2021-07-30
派(pai)森諾(nuo)基(ji)因云自從發布(bu)以來，一直以簡(jian)單的(de)操(cao)作、高顏(yan)值的(de)圖(tu)片和良好的(de)體驗感(gan)深受廣(guang)大老師和同學們的(de)喜愛。其(qi)中的(de)云圖匯模塊，不僅提供(gong)了(le)數據統(tong)計分析和可(ke)視化作(zuo)(zuo)圖功能(neng)，“所見即所得”，同時也成為了(le)PPT制作(zuo)(zuo)、組會匯報、文章寫作(zuo)(zuo)作(zuo)(zuo)圖、甚至是基金(jin)申請作(zuo)(zuo)圖的利器！
差異統計檢(jian)驗是科學研究的重(zhong)(zhong)要組成部分，其分析結(jie)果可用于檢驗(yan)我們實驗(yan)結(jie)果的真實性、準確(que)性和(he)可重(zhong)(zhong)復(fu)性。云圖匯最(zui)近推出(chu)的差異檢驗箱線圖(tu)，理論上可用于任何(he)數據的差異(yi)檢驗分析。
對于微生物組研究，除了使用(yong)箱線圖比較不(bu)同(tong)樣本組間，Alpha多樣性指數的差異大(da)小(xiao)，我們(men)還(huan)可以對(dui)不同物種的豐度(du)或(huo)功能基因的含量進(jin)行組間(jian)差異統計檢驗，從而獲得(de)組間具有顯著差異的物(wu)種(zhong)組成和(he)功能基因(yin)。這類分析，都(dou)可(ke)以在云圖匯(hui)中，一鍵完成哦~
手把手教您繪制箱線圖，比較組間差異物種
步驟1
首先，我們需要從(cong)云分(fen)析模塊(kuai)中，下載菌群的物種組成豐度表。我(wo)們在云(yun)平臺上提供了(le)兩種下載途徑：
1. 點擊進入“序列處(chu)理分析→物種分類學(xue)注釋”，選擇“表(Tables)”標簽，并(bing)在頁面下方選擇(ze)“點擊下載各分類(lei)學水平下的(de)分類(lei)單(dan)元豐度表”，下(xia)載后(hou)解壓即可獲(huo)得各(ge)分(fen)類學水(shui)平(ping)下的分(fen)類單元豐度表，包含門/綱/目/科(ke)/屬/種各個分類水平下的(de)物(wu)種組成(cheng)和(he)豐度數據(ju)表（.xls文件）。
通過“物種分(fen)類(lei)(lei)學(xue)注釋(shi)”下載獲得的各分(fen)類(lei)(lei)學(xue)水平下的分(fen)類(lei)(lei)單元豐度表
2. 依次點擊(ji)進(jin)入“物(wu)種差(cha)異與標志物(wu)種分析→物(wu)種組成熱圖”，選擇“表(Tables)”標簽，點擊右(you)上角“下載按鈕→下載xls文(wen)件”，獲(huo)得“分類(lei)單元豐度表.xls”，從而獲得在指定分類水平下（默認為屬(shu)水平，可以按需調整），相對豐度排名最高的若干個物種（默認為Top 20，可以按需調整數量）在各樣本中的豐度數據表（注：若需要對菌群的分類水平及物種數量進行調整，可以在右側的分析(xi)設置(zhi)側欄中，選(xuan)擇“分類水平”和“物(wu)種(zhong)數(shu)量”進(jin)行調整）。
通過“物種(zhong)組成熱圖”下載分類單元豐度表
步驟2
用Excel打開下(xia)載的“otu_table_*.xls”或“分類(lei)單元豐度表(biao).xls”（若出(chu)現“是(shi)否仍要(yao)打開”的提(ti)示，選擇(ze)“是(shi)”即(ji)可）。我們以屬水(shui)平的菌(jun)群為例(li)，兩(liang)個數據(ju)表(biao)中，第一(yi)行均為樣(yang)本名(ming)稱，第一(yi)列(lie)為屬水(shui)平的物種(zhong)名(ming)稱，展示的是(shi)各物種(zhong)在(zai)各樣(yang)本中的相對豐度。
用Excel打開的“otu_table_genus.xls”
用Excel打開的“分類單元豐度表.xls”
步驟3
從下載(zai)的表格中篩選(xuan)需要進行組間差異統計的物(wu)種(zhong)，不(bu)關注的物(wu)種(zhong)可以(yi)直接刪除整(zheng)行數據。我們以(yi)屬水平(ping)的“分類單元豐度表.xls”為例，我們保留屬水平Geobacter、Anaeromyxobacter、Sideroxydans、Defluviicoccus、Spirochaeta_2這5個物種，用于后續分析。
