2021-09-27
插入/缺失（insertion-deletion，InDel）是指在近緣種或同一物種不同個體之間基因組同一位點的序列發生了不同大小核苷酸片段的插入或缺失，即一個序列上某一位點相比同源的另一個序列插入或缺失了一個或多個堿基。InDel多態性分子標記是基于插入/缺失位點兩側的序列設計特異引物進行PCR擴增的標記，其本質仍屬于長度多態性標記，可利用便捷的電泳平臺進行分型。
InDel標記的優點 ①密度大，僅次于SNP，遠高于SSR； ②多(duo)態性(xing)(xing)豐富(fu)，覆(fu)蓋全(quan)基因組，種(zhong)內和(he)種(zhong)間都有多(duo)態性(xing)(xing)，其通(tong)用(yong)性(xing)(xing)較強； ③準確性(xing)高、變異穩定，易于分型； ④檢測(ce)簡便，擴增產物帶型(xing)清晰(xi)簡單(dan)； ⑤ DNA質量要(yao)求較低，且對樣品(pin)量要(yao)求較少，能(neng)擴增高(gao)度降解的DNA。 傳統的InDel檢測方法主要通過聚丙烯酰胺凝膠電泳和硝酸銀染色，但該種方法需要制膠和銀染等步驟，不僅耗時耗力，較難準確讀出擴增片段大小，尤其是在位點較多、片段差異較小時其準確性會大大降低；不同批次反應數據難以統一處理。熒光標記毛細管電泳采用不同顏色的熒光染料標記引物，擴增的PCR產物在毛細管泳道電泳，利用軟件進行圖像收集和分析擴增片段大小。熒光標記毛細管電泳無需銀染，省時省力；實現了數據自動化處理，降低人為誤差，能準確計算出擴增片段的大小，不同批次反應數據也可以統一處理；可以進行樣品高通量、位點高通量的檢測；總的來說，熒光標記毛細管電泳具有通量高、效率高、精度高和重復性好等特點。 熒光標記毛(mao)細管電泳技術不僅可(ke)以應用在(zai)InDel檢測(ce)，也可(ke)以應用在(zai)SSR檢測(ce)、MSI檢測(ce)、細胞系鑒(jian)定等中。 毛細管(guan)熒光凝膠電泳結果圖 （引(yin)自201611160425 .4一種InDel位點(dian)基因型分(fen)型的方法 ） 熒光毛細管法InDel標記篩選與驗證實驗步驟： InDel標記的應用： ① 種質資源分析與分子輔助遺傳育種 遺(yi)傳育(yu)(yu)種(zhong)中，作物(wu)(wu)種(zhong)質資源的鑒定具有特殊(shu)的價值，InDel標記(ji)技術在種(zhong)質資源鑒定中準確率(lv)高，且(qie)快捷(jie)簡便；InDel標記(ji)在作物(wu)(wu)的分(fen)子輔助遺(yi)傳育(yu)(yu)種(zhong)領域中同樣應用廣泛。 ②群體遺傳(chuan)分析 目前關于群(qun)體遺傳(chuan)分析的(de)研究(jiu)大(da)多是利用(yong)(yong)SSR分子(zi)標記(ji)(ji)技(ji)術，但SSR位點(dian)易發生突變使(shi)得后續結(jie)果分析模棱兩可，InDel標記(ji)(ji)的(de)通用(yong)(yong)性(xing)較(jiao)強，且在群(qun)體遺傳(chuan)分析中應用(yong)(yong)范圍廣泛。 基于In Del標記構建的90份花生種質的UPGMA聚類分析 ③ 圖位克隆(long)、基因定位及遺傳圖譜的構建 在(zai)物種功(gong)能(neng)基(ji)因的(de)(de)圖(tu)位(wei)克(ke)隆中，通常需(xu)要分(fen)(fen)布(bu)(bu)密度(du)高的(de)(de)分(fen)(fen)子(zi)標(biao)(biao)記(ji)，而(er)目前已有的(de)(de)各種分(fen)(fen)子(zi)標(biao)(biao)記(ji)并沒(mei)有達到令人(ren)滿意的(de)(de)分(fen)(fen)布(bu)(bu)密度(du)。InDel標(biao)(biao)記(ji)分(fen)(fen)布(bu)(bu)密度(du)大，可滿足(zu)目的(de)(de)基(ji)因的(de)(de)精細定(ding)位(wei)。利用(yong)(yong)InDel位(wei)點與(yu)某些功(gong)能(neng)基(ji)因或QTL間的(de)(de)連鎖關系，可以(yi)將功(gong)能(neng)基(ji)因或QTL定(ding)位(wei)在(zai)染(ran)色體上。InDel多態性較高，可以(yi)作為分(fen)(fen)子(zi)標(biao)(biao)記(ji)用(yong)(yong)來構建遺傳(chuan)圖(tu)譜。 黃瓜黃葉yl-5基因的精細定位 ④ 法醫遺傳學及醫學診斷 InDel作為(wei)兼(jian)具SNP和(he)STR優(you)點的(de)(de)分子標(biao)記(ji)技術(shu)，已(yi)應(ying)用(yong)(yong)于法(fa)醫(yi)遺傳學(xue)領域。InDel標(biao)記(ji)不(bu)僅(jin)應(ying)用(yong)(yong)于個體識別和(he)親緣關系鑒定，而且在醫(yi)學(xue)方面也有所(suo)應(ying)用(yong)(yong)，如利用(yong)(yong)InDel標(biao)記(ji)能(neng)檢測出HLA與Y染色體無法(fa)檢測的(de)(de)微嵌(qian)合體。 一例內蒙古赤峰蒙古族樣本的分型圖譜！ 所(suo)以需要驗(yan)證(zheng)INDEL的客戶看過來哦！
