys crocea) under high stocking density stress, Fish and Shellfish Immunology (2017), doi: 10.1016/j.fsi.2017.07.013.