篩選后用于差異統計分析的物種數據(ju)
步驟4
對篩(shai)選的(de)物(wu)種(zhong)豐(feng)度表進行(xing)格式調(diao)整，這(zhe)里(li)需要用到Excel的(de)轉置粘(zhan)貼功能：“Ctrl+A全(quan)選數(shu)據→Ctrl+C復制→新建(jian)Excel表(biao)格→右鍵選擇性粘(zhan)貼→點(dian)擊轉置→確(que)定”。這樣，物種和樣本數據就完成(cheng)行列轉換啦！
數據進行(xing)轉置(zhi)粘貼
轉置粘貼后(hou)的物種組成數據
完成上(shang)述操作后(hou)，在Excel中另存(cun)為(wei)“文(wen)本文(wen)件(制表符分隔)”，即保存為txt文檔格式(shi)。
選擇“是”，將豐度表另存為“文(wen)本文(wen)件(jian)(制表符分(fen)隔)”的txt格式(shi)文(wen)件(jian)
步驟5
填(tian)寫分組(zu)信息，在Excel中另存為“文(wen)本(ben)文(wen)件(制(zhi)表符分(fen)隔)”，保(bao)存為txt文(wen)檔格式。
填寫分組(zu)信息，并(bing)另存為(wei)txt文檔
步驟6
現(xian)在，讓我們再回到基因云，點擊(ji)進入“云圖匯→差異檢(jian)驗箱線圖”（對應網址：//www.genescloud.cn/chart/SigBoxplot），上傳數據文件(jian)和分組(zu)文件，并點擊(ji)提交繪圖(tu)，即可得到差(cha)異檢驗箱線圖：
在“差異檢驗箱線圖”模塊中，上傳(chuan)數(shu)據(ju)文(wen)件(jian)和分組(zu)文(wen)件(jian)并提交繪圖
屬水平Geobacter、Anaeromyxobacter、Sideroxydans、Defluviicoccus、Spirochaeta_2共5個物種的差異檢驗箱線圖
圖中，每個物種對應一個箱線圖子圖，其中展示了Kruskal-Wallis非(fei)參數檢驗獲得的(de)組(zu)間總(zong)體差異的(de)P值、以及(ji)各組(zu)之間Dunn’s test事后兩(liang)兩(liang)比較獲得的差異顯著性水平的標記（*，P<0.05；**，P<0.01；***，P<0.001）。
步驟7
細心的小伙伴可能已經發現，物種Anaeromyxobacter由于名稱較長，在圖中展示不完整。這時，我們可以通過右邊側欄的“圖表調整”標簽，按(an)需(xu)調(diao)整圖片(pian)的配色、字體大小等參數，進行(xing)美化設置哦：
通過“圖(tu)表調整(zheng)”對(dui)差異檢驗箱線圖(tu)進行(xing)定(ding)制調整(zheng)
步驟8
調整完成后，點擊圖片右上角的(de)菜單按鈕(niu)，即可下載(zai)保(bao)存(cun)所需(xu)格式的圖片(pian)文件，推薦保(bao)存(cun)為(wei)無損(sun)的PDF格式哦！
下載保存所需(xu)格式的(de)差異檢驗箱線圖
下載獲(huo)得的差異(yi)檢驗箱線圖（示例）
這樣(yang)，一張(zhang)高顏值(zhi)的差(cha)異(yi)檢驗箱線(xian)圖(tu)就完成啦！當然，我們也可(ke)以使用更多的物種數據進行繪圖(tu)，比如(ru)這樣(yang)：
通過“物(wu)種組成(cheng)熱(re)圖”獲得的屬水平Top 50物(wu)種的差異檢驗(yan)箱線圖
這(zhe)樣的作圖分析，是不是既方便，又簡單實(shi)用(yong)呢(ni)？小(xiao)編再偷偷告(gao)訴大家，其實(shi)除(chu)了微生物(wu)組(zu)的物(wu)種豐度(du)數(shu)據，其它只要包含分組和數(shu)(shu)值的數(shu)(shu)據(ju)矩(ju)陣(zhen)（比如表(biao)達量數(shu)(shu)據(ju)、生(sheng)理生(sheng)化指(zhi)標(biao)數(shu)(shu)據(ju)、環(huan)境(jing)因子(zi)指(zhi)標(biao)數(shu)(shu)據(ju)等等），都(dou)可以(yi)通過“云圖(tu)匯→差異檢驗箱(xiang)線(xian)圖(tu)”進行一鍵分析哦！大家快來派森諾基因云體驗吧！
